Pearl Harbor var ursprungligen en omfattande grund havsvik som av hawaiianerna kallades Wai Momi (som betyder ”pärlans vatten”) eller Puʻuloa (som betyder ”lång kulle”). Puʻuloa ansågs vara hemvist för hajgudinnan Kaʻahupahau och hennes bror (eller son) Kahiʻuka i hawaiianska legender. Enligt traditionen ska Keaunui, huvudman för de mäktiga Ewa-hövdingarna, ha skurit en farbar kanal nära det nuvarande Puʻuloa-saltverket, varigenom han gjorde flodmynningen, känd som ”Pearl River”, tillgänglig för sjöfart. Om man tar hänsyn till att legenderna förstärks hade flodmynningen redan ett utlopp för sina vatten där den nuvarande klyftan ligger, men Keaunui får vanligtvis äran att bredda och fördjupa den.
Nittonde århundradet
Pearl Harbor på 1880-talet.
Under det tidiga artonhundratalet användes Pearl Harbor inte för stora fartyg på grund av den grunda infarten. USA:s intresse för Hawaiiöarna växte till följd av USA:s valfångst-, sjöfarts- och handelsverksamhet i Stilla havet. Redan 1820 utsågs en ”Agent of the United States for Commerce and Seamen” för att ta hand om amerikanska affärer i Honolulu hamn. Dessa kommersiella band till den amerikanska kontinenten åtföljdes av det arbete som utfördes av American Board of Commissioners for Foreign Missions. Amerikanska missionärer och deras familjer blev en integrerad del av den hawaiianska politiska kroppen.
Under 1820- och 1830-talen besökte många amerikanska krigsfartyg Honolulu. I de flesta fall hade befälhavarna med sig brev från den amerikanska regeringen som gav råd om regeringsangelägenheter och om önationens förbindelser med främmande makter. År 1841 förespråkade tidningen Polynesian, som trycktes i Honolulu, att USA skulle upprätta en flottbas på Hawaii för att skydda amerikanska medborgare som var verksamma inom valfångstindustrin. Den brittiske hawaiianske utrikesministern Robert Crichton Wyllie anmärkte 1840 att ”… min åsikt är att händelsernas strömmar mot en annektering till Förenta staterna.”
Från inbördeskrigets slut, till köpet av Alaska, till Stillahavsstaternas ökade betydelse, den planerade handeln med länder i Asien och önskan om en tullfri marknad för hawaiiska basvaror, expanderade den hawaiianska handeln. År 1865 bildades North Pacific Squadron för att omfatta västkusten och Hawaii. Lackawanna fick året därpå i uppdrag att kryssa bland öarna, ”en plats av stort och ökande intresse och betydelse”. Fartyget undersökte de nordvästra Hawaiiöarna i riktning mot Japan. Som ett resultat av detta gjorde USA anspråk på Midway Island. Marinministern kunde i sin årsrapport från 1868 skriva att i november 1867 flög 42 amerikanska flaggor över valfartyg och handelsfartyg i Honolulu mot endast sex från andra nationer. Denna ökade aktivitet ledde till att minst ett krigsfartyg permanent placerades i Hawaiis vatten. Man berömde också Midway Island för att den hade en hamn som överträffade Honolulus hamn. Året därpå godkände kongressen den 1 mars 1869 ett anslag på 50 000 dollar för att fördjupa infarterna till denna hamn.
Astronautfotografi av Pearl Harbor från oktober 2009
Efter 1868, när kommendören för Stillahavsflottan besökte öarna för att bevaka de amerikanska intressena, spelade marinofficerarna en viktig roll i de interna angelägenheterna. De fungerade som skiljedomare i affärstvister, förhandlare av handelsavtal och försvarare av lag och ordning. Regelbundna resor mellan öarna och till fastlandet ombord på amerikanska krigsfartyg arrangerades för medlemmar av den hawaiianska kungafamiljen och viktiga regeringstjänstemän från öarna. När kung Lunalilo dog 1873 pågick förhandlingar om att överlåta Pearl Harbor som hamn för tullfri export av socker till USA. När kung Kalākaua valdes i mars 1874 föranledde kravaller att sjömän från USS Tuscarora och Portsmouth landsattes. Det brittiska krigsfartyget HMS Tenedos landade också en symbolisk styrka. Under kung Kalākaua fick USA ensamrätt att gå in i Pearl Harbor och upprätta ”en kolnings- och reparationsstation.”
Och även om detta fördrag fortsatte att gälla fram till augusti 1898 befäste USA inte Pearl Harbor som en flottbas. Som i 60 år utgjorde den grunda infarten en formidabel barriär mot användningen av de djupa skyddade vattnen i den inre hamnen.
USA och Hawaiikungadömet undertecknade 1875 års ömsesidighetsfördrag som kompletterades av konventionen den 6 december 1884. Detta fördrag ratificerades 1887. Den 20 januari 1887 gav USA:s senat flottan ensamrätt att upprätthålla en kolnings- och reparationsstation i Pearl Harbor. (USA tog det i besittning den 9 november samma år). Det spansk-amerikanska kriget 1898 och önskan om att USA skulle ha en permanent närvaro i Stilla havet bidrog båda till beslutet.
Marin närvaro (1899-nutid)
USS Arizona, under den japanska attacken mot Pearl Harbor, 7 december 1941
Efter att det hawaiiska kungadömet störtades etablerade USA:s flotta en bas på ön 1899. Den 7 december 1941 attackerades basen av den kejserliga japanska flottans flygplan och dvärgubåtar, vilket ledde till att USA gick in i andra världskriget. Det fanns ingen meningsfull plan för luftförsvaret av Hawaii, eftersom de amerikanska befälhavarna inte hade någon förståelse för luftstridskraftens möjligheter och korrekta användning. Om Stillahavsflottan hade agerat på grund av varningsvarningarna skulle den utan tvekan ha sjösatts och varit till sjöss den 7 december, där de stora fartygen skulle ha sjunkit på djupt vatten, vilket gjorde det omöjligt att bärga dem. Kort efter det förödande japanska överraskningsanfallet vid Pearl Harbor degraderades två amerikanska militära befälhavare, generallöjtnant Walter Short och amiral Husband Kimmel, från sina fulla grader. De två amerikanska befälhavarna försökte senare återställa sitt rykte och sina fulla grader.
Efter andra världskriget
Under åren förblev Pearl Harbor en huvudbas för USA:s Stillahavsflotta efter andra världskriget tillsammans med marinbasen San Diego. År 2010 slog flottan och flygvapnet samman sina två närliggande baser; Pearl Harbor slogs samman med Hickam Air Force Base för att skapa Joint Base Pearl Harbor-Hickam.
I december 2016 gjorde Japans premiärminister Shinzo Abe ett gemensamt besök i Pearl Harbor med USA:s president Barack Obama. Resan markerade 75-årsdagen av attacken och var det första officiella besöket av en sittande japansk ledare.
I december 2019 dödade en sjöman från den amerikanska flottan två civila arbetare och skadade en annan, innan han sköt sig själv på Pearl Harbor Naval Shipyard.
Den 11 maj 2020 tillkännagavs att en gemensam expedition av Ocean Infinity, med sitt fartyg Pacific Constructor, och SEARCH Inc:s driftcentral, ledd av Dr. James Delgado, hade upptäckt Nevada’s vrak. Det ligger på ett djup av 15 400 fot (4 700 m) utanför Hawaiis kust och cirka 65 nautiska mil sydväst om Pearl Harbor. Arkeologerna dokumenterade också de två tripodermasterna, delar av bryggan, delar av däck och överbyggnad samt en tank som placerats på däcket för atombombstesterna. Skrovet var fortfarande målat och numret ”36” var synligt på aktern. Till följd av den globala hälsokrisen COVID-19-pandemin har fartyget stannat till sjöss på en rad olika uppdrag.