Pearl Harbor oli alun perin laaja matala merenlahti, jota havaijilaiset kutsuivat nimellä Wai Momi (tarkoittaen ”Helmen vedet”) tai Puʻuloa (tarkoittaen ”pitkä kukkula”). Puʻuloa pidettiin Havaijin legendoissa haijumalatar Kaʻahupahaun ja hänen veljensä (tai poikansa) Kahiʻukan kotina. Perinteen mukaan Keaunuin, mahtavien Ewa-päälliköiden johtajan, uskotaan leikanneen purjehduskelpoisen väylän nykyisen Puʻuloa-suolatehtaan lähelle, minkä ansiosta ”Pearl River” -nimellä tunnettu jokisuisto oli purjehduskelpoinen. Kun otetaan huomioon legendan vahvistaminen, suistossa oli jo ennestään suuaukko nykyisen aukon kohdalla, mutta Keaunuille annetaan tyypillisesti kunnia sen laajentamisesta ja syventämisestä.
Kahdeksastoista vuosisata
Pearl Harbor 1880-luvulla.
1900-luvun alkupuolella Pearl Harboria ei käytetty suurille laivoille sen matalan sisäänkäynnin vuoksi. Yhdysvaltojen kiinnostus Havaijisaaria kohtaan kasvoi sen valaanpyynti-, merenkulku- ja kauppatoiminnan seurauksena Tyynellämerellä. Jo vuonna 1820 nimitettiin ”Yhdysvaltojen kauppa- ja merimiesasiamies” huolehtimaan amerikkalaisista liiketoimista Honolulun satamassa. Näihin kaupallisiin yhteyksiin Amerikan mantereelle liittyi myös Yhdysvaltain ulkomaan lähetystyön toimikunnan (Board of Commissioners for Foreign Missions) toiminta. Amerikkalaisista lähetyssaarnaajista ja heidän perheistään tuli kiinteä osa Havaijin poliittista elintä.
1820- ja 1830-luvuilla Honolulussa vieraili monia amerikkalaisia sota-aluksia. Useimmissa tapauksissa komentajilla oli mukanaan Yhdysvaltain hallituksen kirjeitä, joissa annettiin neuvoja hallituksen asioista ja saarivaltion suhteista ulkovaltoihin. Vuonna 1841 Honolulussa painettu sanomalehti Polynesian kannatti, että Yhdysvallat perustaisi Havaijille laivastotukikohdan valaanpyyntiä harjoittavien amerikkalaisten suojelemiseksi. Britannian Havaijin ulkoministeri Robert Crichton Wyllie huomautti vuonna 1840, että ”… mielipiteeni on, että tapahtumien vuorovesi syöksyy kohti liittämistä Yhdysvaltoihin.”
Kansalaissodan päättymisen, Alaskan oston, Tyynenmeren osavaltioiden kasvaneen merkityksen, Aasian maiden kanssa suunnitteilla olevan kaupankäynnin ja Havaijin peruselintarvikkeille haluttujen tullivapaiden markkinoiden toivomisen myötä Havaijin kauppa laajeni. Vuonna 1865 muodostettiin Pohjois-Tyynenmeren laivue (North Pacific Squadron), joka käsitti länsirannikon ja Havaijin. Lackawanna määrättiin seuraavana vuonna risteilemään saarten välillä, ”paikassa, joka on erittäin kiinnostava ja yhä tärkeämpi”. Alus tutki Havaijin luoteisaaria kohti Japania. Tämän seurauksena Yhdysvallat vaati Midwayn saarta. Laivastoministeri saattoi kirjoittaa vuoden 1868 vuosikertomuksessaan, että marraskuussa 1867 Honolulussa valaanpyynti- ja kauppalaivojen yllä liehui 42 amerikkalaista lippua vain kuutta muiden kansakuntien lippua vastaan. Tämä lisääntynyt toiminta aiheutti ainakin yhden sota-aluksen pysyvän komennuksen Havaijin vesille. Siinä myös kehuttiin Midwayn saaren omaavan Honolulun sataman veroisen sataman. Seuraavana vuonna kongressi hyväksyi 1. maaliskuuta 1869 50 000 dollarin määrärahan tämän sataman lähestymistapojen syventämiseksi.
Astronautin valokuva Pearl Harborista lokakuulta 2009
Vuoden 1868 jälkeen, kun Tyynenmeren laivaston komentaja vieraili saarilla valvomassa Yhdysvaltain etuja, merivoimien upseereilla oli tärkeä rooli sisäisissä asioissa. He toimivat välimiehinä liikekiistoissa, kauppasopimusten neuvottelijoina sekä lain ja järjestyksen puolustajina. Havaijin kuninkaallisen perheen jäsenille ja saarten hallituksen tärkeille virkamiehille järjestettiin säännöllisiä matkoja saarten välillä ja mantereelle Yhdysvaltain sota-aluksilla. Kun kuningas Lunalilo kuoli vuonna 1873, neuvottelut Pearl Harborin luovuttamisesta satamaksi sokerin tullitonta vientiä varten Yhdysvaltoihin olivat käynnissä. Kun kuningas Kalākaua valittiin maaliskuussa 1874, mellakat saivat aikaan sen, että USS Tuscaroran ja Portsmouthin merimiehet nousivat maihin. Myös brittiläinen sota-alus HMS Tenedos laskeutui maihin symbolisin joukoin. Kuningas Kalākauan valtakaudella Yhdysvalloille myönnettiin yksinoikeus päästä Pearl Harboriin ja perustaa ”hiilentämis- ja korjausasema.”
Vaikka tämä sopimus oli voimassa elokuuhun 1898 asti, Yhdysvallat ei linnoittanut Pearl Harboria laivastotukikohdaksi. Kuten 60 vuoden ajan, matala sisäänkäynti muodosti pelottavan esteen sisäsataman syvien suojattujen vesien käytölle.
Yhdysvallat ja Havaijin kuningaskunta allekirjoittivat 6. joulukuuta 1884 vuoden 1875 vastavuoroisuussopimuksen, sellaisena kuin se on täydennettynä yleissopimuksella. Tämä sopimus ratifioitiin vuonna 1887. Tammikuun 20. päivänä 1887 Yhdysvaltain senaatti myönsi laivastolle yksinoikeuden ylläpitää Pearl Harborissa hiilenkäsittely- ja korjausasemaa. (Yhdysvallat otti sen haltuunsa 9. marraskuuta samana vuonna). Vuoden 1898 espanjalais-amerikkalainen sota ja Yhdysvaltojen halu saada pysyvä läsnäolo Tyynellämerellä vaikuttivat molemmat päätökseen.
Merivoimien läsnäolo (1899-nykyinen)
USS Arizona Japanin hyökkäyksen aikana Pearl Harboriin 7. joulukuuta 1941
Hawaijin kuningaskunnan kukistamisen jälkeen Yhdysvaltain laivasto perusti tukikohdan saarelle vuonna 1899. Joulukuun 7. päivänä 1941 Japanin keisarillisen laivaston lentokoneet ja kääpiösukellusveneet hyökkäsivät tukikohtaan, mikä aiheutti Yhdysvaltojen liittymisen toiseen maailmansotaan. Havaijin ilmapuolustusta varten ei ollut mielekästä suunnitelmaa, sillä amerikkalaisilla komentajilla ei ollut käsitystä ilmavoimien kyvyistä ja asianmukaisesta käytöstä. Jos Tyynenmeren laivasto olisi toiminut sotavaroitusten mukaisesti, se olisi epäilemättä lähtenyt liikkeelle ja ollut merellä 7. joulukuuta, jolloin suurimmat alukset olisivat uponnut syvään veteen, jolloin pelastaminen olisi ollut mahdotonta. Pian Pearl Harborin tuhoisan japanilaisten yllätyshyökkäyksen jälkeen kaksi amerikkalaista sotilaskomentajaa, kenraaliluutnantti Walter Short ja kenraalimarsalkka Husband Kimmel, alennettiin kaikista arvoasteistaan. Myöhemmin nämä kaksi amerikkalaista komentajaa pyrkivät palauttamaan maineensa ja täydet arvonsa.
Toisen maailmansodan jälkeen
Vuosien mittaan Pearl Harbor säilyi toisen maailmansodan jälkeen Yhdysvaltain Tyynenmeren laivaston tärkeimpänä tukikohtana yhdessä laivastotukikohta San Diegon kanssa. Vuonna 2010 laivasto ja ilmavoimat yhdistivät kaksi läheistä tukikohtaansa; Pearl Harbor yhdistyi Hickamin lentotukikohdan kanssa Joint Base Pearl Harbor-Hickamiksi.
Joulukuussa 2016 Japanin pääministeri Shinzo Abe teki Pearl Harboriin yhteisen vierailun Yhdysvaltain presidentin Barack Obaman kanssa. Matka merkitsi hyökkäyksen 75. vuosipäivää, ja se oli Japanin istuvan johtajan ensimmäinen virallinen vierailu.
Joulukuussa 2019 Yhdysvaltain laivaston merimies tappoi kaksi siviilityöntekijää ja haavoitti toista, ennen kuin ampui itsensä Pearl Harborin laivastotelakalla.
11. toukokuuta 2020 ilmoitettiin, että Ocean Infinityn yhteinen tutkimusretkikunta laivallaan Tyynenmeren rakennuttaja (Pacific Constructor) ja tohtori James Delgadon johtaman SEARCH Inc:n operaatiokeskuksen yhteinen tutkimusretkikunta oli havainnut Nevadan hylkyä. Se sijaitsee 4 700 metrin (15 400 jalan) syvyydessä Havaijin rannikon edustalla ja noin 65 meripeninkulmaa Pearl Harborista lounaaseen. Arkeologit dokumentoivat myös kaksi kolmijalkaista mastoa, osia sillasta, kannen ja päällysrakenteen osia sekä kannelle atomipommikokeita varten sijoitetun säiliön. Aluksen runko oli edelleen maalattu, ja perässä näkyi numero ”36”. Maailmanlaajuisen terveyskriisin COVID-19-pandemian seurauksena alus on jäänyt merelle erilaisiin tehtäviin.