Vid sjukhusets invigning var behandlingen av cancer främst palliativ. Sjukhuset erbjöd vad som ansågs vara de bästa behandlingarna som fanns tillgängliga för den tiden. Cancerbehandling innebar då i bästa fall att lindra smärta och göra den drabbade så bekväm som möjligt. Många patienter kom till New Yorks cancersjukhus i själva verket för att dö, lindrade av morfin. Andra former av lindring var vagnsturer i Central Park och söndagsgudstjänster i sjukhusets kapell för den heliga Elisabeth av Ungern, de lidandes skyddshelgon.
Från början verkade NYCH vara fyllt av olycka. Bara några månader efter att ha lagt grundstenen till det nya sjukhuset dog en av dess främsta välgörare, Elizabeth Hamilton Cullum, i livmodercancer. Av en slump dog John Jacob Astors hustru Charlotte Augusta Astor också i livmodercancer bara en vecka före sjukhusets invigning i december 1887, och missade därmed sin chans att troligen bli botad. Delvis på grund av hans generösa ekonomiska bidrag till anläggningen fick New Yorks cancersjukhus första flygel det passande namnet ”Astor Pavilion”.
Arkitekten Charles Haights runda torn, som inspirerades lika mycket av moderna medicinska teorier som av franska slott från 1500-talet, var utformade för att avskräcka bakterier och smuts från att ansamlas i skarpa hörn, som på den tiden ansågs vara en grogrund för sjukdomar. Ett luftschakt gick vertikalt genom mitten av varje torn för att förhindra att luften stagnerade på avdelningarna. Denna konstruktion ansågs vara det allra senaste inom 1800-talets ventilationsteknik: New York Times kommenterade 1888 att ”sammantaget markerade funktionerna en ny början i sjukhusbyggandet och gör denna beundransvärda struktur till en modell i sitt slag.”
Tjugohundratalet förde med sig nya tekniker inom cancerbehandling, inklusive strålbehandling. År 1921 besökte Marie Curie New York Cancer Hospital, som då hade bytt namn till General Memorial Hospital for the Treatment of Cancer and Allied Diseases, för att se det valv av tegel och stål där sjukhuset förvarade sina fyra gram radium – på den tiden den största ansamlingen i världen. Dr Edward H. Rogers, som eskorterade henne, försäkrade The Times att det inte finns några fall där någon skulle ha skadats av radium. Han förnekade att Curie hade skadats av det radioaktiva materialet och sade att hon nyligen hade varit sjuk endast på grund av anemi. Under denna period började riskerna med radium framträda, vilket gav upphov till defensiva påståenden från dess förespråkare. Hon dog 1934, föga förvånande på grund av radiumförgiftning. I efterhand kan man konstatera att tidiga strålbehandlingar ofta var värre än den sjukdom som de var avsedda att bota. Strålning orsakade svåra brännskador och i vissa fall ytterligare cancer. New York Cancer Hospital må ha hyllats som en framgång för sina goda avsikter, men lidandet för dem som befann sig där tog aldrig slut. Plagat av den ökande dödligheten hade NYCH sitt eget krematorium som låg i anläggningens källare, vilket blev ännu mer fruktansvärt när man genom de gotiska fönstren kunde se den höga skorstenen väster om huvudbyggnaden.
Storst på grund av att cancer förblev så dödlig fick sjukhuset snart ekonomiska problem. Det kom att bli känt som ”Bastiljen”, en plats som patienter och kunder måste frukta och undvika. Vid sekelskiftet 1900 ändrade administratörerna av det belägrade sjukhuset sitt namn till General Memorial Hospital och i början av 1920-talet till General Memorial Hospital for the Treatment of Cancer and Allied Diseases. Genom årtiondena uthärdade sjukhuset sitt mödosamma engagemang för sina principiella skäl att hitta ett botemedel mot cancer.
1955 flyttade General Memorial Hospital for the Treatment of Cancer and Allied Diseases från den föråldrade Central Park West-anläggningen till sin nya plats på East Side. Där växte det till det som idag är Memorial Sloan-Kettering Cancer Center. Det var under denna tid som den tidigare byggnaden för New York Cancer Hospital började förfalla. Under den nya ägaren Bernard Bergman, en magnat av vårdhem, förvandlades den till en anläggning som kallades Towers Nursing Home. Vårdhemmet blev senare ökänt för sin vårdslöshet och bristande standard. De äldre patienterna vittnade om ”fruktansvärda förhållanden”, bland annat otillräcklig värme, skadedjursangrepp, fysisk misshandel och vårdslöshet. Patienterna var inte heller de enda som försummades. De gamla lokalerna var ovårdade, smutsiga och en ”stickande lukt” fyllde luften. Den en gång oklanderliga byggnaden blev en sorglig, förfallen plats. En statlig och federal utredning följde efter en undersökning av anklagelser om Medicaid- och skattebedrägerier som slutligen fick hemmet att stänga sina dörrar 1974. Det tidigare New York Cancer Hospital lämnades i ett så katastrofalt skick efter vårdhemmets stängning att det talades om rivning innan New York City Landmarks Preservation Commission utsåg sjukhusbyggnaden till ett historiskt landmärke 1976.