Sairaalan avajaisissa syövän hoito oli enimmäkseen lievittävää. Sairaala tarjosi parhaiksi katsottuja hoitoja siihen aikaan. Syöpähoito tarkoitti silloin parhaimmillaan kivun lievittämistä ja sairastuneen mahdollisimman mukavaa oloa. Monet potilaat tulivat New Yorkin syöpäsairaalaan itse asiassa kuolemaan morfiinin rauhoittamina. Muita helpotuksen muotoja olivat vaunuajelut Central Parkissa ja sunnuntaiset jumalanpalvelukset sairaalan Pyhän Elisabetin, kärsivien suojeluspyhimyksen, kappelissa.
NYCH näytti alusta alkaen olevan täynnä epäonnea. Vain kuukausia uuden sairaalan peruskiven laskemisen jälkeen yksi sen tärkeimmistä hyväntekijöistä, Elizabeth Hamilton Cullum, menehtyi kohtusyöpään. Sattumalta myös John Jacob Astorin vaimo Charlotte Augusta Astor kuoli kohtusyöpään vain viikko ennen sairaalan avajaisia joulukuussa 1887, jolloin hän menetti tilaisuutensa parantua. Osittain hänen anteliaiden taloudellisten lahjoitustensa ansiosta New Yorkin syöpäsairaalan ensimmäinen siipi nimettiin sopivasti ”Astor Pavilioniksi”.
Arkkitehti Charles Haightin pyöreät tornit olivat yhtä lailla nykyaikaisen lääketieteellisen teorian kuin 1500-luvun ranskalaisten linnojen innoittamia, ja ne suunniteltiin estämään bakteereja ja likaa kerääntymästä teräviin kulmiin, joita pidettiin tuolloin tautien suojapaikkoina. Kunkin tornin keskellä kulki pystysuoraan ilmakuilu, joka esti ilman pysähtymisen osastoille. Tätä rakennetta pidettiin 1800-luvun uusimpana ilmanvaihtotekniikkana: New York Times kommentoi vuonna 1888, että ”kaiken kaikkiaan nämä piirteet merkitsivät uutta käännettä sairaalarakentamisessa ja tekevät tästä ihailtavasta rakennuksesta lajinsa esikuvan.”
1900-luku toi mukanaan syövänhoidon uusia tekniikoita, muun muassa sädehoidon. Vuonna 1921 Marie Curie vieraili New Yorkin syöpäsairaalassa, jonka nimeksi oli tuolloin muutettu General Memorial Hospital for the Treatment of Cancer and Allied Diseases, nähdäkseen tiilestä ja teräksestä valmistetun holvin, jossa sairaala säilytti neljää grammaa radiumia – tuolloin maailman suurinta kertymää. Tohtori Edward H. Rogers, joka saattoi häntä, vakuutti The Times -lehdelle, ettei ole tiedossa yhtään tapausta, jossa radium olisi vahingoittanut kenenkään terveyttä. Hän kiisti, että Curie olisi kärsinyt radioaktiivisesta aineesta, ja sanoi, että hän oli viime aikoina sairastanut vain anemiaa. Tänä aikana radiumin vaarat alkoivat tulla esiin, mikä herätti radiumin kannattajien puolustusväitteitä. Curie kuoli vuonna 1934, mikä ei yllättäen johtunut radiummyrkytyksestä. Jälkikäteen ajateltuna varhaiset sädehoidot olivat usein pahempia kuin sairaus, joka niillä oli tarkoitus parantaa. Säteily aiheutti vakavia palovammoja ja joissakin tapauksissa uusia syöpiä. New Yorkin syöpäsairaalaa saatettiin pitää menestyksenä sen hyvien aikomusten vuoksi, mutta sairaalassa hoidettujen kärsimykset eivät loppuneet. Kasvavan kuolemantapausten määrän vaivaamana NYCH:llä oli oma krematorio, joka sijaitsi laitoksen kellarikerroksessa, ja sen goottilaisista ikkunoista näkyi entistäkin kauhistuttavampi näkymä päärakennuksen länsipuolella olevaan korkeaan savupiippuun.
Johtuen pitkälti siitä, että syöpä säilyi edelleen niin tappavana, sairaala ajautui pian taloudellisiin vaikeuksiin. Se tuli tunnetuksi ”Bastiljina”, paikkana, jota potilaat ja asiakkaat pelkäsivät ja välttelivät. Vuosisadan vaihteessa ahdingossa olleen sairaalan hallinto muutti sen nimen General Memorial Hospitaliksi ja uudelleen 1920-luvun alussa General Memorial Hospital for the Treatment of Cancer and Allied Diseases -nimiseksi sairaalaksi. Vuosikymmenten ajan sairaala kesti vaivalloisen omistautumisensa sen tärkeimmille perusteille, jotka olivat syövän parannuskeinon löytäminen.
Vuonna 1955 General Memorial Hospital for the Treatment of Cancer and Allied Diseases muutti vanhentuneista Central Park Westin tiloista uuteen sijaintipaikkaansa East Sidelle. Siellä siitä kasvoi nykyinen Memorial Sloan-Kettering Cancer Center. Tänä aikana entinen New Yorkin syöpäsairaalan rakennus alkoi rappeutua. Hoitokotimagnaatti Bernard Bergmanin uudessa omistuksessa se muutettiin Towers Nursing Home -nimiseksi laitokseksi. Hoitokodista tuli myöhemmin surullisen kuuluisa huolimattomuudestaan ja standardien puutteesta. Iäkkäät potilaat todistivat ”hirvittävistä olosuhteista”, kuten riittämättömästä lämmöstä, tuholaisten esiintymisestä, fyysisestä pahoinpitelystä ja laiminlyönnistä. Potilaat eivät myöskään olleet ainoita laiminlyötyjä. Vanhat tilat olivat hoitamattomat, likaiset, ja ”pistävä haju” täytti ilman. Aikoinaan moitteettomasta rakennuksesta tuli surullinen ränsistynyt paikka. Medicaid- ja veropetossyytöksiä koskevien syytösten jälkeen alkoi osavaltion ja liittovaltion tutkinta, joka lopulta johti siihen, että hoitokoti joutui sulkemaan ovensa vuonna 1974. Entinen New Yorkin syöpäsairaala jäi hoitokodin sulkemisen jälkeen niin katastrofaaliseen kuntoon, että puhuttiin sen purkamisesta, ennen kuin New Yorkin kaupungin Landmarks Preservation Commission nimesi sairaalarakennuksen historialliseksi maamerkiksi vuonna 1976.