Tijdens de oprichting van het ziekenhuis was de behandeling van kanker vooral palliatief van aard. Het ziekenhuis bood wat werd beschouwd als de beste behandelingen die voor die tijd beschikbaar waren. De behandeling van kanker betekende toen in het beste geval het verlichten van de pijn en het de patiënt zo comfortabel mogelijk maken. Veel patiënten kwamen naar het New York Cancer Hospital, in feite om te sterven, verzacht door morfine. Andere vormen van verlichting waren koetstochten in Central Park en zondagse diensten in de kapel van het ziekenhuis van St. Elizabeth van Hongarije, patroonheilige van de lijdenden.
Het NYCH leek vanaf het begin met tegenslag te kampen te hebben. Slechts enkele maanden na het leggen van de eerste steen van het nieuwe ziekenhuis, bezweek een van de belangrijkste weldoeners, Elizabeth Hamilton Cullum, aan baarmoederkanker. Toevallig stierf ook de vrouw van John Jacob Astor, Charlotte Augusta Astor, aan baarmoederkanker, slechts een week voor de grote opening van het ziekenhuis in december 1887, waardoor zij haar kans op vermoedelijke genezing misliep. Mede dankzij zijn gulle financiële bijdragen aan de faciliteit werd de eerste vleugel van het New York Cancer Hospital toepasselijk het “Astor Pavilion” genoemd.
De ronde torens van architect Charles Haight, die zowel door moderne medische theorieën als door 16e-eeuwse Franse kastelen waren geïnspireerd, waren ontworpen om te voorkomen dat ziektekiemen en vuil zich zouden ophopen in scherpe hoeken, die in die tijd werden beschouwd als een broedplaats voor ziekten. Een luchtschacht liep verticaal door het midden van elke toren om te voorkomen dat de lucht in de ziekenzalen zou stagneren. Dit ontwerp werd beschouwd als het allernieuwste in de 19e-eeuwse ventilatietechnologie: De New York Times merkte in 1888 op dat “al met al de kenmerken een nieuw begin markeerden in de ziekenhuisbouw en dit bewonderenswaardige bouwwerk tot een model in zijn soort maken.”
De 20e eeuw bracht nieuwe technieken in de behandeling van kanker, waaronder bestralingstherapie. In 1921 bezocht Marie Curie het New York Cancer Hospital, dat toen was omgedoopt tot het General Memorial Hospital for the Treatment of Cancer and Allied Diseases, om de bakstenen en stalen kluis te bekijken waarin het ziekenhuis zijn vier gram radium bewaarde – op dat moment de grootste voorraad ter wereld. Dr. Edward H. Rogers, die haar begeleidde, verzekerde The Times dat er geen enkel geval bekend is van iemand die door radium in zijn gezondheid is aangetast. Hij ontkende dat Curie schade had opgelopen door het radioactieve materiaal en zei dat zij de laatste tijd alleen ziek was geweest door bloedarmoede. In deze periode begonnen de gevaren van radium aan het licht te komen, waardoor de voorstanders van radium zich begonnen te verdedigen. Ze stierf in 1934, niet verrassend als gevolg van radiumvergiftiging. Achteraf gezien waren de vroege bestralingsbehandelingen vaak erger dan de ziekte die ze moesten genezen. Bestraling veroorzaakte ernstige brandwonden en, in sommige gevallen, bijkomende kankers. Het New York Cancer Hospital mag dan een succes zijn geprezen vanwege zijn goede bedoelingen, maar er kwam geen einde aan het lijden van de mensen die er verbleven. Geplaagd door het groeiende sterftecijfer had het NYCH zijn eigen crematorium in de kelder van de faciliteit, des te vreselijker door het zicht, door de gotische ramen, op de hoge schoorsteen ten westen van het hoofdgebouw.
Grotendeels omdat kanker zo dodelijk bleef, kwam het ziekenhuis al snel in financiële problemen. Het kwam bekend te staan als “de Bastille”, een plaats die gevreesd en gemeden moest worden door patiënten en mecenassen. Rond de eeuwwisseling veranderden de beheerders van het geplaagde ziekenhuis de naam in het General Memorial Hospital en begin jaren twintig in het General Memorial Hospital for the Treatment of Cancer and Allied Diseases. Door de decennia heen zette het ziekenhuis zich moeizaam in voor zijn voornaamste doel, het vinden van een geneesmiddel tegen kanker.
In 1955 verhuisde het General Memorial Hospital for the Treatment of Cancer and Allied Diseases uit de verouderde Central Park West-faciliteit naar zijn nieuwe locatie aan de East Side. Daar groeide het uit tot het huidige Memorial Sloan-Kettering Cancer Center. In deze periode begon het voormalige New York Cancer Hospital in verval te raken. Onder de nieuwe eigenaar van verpleeghuismagnaat Bernard Bergman werd het veranderd in een faciliteit genaamd Towers Nursing Home. Het verpleeghuis werd later berucht om zijn nalatigheid en gebrek aan normen. De bejaarde patiënten getuigden van “afschuwelijke omstandigheden”, waaronder onvoldoende warmte, ongedierte, fysiek misbruik en verwaarlozing. De patiënten waren niet de enigen die verwaarloosd werden. De oude faciliteiten waren onverzorgd, smerig, en een “penetrante geur” vulde de lucht. Het eens smetteloze gebouw werd een trieste verwaarloosde plek. Een staats- en federaal onderzoek volgde op beschuldigingen van Medicaid- en belastingfraude die er uiteindelijk toe leidden dat het tehuis in 1974 zijn deuren moest sluiten. Het voormalige New York Cancer Hospital bleef in zo’n rampzalige toestand achter na de sluiting van het verpleeghuis dat er sprake was van sloop voordat de New York City Landmarks Preservation Commission het ziekenhuisgebouw in 1976 aanwees als een historisch monument.