Den 25 juli 1919 hade den sovjetiska regeringens biträdande kommissarie för utrikesfrågor, Lev Karakhan, utfärdat ett manifest till den kinesiska regeringen där han lovade att den kinesiska östra järnvägen skulle återgå till kinesisk kontroll utan ekonomiska kostnader. Den 26 augusti publicerades Karachans manifest i sovjetisk press, men dokumentet nämnde varken återlämnande av CER till kineserna eller avsaknaden av ekonomisk kompensation.
Samman med Karachans ursprungliga telegram hade kineserna Vilenskis pamflett som bevis. Vilenski-pamfletten visar också för kineserna att Sovjet var villigt att återlämna CER till kineserna utan kompensation. Karakhan-telegrammet av den 25 juli visar Sovjetunionens ursprungliga avsikt, som var att återlämna CER till kineserna utan kompensation. Telegrammet från den 25 juli användes för att uppfylla de diplomatiska kraven för den kinesiska regeringen, medan telegrammet från den 26 augusti offentliggjordes för att upprätthålla propagandakraven inom Sovjetunionen.
Det första stora steget i avslöjandet av kinesernas fientliga övertagande av CER 1929 börjar med förståelsen av det hemliga protokollet av den 14 mars 1924 och det hemliga avtalet av den 20 september 1924. I det hemliga protokollet av den 14 mars 1924 fastslogs att alla tidigare konventioner, fördrag, protokoll, kontrakt och alla andra dokument mellan Sovjetunionen och Kina skulle ogiltigförklaras tills en konferens kunde sammankallas. Detta gjorde alla fördrag, gränsförbindelser och handelsförbindelser beroende av den kommande konferensen. Detta gav i sin tur Sovjet tid att vända sig till Zhang Xueliang i Manchuriet, den starkaste krigsherren där vid den tiden. Han hade kontroll över regeringen i Mukden (i dag är staden känd som Shenyang). Sovjet var först med att föreslå en gemensam förvaltning av CER tillsammans med kineserna, men Zhang stod i vägen för denna gemensamma förvaltning. Sovjet beslutade sig för att göra en överenskommelse med Zhang.
Den 31 maj 1924 undertecknade Lev Karakhan och Dr. V. K. Wellington Koo, utrikesminister för Republiken Kina, det kinesisk-sovjetiska fördraget. Det innehöll flera artiklar, vilket spelade Sovjet i händerna, eftersom det i artikel V stod att ”anställning av personer i järnvägens olika avdelningar ska ske i enlighet med principen om lika representation mellan medborgare från Unionen av socialistiska sovjetrepubliker och medborgare från Republiken Kina”. Sovjeterna tillade: ”Vid genomförandet av principen om jämlik representation ska järnvägens normala liv och verksamhet under inga omständigheter avbrytas eller skadas, det vill säga anställningen av båda nationaliteterna ska ske i enlighet med de sökandes erfarenhet, personliga kvalifikationer och lämplighet.”
Medans förhandlingarna hade avslutats med kineserna vände sig sovjeterna för att göra en uppgörelse med Zhang Xueliang. De lovade honom full kontroll över valet av vilka kinesiska tjänstemän som skulle sitta i styrelsen i den gemensamma kinesisk-sovjetiska förvaltningen av CER. Detta skulle ge honom halva kontrollen över CER. Den 20 september 1924 undertecknade han det hemliga avtalet, utan att veta att den kinesiska regeringen hade undertecknat det hemliga protokollet tidigare under året. Eftersom CER ursprungligen kontrollerades av Sovjetunionen skulle majoriteten av positionerna stå under sovjetisk kontroll. Sedan hävdade Sovjet att de skulle behålla majoritetskontrollen eftersom varje annan lösning skulle avbryta eller skada järnvägen.
Sovjeterna var också presidentens marionettförare för CER. Den sovjetiska regeringen kunde återfå majoritetskontrollen över CER genom att spela ut de hemliga protokollen mot varandra och utmanövrera kineserna. Sovjet lät kineserna tro att de lade till arbetare som var lojala mot sin regering. Men i själva verket skapade sovjeterna fler arbetstillfällen på järnvägen och anställde sovjetiska arbetare. Till slut kontrollerade sovjeterna 67 procent av alla positioner på CER.
Kineserna underhöll gemensam förvaltning fram till mitten av 1929. Övergången från sovjetisk kontroll till kinesisk kontroll började när de kinesiska myndigheterna gjorde ett radikalt drag för att försöka få bort den sovjetiska ledningen. Kinesiska myndigheter stormade det sovjetiska konsulatet i Harbin. De arresterade CER:s generaldirektör, hans assistent och andra sovjetiska medborgare och avlägsnade dem från makten i CER. Sovjet slog tillbaka genom att arrestera kinesiska medborgare inne i Sovjetunionen. Den 13 juli 1929 skickade sovjeterna sina formella krav till kineserna om vad som hände i CER. Den 19 juli avbröt de sina diplomatiska förbindelser med kineserna. De avbröt järnvägsförbindelserna och krävde att alla kinesiska diplomater skulle lämna sovjetiskt territorium. Den 20 juli överförde sovjeterna sina medel till New York. Medan de befann sig i städerna Suifenhe och Lahususa terroriserade sovjeterna den kinesiska civilbefolkningen genom att ha sina krigsfartygs kanoner riktade mot staden och låta sina flygplan göra förbiflygningar. Många medlemmar av den sovjetiska ledningen, såsom Kliment Vorosjilov, uppmanade till ett militärt ingripande, men generalsekreterare Josef Stalin tvekade till en början, eftersom han fruktade en japansk reaktion på en sovjetisk invasion av Manchuriet. Efter att den sovjetiska generalkonsuln i Tokyo fått information enligt vilken Japan skulle hålla sig utanför konflikten så länge som Sovjet begränsade eventuella invasioner till norra Manchuriet, bestämde sig dock Stalin för att agera. Den 6 augusti skapade Sovjetunionen den speciella Fjärran östernarmén Red Banner under ledning av Vasilij Blyukher med hjälp av Vorosjilov. Omkring 20 % av hela den sovjetiska armén mobiliserades för att delta i eller bistå operationen. Genom att göra detta var de villiga att göra vad som helst för att återföra CER till deras kontroll. Det kinesiska ledarskapet blev överraskat av denna händelseutveckling, eftersom man inte hade förväntat sig att Sovjetunionen skulle reagera så aggressivt. Zhang värvade snabbt fler trupper, framför allt tusentals antikommunistiska ryssar som levde som vita emigranter i Manchuriet. En del av vitryssarna organiserade till och med gerillagrupper för att föra kriget in i Sovjetunionen.