Op 25 juli 1919 had de assistent-commissaris van Buitenlandse Zaken van de Sovjetregering, Lev Karakhan, een manifest aan de Chinese regering gericht waarin hij de teruggave van de Chinese Oosterspoorweg aan de Chinezen beloofde, zonder financiële kosten. Op 26 augustus werd het Karakhan Manifest door de Sovjetpers gepubliceerd, maar het document vermeldde noch de teruggave van CER aan de Chinezen noch het ontbreken van financiële compensatie.
Naast het originele Karakhan telegram hadden de Chinezen het Vilenski pamflet als bewijsmateriaal. Het Vilenski pamflet toont de Chinezen ook aan dat de Sovjets bereid waren de CER zonder compensatie aan de Chinezen terug te geven. Het Karakhan-telegram van 25 juli toont de oorspronkelijke bedoeling van de Sovjet-Unie aan, namelijk om de CER zonder compensatie aan de Chinezen terug te geven. Het telegram van 25 juli werd gebruikt om aan de diplomatieke eisen van de Chinese regering te voldoen, terwijl het telegram van 26 augustus werd gepubliceerd om aan de propaganda-eisen binnen de Sovjet-Unie te voldoen.
De eerste grote stap in het blootleggen van de vijandige overname van de CER door de Chinezen in 1929 begint met het begrijpen van het Geheime Protocol van 14 maart 1924, en de Geheime Overeenkomst van 20 september 1924. Het Geheime Protocol van 14 maart 1924 bepaalde dat alle vroegere overeenkomsten, verdragen, protocollen, contracten en elk ander document tussen de Sovjetunie en China nietig zouden worden verklaard totdat een conferentie bijeen kon worden geroepen. Dit maakte alle verdragen, grensbetrekkingen en handelsbetrekkingen afhankelijk van de komende conferentie. Dit gaf de Sovjets op hun beurt de tijd om zich te wenden tot Zhang Xueliang in Mantsjoerije, de sterkste krijgsheer aldaar op dat moment. Hij had de controle over de regering van Mukden (de stad staat vandaag bekend als Shenyang). De Sovjets waren de eersten die een gezamenlijk beheer van de CER met de Chinezen voorstelden, maar Zhang stond dit gezamenlijke beheer in de weg. De Sovjets besloten een deal te sluiten met Zhang.
Op 31 mei 1924 ondertekenden Lev Karakhan en Dr. V. K. Wellington Koo, de minister van Buitenlandse Zaken van de Republiek China, het Sino-Sovjetverdrag. Het bevatte meerdere artikelen, die de Sovjets precies in de kaart speelden, want in artikel V stond: “De tewerkstelling van personen in de verschillende afdelingen van de spoorwegen zal geschieden volgens het beginsel van gelijke vertegenwoordiging van onderdanen van de Unie van Socialistische Sovjetrepublieken en die van de Republiek China.” De Sovjets voegden daaraan toe: “Bij de uitvoering van het beginsel van gelijke vertegenwoordiging zal de normale gang van zaken en de activiteiten van de Spoorweg in geen geval worden onderbroken of geschaad, d.w.z. de tewerkstelling van beide nationaliteiten zal in overeenstemming zijn met de ervaring, de persoonlijke kwalificaties en de geschiktheid van de aanvragers.”
Terwijl de onderhandelingen met de Chinezen waren afgerond, keerden de Sovjets zich om een deal te sluiten met Zhang Xueliang. Zij beloofden hem de volledige zeggenschap over de keuze van de Chinese ambtenaren die zitting zouden nemen in het bestuur van de gezamenlijke Chinees-Sovjet leiding van de CER. Dit zou hem de helft van de controle over de CER geven. Op 20 september 1924 ondertekende hij de geheime overeenkomst, niet wetende dat de Chinese regering eerder dat jaar het geheime protocol had ondertekend. Aangezien de CER oorspronkelijk door de Sovjets werd gecontroleerd, zou het merendeel van de posities onder Sovjetcontrole komen. Vervolgens beweerden de Sovjets dat zij de meerderheidscontrole moesten behouden omdat elke andere oplossing de spoorweg zou onderbreken of schaden.
De Sovjets waren ook de marionettenmeester van de President voor de CER. De Sovjetregering was in staat de meerderheidscontrole over de CER te heroveren door de geheime protocollen tegen elkaar uit te spelen en de Chinezen te slim af te zijn. De Sovjets lieten de Chinezen denken dat zij arbeiders toevoegden die loyaal waren aan hun regering. In werkelijkheid creëerden de Sovjets echter meer banen bij de spoorwegen en namen zij Sovjetarbeiders in dienst. Uiteindelijk controleerden de Sovjets 67% van alle posities op de CER.
De Chinezen onderhielden gezamenlijk beheer tot medio 1929. De overgang van Sovjetcontrole naar Chinese controle begon toen de Chinese autoriteiten radicaal probeerden het Sovjetmanagement te verwijderen. Chinese autoriteiten bestormden het Sovjet Consulaat in Harbin. Zij arresteerden de algemeen directeur van de CER, zijn assistent en andere Sovjetburgers en verwijderden hen uit de macht in de CER. De Sovjets namen wraak door Chinese burgers binnen de USSR te arresteren. Op 13 juli 1929 zonden de Sovjets hun formele eisen aan de Chinezen over wat er op de CER gebeurde. Op 19 juli verbraken zij hun diplomatieke betrekkingen met de Chinezen. Zij schortten het spoorwegverkeer op en eisten dat alle Chinese diplomaten het grondgebied van de Sovjet-Unie zouden verlaten. Tegen 20 juli maakten de Sovjets hun fondsen over naar New York. In de steden Suifenhe en Lahususa terroriseerden de Sovjets de Chinese burgers door de kanonnen van hun oorlogsschepen op de stad te richten en door hun vliegtuigen over de stad te laten vliegen. Veel leden van de Sovjetleiding, zoals Kliment Voroshilov, drongen aan op een militaire interventie, maar Secretaris-Generaal Jozef Stalin aarzelde aanvankelijk, uit vrees voor een Japanse reactie op een Sovjet-invasie van Mantsjoerije. Nadat de Sovjetconsul-generaal in Tokio echter informatie had verkregen volgens welke Japan zich buiten het conflict zou houden zolang de Sovjets eventuele invasies beperkten tot het noorden van Mantsjoerije, besloot Stalin tot actie over te gaan. Op 6 augustus riep de Sovjet-Unie het Speciale Rode Vaandel Leger voor het Verre Oosten in het leven, dat onder bevel stond van Vasilij Iljoekher en werd bijgestaan door Vorosjilov. Ongeveer 20% van de gehele Sovjet strijdkrachten werd gemobiliseerd om deel te nemen of te helpen bij de operatie. Daarmee waren zij bereid alles te doen wat nodig was om de CER weer onder hun controle te brengen. De Chinese leiders waren verrast door deze wending in de gebeurtenissen, omdat zij niet hadden verwacht dat de Sovjet-Unie zo agressief zou reageren. Zhang riep snel meer troepen in het strijdperk, vooral duizenden anticommunistische Russen die als Witrussen in Mantsjoerije woonden. Sommige van de Witrussen organiseerden zelfs guerrillagroepen om de oorlog in de Sovjet Unie te voeren.