Den 25. juli 1919 havde den sovjetiske regerings assisterende kommissær for udenrigsanliggender, Lev Karakhan, udsendt et manifest til den kinesiske regering, hvori han lovede, at den kinesiske østjernbane skulle overgå til kinesisk kontrol uden økonomiske omkostninger. Den 26. august blev Karakhan-manifestet offentliggjort af den sovjetiske presse, men dokumentet nævnte hverken returneringen af CER til kineserne eller den manglende økonomiske kompensation.
Sammen med det originale Karakhan-telegram havde kineserne Vilenski-pamfletten som bevis. Vilenski-pamfletten viser også kineserne, at sovjetterne var villige til at returnere CER til kineserne uden kompensation. Karakhan-telegrammet af 25. juli viser Sovjetunionens oprindelige hensigt, som var at returnere CER’en tilbage til kinesisk kontrol uden kompensation. Telegrammet af 25. juli blev brugt til at opfylde de diplomatiske krav til den kinesiske regering, mens telegrammet af 26. august blev offentliggjort for at opretholde propagandakrav inden for Sovjetunionen.
Det første store skridt i afsløringen af kinesernes fjendtlige overtagelse af CER i 1929 starter med forståelsen af den hemmelige protokol af 14. marts 1924 og den hemmelige aftale af 20. september 1924. Den hemmelige protokol af 14. marts 1924 fastslog, at alle tidligere konventioner, traktater, protokoller, kontrakter og alle andre dokumenter mellem Sovjetunionen og Kina ville blive annulleret, indtil en konference kunne indkaldes. Dette gjorde alle traktater, grænseforbindelser og handelsforbindelser afhængige af den kommende konference. Dette gav til gengæld Sovjet tid til at henvende sig til Zhang Xueliang i Manchuriet, som var den stærkeste krigsherre i landet på det tidspunkt. Han havde kontrol over regeringen i Mukden (i dag er byen kendt som Shenyang). Sovjet var de første til at foreslå en fælles forvaltning af CER sammen med kineserne, men Zhang stod i vejen for denne fælles forvaltning. Sovjet besluttede at indgå en aftale med Zhang.
Den 31. maj 1924 underskrev Lev Karakhan og Dr. V. K. Wellington Koo, udenrigsminister for Republikken Kina, den kinesisk-sovjetiske traktat. Den indeholdt flere artikler, som spillede Sovjet lige i hånden, for i artikel V stod der: “Ansættelse af personer i de forskellige afdelinger af jernbanen skal ske i overensstemmelse med princippet om ligelig repræsentation mellem statsborgere fra Unionen af Socialistiske Sovjetrepublikker og statsborgere fra Republikken Kina”. Sovjetunionen tilføjede: “Ved gennemførelsen af princippet om ligelig repræsentation må jernbanens normale livsforløb og aktiviteter under ingen omstændigheder afbrydes eller krænkes, det vil sige, at ansættelsen af begge nationaliteter skal ske i overensstemmelse med ansøgernes erfaring, personlige kvalifikationer og egnethed.”
Mens forhandlingerne var afsluttet med kineserne, vendte Sovjetunionen sig for at lave en aftale med Zhang Xueliang. De lovede ham fuld kontrol med at vælge, hvilke kinesiske embedsmænd der skulle sidde i bestyrelsen i den fælles kinesisk-sovjetiske ledelse af CER. Dette ville give ham halvdelen af kontrollen over CER. Den 20. september 1924 underskrev han den hemmelige aftale, uden at vide, at den kinesiske regering havde underskrevet den hemmelige protokol tidligere på året. Da CER oprindeligt var kontrolleret af Sovjetunionen, ville størstedelen af stillingerne være under sovjetisk kontrol. Derefter hævdede sovjetterne, at de skulle beholde majoritetskontrollen, fordi enhver anden løsning ville afbryde eller skade jernbanen.
Sovjetterne var også præsidentens marionetdukkefører for CER. Den sovjetiske regering var i stand til at genvinde flertallet af kontrollen med CER ved at spille de hemmelige protokoller ud mod hinanden og udmanøvrere kineserne. Sovjet lod kineserne tro, at de tilføjede arbejdere, der var loyale over for deres regering. Men i virkeligheden skabte Sovjetunionen flere arbejdspladser på jernbanen og ansatte sovjetiske arbejdere. I sidste ende kontrollerede sovjetterne 67% af alle stillinger på CER.
Kineserne underholdt fælles ledelse indtil midten af 1929. Ændringen fra sovjetisk kontrol til kinesisk kontrol begyndte, da de kinesiske myndigheder foretog et radikalt skridt for at forsøge at fjerne den sovjetiske ledelse. De kinesiske myndigheder stormede det sovjetiske konsulat i Harbin. De arresterede CER’s generaldirektør, hans assistent og andre sovjetiske statsborgere og fjernede dem fra magten i CER. Sovjet hævnede sig ved at arrestere kinesiske borgere i Sovjetunionen. Den 13. juli 1929 sendte sovjetterne deres formelle krav til kineserne om, hvad der foregik i CER. Den 19. juli afbrød de deres diplomatiske forbindelser med kineserne. De indstillede jernbanekommunikationen og krævede, at alle kinesiske diplomater forlod sovjetisk territorium. Den 20. juli overførte sovjetterne deres midler til New York. Mens de var i byerne Suifenhe og Lahususa, terroriserede sovjetterne den kinesiske civilbefolkning ved at have deres krigsskibes kanoner rettet mod byen og ved at lade deres fly foretage overflyvninger. Mange medlemmer af den sovjetiske ledelse, såsom Kliment Voroshilov, opfordrede indtrængende til en militær intervention, men generalsekretær Josef Stalin tøvede i første omgang, da han frygtede en japansk reaktion på en sovjetisk invasion af Manchuriet. Men efter at den sovjetiske generalkonsul i Tokyo fik oplysninger, ifølge hvilke Japan ville holde sig ude af konflikten, så længe Sovjet begrænsede eventuelle invasioner til det nordlige Manchuriet, besluttede Stalin at handle. Den 6. august oprettede Sovjetunionen den særlige Røde Banner Far Eastern Army under ledelse af Vasily Blyukher med assistance fra Voroshilov. Omkring 20 % af hele den sovjetiske hær blev mobiliseret til at deltage i eller bistå operationen. Dermed var de villige til at gøre alt, hvad der skulle til for at give CER tilbage til deres kontrol. Den kinesiske ledelse var overrasket over denne vending af begivenhederne, da den ikke havde forventet, at Sovjetunionen ville reagere så aggressivt. Zhang rekrutterede hurtigt flere tropper, først og fremmest tusindvis af antikommunistiske russere, der levede som hvide emigranter i Manchuriet. Nogle af hviderusserne organiserede endda guerilla-grupper for at føre krigen ind i Sovjetunionen.