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Do século VIII ao XV, grande parte da Espanha foi controlada por muçulmanos, sob cujas leis os judeus e cristãos receberam o estatuto de dhimmi. Isto significava que eles eram obrigados a pagar um imposto especial, o jizya, para “proteção”, destinado, como os textos legais islâmicos indicavam, a lembrá-los de sua submissão. O imposto era imposto ao “povo do Livro”, como judeus e cristãos eram conhecidos, para humilhá-los.
Judeus podiam por vezes subir a posições importantes na estrutura política; a violência anti-judaica também podia irromper. No massacre de Granada em 1066, grande parte da população judia de Granada foi morta por uma multidão muçulmana.
O tratamento das minorias religiosas variava de acordo com a época. Por exemplo, durante seu tempo de ascendência, os almóadas assumiram o título de califa, introduziram uma série de medidas religiosas severas e procuraram fortalecer seus estados através da unificação religiosa, o que significava obrigar os judeus e cristãos a se converterem ao islamismo ou a serem expulsos. Por volta do século XI, suspeitas crescentes de judeus levaram os cristãos a unir-se contra os muçulmanos e os judeus. A partir daí, a Espanha tornou-se uma sopa política de diferentes poderes e territórios, cada um com as suas próprias políticas relativas ao estatuto dos judeus e dos muçulmanos. No século XIII, quase toda a Espanha moderna estava sob domínio cristão. Fernando III de Castela gabava-se de ser o rei de três religiões. Esta tolerância, porém, não durou muito.
No século XIV, padres dominicanos e franciscanos apelaram aos cristãos para expulsar os judeus da Espanha, culpando os judeus por problemas sociais e agitando a maioria cristã para destruir sinagogas, queimar os judeus vivos e impor a conversão forçada. Os judeus seriam forçados a assistir aos sermões e teriam os pregadores cristãos a delinear o que os cristãos viam como os erros de seus caminhos.
Novas leis segregavam a população judaica e limitavam as ocupações que ainda estavam abertas a eles, com o objetivo final de conversão. Mais de 100.000 judeus se converteram. Uma vez convertidos, estes Novos Cristãos juntaram-se à classe dos “conversos”, aos quais foram concedidos os privilégios legais e sociais de um cristão pleno na sociedade. Muitos Novos Cristãos tiraram vantagem de sua elevação de status e abraçaram os privilégios cristãos. Após algumas gerações, os judeus convertidos identificaram-se como nada mais ou menos que cristãos “regulares”, e a Espanha era quase uniformemente cristã.
Esta uniformidade trouxe consigo novas fontes de ansiedade. “A desconfiança do judeu como forasteiro deu lugar a um medo ainda mais alarmante do converso como forasteiro.” As diferenças entre as classes religiosas tinham sido muito claras anteriormente. As leis e costumes codificavam o domínio cristão em Espanha. Uma vez os judeus convertidos, no entanto, muitos espanhóis cristãos acreditavam que não sabiam mais em quem podiam confiar e quem poderia ser um herege traiçoeiro no coração.
Numa tentativa de amenizar esses medos, as leis de Limpieza de sangre (Pureza de Sangue) foram postas em prática que traçavam a linhagem de sangue dos cristãos Novos e Velhos para ver se eles tinham ascendência judaica. Ao fazer isso, a Espanha dividiu sua classe cristã segundo linhas étnicas e religiosas, “alterando” aqueles com sangue judeu tanto quanto tinha antes da conversão. Os cristãos influentes acreditavam que havia algo diferente na essência e na alma da pessoa que não podia ser curado pela conversão religiosa. Com estas leis veio o ressurgimento da calúnia do sangue.
Em 1 de novembro de 1478, Fernando II de Aragão e Isabel I de Castela receberam permissão do Papa Sisto IV para nomear inquisidores em todos os seus domínios, a fim de proteger o catolicismo como a única verdadeira fé cristã. O decreto originalmente aplicado à Coroa de Castela – o domínio de Isabel – mas em 1483 Ferdinando estendeu-o ao seu domínio da Coroa de Aragão. Autos-da-fé tornou-se bastante popular em todo o reino espanhol, competindo com as touradas pela atenção do público e com a presença da realeza:245 Embora a ação de Fernando tenha encontrado resistência ocasional e tenha resultado no assassinato do inquisidor Pedro de Arbués por judeus convertidos em 1485, entre 1487 e 1505 o processamento e tentativa de mais de 1.000 hereges foi registrado pelo capítulo de Barcelona, dos quais apenas 25 foram absolvidos em última instância.
Após conceder permissão do Papa para conduzir inquisições, os monarcas começaram a estabelecer julgamentos permanentes e a desenvolver burocracias para realizar investigações na maioria das cidades e comunidades do seu império. A primeira autoda-fé ibérica teve lugar em Sevilha em 1481: os seis acusados foram considerados culpados e executados. Mais tarde, os missionários franciscanos levaram a Inquisição ao Novo Mundo.
O número exato de pessoas executadas pela Inquisição não é conhecido. Juan Antonio Llorente, ex-secretário do Santo Ofício, deu os seguintes números para a Inquisição, excluindo as colônias americanas, Sicília e Sardenha: 31.912 queimados, 17.696 queimados na efígie, e 291.450 reconciliados de vehementi (isto é, após um ato de penitência):123 Mais tarde no século XIX, José Amador de los Ríos deu números ainda mais altos, afirmando que só entre os anos 1484 e 1525, 28.540 foram queimados pessoalmente, 16.520 queimados na efígie e 303.847 penitenciados. Entretanto, após extensos exames dos registros arquivísticos, os estudiosos modernos fornecem estimativas mais baixas, indicando que menos de 10.000 foram realmente executados durante toda a história da Inquisição espanhola, talvez cerca de 3.000.
A Inquisição portuguesa foi estabelecida em 1536 e durou oficialmente até 1821. A sua influência foi muito enfraquecida pelo final do século XVIII sob o governo do Marquês de Pombal.
Autos-da-fé também teve lugar em Goa, Nova Espanha, Estado do Brasil, e Vice-Reino do Peru. Historiadores contemporâneos dos Conquistadores, como Bernal Díaz del Castillo, gravaram-nos. Embora os registros estejam incompletos, um historiador estima que cerca de 50 pessoas foram executadas pela Inquisição Mexicana.