Lähteiden etsiminen: ”Auto-da-fé” – uutiset – sanomalehdet – kirjat – tutkija – JSTOR (huhtikuu 2020) (Opi, miten ja milloin voit poistaa tämän mallin mukaisen viestin)
Kahdeksannesta vuosisadasta viidenteen vuosisataan suuri osa Espanjasta oli muslimien hallinnassa, joiden lakien mukaan juutalaisille ja kristityille annettiin dhimmi-asema. Tämä tarkoitti, että heidän oli maksettava ”suojelusta” erityinen vero, jizya, jonka tarkoituksena oli islamilaisten lakitekstien mukaan muistuttaa heitä alistumisesta. Vero määrättiin ”Kirjan kansalle”, kuten juutalaisia ja kristittyjä kutsuttiin, heidän nöyryyttämisekseen.
Juutalaiset saattoivat joskus nousta tärkeisiin asemiin poliittisessa rakenteessa; juutalaisvastainen väkivalta saattoi myös puhjeta. Granadan verilöylyssä vuonna 1066 muslimijoukko tappoi suuren osan Granadan juutalaisväestöstä.
Uskonnollisten vähemmistöjen kohtelu vaihteli aikakaudesta riippuen. Esimerkiksi valta-aikanaan Almohadit ottivat itselleen kalifin arvonimen, ottivat käyttöön joukon ankaria uskonnollisia toimenpiteitä ja pyrkivät vahvistamaan valtioitaan uskonnollisella yhdistämisellä, mikä tarkoitti juutalaisten ja kristittyjen pakottamista joko kääntymään islamiin tai karkottamista. Noin 1100-luvulla kasvavat epäluulot juutalaisia kohtaan saivat kristityt liittoutumaan muslimeja ja juutalaisia vastaan. Siitä lähtien Espanjasta tuli erilaisten valtojen ja alueiden poliittinen keitto, jolla kullakin oli omat politiikkansa juutalaisten ja muslimien aseman suhteen. 1200-luvulle tultaessa lähes koko nyky-Espanja oli kristityn vallan alla. Kastilian Ferdinand III ylpeili olevansa kolmen uskonnon kuningas. Tämä suvaitsevaisuus ei kuitenkaan kestänyt kauan.
1300-luvulla dominikaani- ja fransiskaanipapit kehottivat kristittyjä karkottamaan juutalaiset Espanjasta, syyttivät juutalaisia yhteiskunnallisista ongelmista ja yllyttivät kristittyjen enemmistöä tuhoamaan synagogia, polttamaan juutalaisia elävältä ja määräämään pakkokäännyttämisestä. Juutalaiset pakotettiin osallistumaan saarnoihin, joissa kristityt saarnaajat hahmottelivat, mitä kristityt pitivät heidän tapojensa virheinä.
Uudet lait erottelivat juutalaisväestön toisistaan ja rajoittivat heille vielä avoimia ammatteja, ja perimmäisenä tavoitteena oli kääntyminen. Yli 100 000 juutalaista kääntyi. Käännyttyään nämä uuskristityt liittyivät ”conversos”-luokkaan, jolle myönnettiin yhteiskunnassa täysivaltaisen kristityn oikeudelliset ja sosiaaliset etuoikeudet. Monet uudet kristityt hyödynsivät asemansa kohoamista ja ottivat käyttöönsä kristittyjen etuoikeudet. Muutaman sukupolven kuluttua käännytetyt juutalaiset tunnistivat itsensä vain ”tavallisiksi” kristityiksi, ja Espanja oli lähes yhtenäisesti kristitty.
Tämä yhtenäisyys toi mukanaan uusia huolenaiheita. ”Epäluottamus juutalaista kohtaan ulkopuolisena korvasi vielä hälyttävämmän pelon käännynnäistä kohtaan sisäpiiriläisenä.” Uskonnollisten luokkien väliset erot olivat aiemmin olleet hyvin selvät. Lait ja tavat kodifioivat kristillisen ylivallan Espanjassa. Juutalaisten käännyttyä monet kristityt espanjalaiset kuitenkin uskoivat, etteivät he enää tienneet, keneen he saattoivat luottaa ja kuka saattoi mahdollisesti olla sisimmässään petollinen kerettiläinen.
Yritettiin lievittää näitä pelkoja ottamalla käyttöön Limpieza de sangre (Veren puhtaus) -lait, joilla jäljitettiin uusien ja vanhojen kristittyjen verisukupolvea sen selvittämiseksi, oliko heillä juutalaisia sukujuuria. Näin Espanja jakoi kristittyjen luokkaansa etnisten ja uskonnollisten rajojen mukaan ja ”erotti” ne, joilla oli juutalaista verta, aivan kuten se oli tehnyt ennen kääntymystä. Vaikutusvaltaiset kristityt uskoivat, että ihmisen olemuksessa ja sielussa oli jotain erilaista, jota ei voitu parantaa uskonnollisella kääntymyksellä. Näiden lakien myötä verilöyly heräsi uudelleen henkiin.
1. marraskuuta 1478 Aragonian Ferdinand II ja Kastilian Isabella I saivat paavi Sixtus IV:ltä luvan nimetä inkvisiittoreita kaikkialle valtakuntaansa suojellakseen katolilaisuutta ainoana oikeana kristillisenä uskona. Asetus koski alun perin Kastilian kruunua – Isabellan hallintoaluetta – mutta vuonna 1483 Ferdinand laajensi sen koskemaan myös omaa hallintoaluettaan Aragonian kruunua. Autos-da-fésta tuli varsin suosittu koko Espanjan valtakunnassa, ja se kilpaili härkätaistelujen kanssa yleisön huomiosta, ja kuninkaalliset osallistuivat siihen.245 Vaikka Ferdinandin toiminta kohtasi ajoittaista vastarintaa ja johti siihen, että käännynnäisjuutalaiset murhasivat inkvisiittori Pedro de Arbuésin vuonna 1485, Barcelonan tuomiokapituli kirjasi vuosien 1487 ja 1505 välisenä aikana yli tuhannen vääräuskoisen käsittelyn ja tuomitsemisen, joista vain 25:lle annettiin lopulta synninpäästö.
Nyt kun paavilta oli saatu lupa inkvisitioiden suorittamiseen, monarkit alkoivat perustaa pysyviä oikeudenkäyntejä ja kehittää byrokratioita tutkimusten suorittamiseksi useimpiin keisarikuntansa kaupunkeihin ja yhteisöihin. Ensimmäinen Iberian auto-da-fé pidettiin Sevillassa vuonna 1481: kuusi syytettyä todettiin syyllisiksi ja teloitettiin. Myöhemmin fransiskaanilähetyssaarnaajat toivat inkvisition Uuteen maailmaan.
Inkvisition teloittamien ihmisten tarkkaa lukumäärää ei tiedetä. Juan Antonio Llorente, Pyhän kanslian entinen sihteeri, antoi seuraavat luvut inkvisition osalta lukuun ottamatta Amerikan siirtomaita, Sisiliaa ja Sardiniaa: Myöhemmin 1800-luvulla José Amador de los Ríos esitti vieläkin suurempia lukuja todeten, että pelkästään vuosien 1484 ja 1525 välisenä aikana 28 540 ihmistä poltettiin henkilökohtaisesti, 16 520 ihmistä poltettiin kuvana ja 303 847 ihmistä kärsi katumusta. Nykyaikaiset tutkijat esittävät kuitenkin arkistoaineistojen laajojen tutkimusten jälkeen alhaisempia arvioita, joiden mukaan koko Espanjan inkvisition historian aikana teloitettiin todellisuudessa alle 10 000, ehkä noin 3 000.
Portugalin inkvisitio perustettiin vuonna 1536, ja se kesti virallisesti vuoteen 1821 asti. Sen vaikutusvalta heikkeni huomattavasti 1700-luvun lopulla markiisi de Pombalin hallituksen aikana.
Autos-da-fé:tä järjestettiin myös Goassa, Uudessa Espanjassa, Brasilian osavaltiossa ja Perun varakuninkuudessa. Valloittajien aikalaishistorioitsijat, kuten Bernal Díaz del Castillo, kirjasivat niitä. Vaikka tiedot ovat puutteellisia, eräs historioitsija arvioi, että Meksikon inkvisitio teloitti noin 50 ihmistä.