Mutaatioita vasta-aineiden viitekehysalueilla tapahtuu soluissa somaattisen hypermutaation kautta ja vasta-aineen affiniteettikypsytyksen aikana. In vitro FR:n mutaatioita voi tapahtua luonnollisista syistä tai altistumalla mutageeneille. Viimeaikaiset tutkimukset runkomutaatioista viittaavat siihen, että runkoalueen joustavuus tai jäykkyys voi muuttaa vasta-aineen spesifisyyttä sille tarkoitettuun epitooppiin. Vaikka runkoalue ei ole suoraan vuorovaikutuksessa antigeenin kanssa, sen rakenne määrittää, voivatko CDR:t olla vuorovaikutuksessa antigeenin kanssa. Jos CDR-alueilla on suuri affiniteetti antigeenin epitooppia kohtaan, on todettu, että jäykempi runkoalue on tehokkaampi. Jos CDR-alueella ei ole suurta affiniteettia antigeeniin, FR-alueen mutaatiot, jotka luovat joustavamman rakenteen, voivat mahdollistaa suuremman affiniteetin kypsymisen.
Vaihtelevan alueen luonnolliset mutaatiot johtuvat tyypillisesti aktivaation aiheuttamasta sytidiinideaminaasista (AID). AID johtaa sytosiinin deaminoitumiseen urasiiliksi DNA:ssa ja johtaa somaattiseen hypermutaatioon. Tämä somaattinen hypermutaatio mahdollistaa immunoglobuliiniluokan vaihtamisen, mutta johtaa myös vasta-aineen affiniteetin kypsymiseen. CDR-alueet ovat muuttuvien alueiden alueita, jotka ovat kosketuksissa antigeenin kanssa, ja siksi näillä alueilla tapahtuu eniten mutaatioita. Tosin myös vasta-aineen runkoalueet mutatoituvat. Tutkimukset ovat osoittaneet, että kun CDR:n mutaatio estetään ja vain FR-alue mutatoituu, tietyt mutaatiot voivat johtaa koko vasta-aineen lisääntyneeseen ilmentymiseen ja termostabiilisuuteen.Vasta-aineen humanisointi on esimerkki hyödyllisestä geenitekniikasta lääketieteessä nykyään. Humanisoidulla vasta-aineella tarkoitetaan ei-inhimillisen vasta-aineen luomista in vivo ja vasteena antigeenille, sitten runko- ja vakioalueiden eristämistä ja humanisointia. On havaittu, että vaikka nämä vasta-aineet pysyvät suhteellisen koskemattomina siirryttäessä, nämä modifikaatiot voivat myös heikentää sitoutumisaffiniteettia humanisoiduilla runkoalueilla ja johtaa virheelliseen taittumiseen ihmisillä. Tämän havainnon uskotaan johtuvan runkoalueen roolista vasta-aineen rakenteessa.