La enfermedad celíaca es una enfermedad autoinmune sistémica con síntomas gastrointestinales así como múltiples, pero variables, síntomas no gastrointestinales. Los signos y síntomas pueden comenzar desde la primera infancia hasta la edad adulta. En los adultos, la edad de diagnóstico suele estar entre los 30 y los 50 años. Por término medio, el tiempo transcurrido entre los primeros síntomas y el diagnóstico es de unos 11 años, debido a la amplia gama de síntomas no específicos y a la ausencia de síntomas en algunas personas.
Los síntomas gastrointestinales de la enfermedad celíaca pueden incluir diarrea crónica o recurrente; malabsorción; dolor y distensión abdominal; hinchazón; vómitos y pérdida de peso. Se suele decir que las personas con síntomas gastrointestinales de leves a graves padecen la «enfermedad celíaca clásica».
Los síntomas no gastrointestinales de la enfermedad celíaca pueden incluir dermatitis herpetiforme; fatiga crónica; dolor/inflamación de las articulaciones; anemia por deficiencia de hierro; migrañas; depresión; trastorno por déficit de atención; epilepsia; osteoporosis/osteopenia; infertilidad y/o abortos recurrentes; deficiencias vitamínicas; baja estatura; retraso en el crecimiento; retraso en la pubertad; defectos en el esmalte dental; y diversos trastornos autoinmunes secundarios. A menudo se dice que las personas sin síntomas gastrointestinales prominentes tienen «enfermedad celíaca no clásica», que es más común que la enfermedad celíaca clásica. La anemia ferropénica es el hallazgo más común de la enfermedad celíaca no clásica, y puede ser el único hallazgo.
Algunas personas afectadas no presentan síntomas (a menudo se identifican debido a un miembro de la familia afectado o a una prueba de detección) y se dice que tienen «enfermedad celíaca silenciosa».