Vetenskaplig rasism, dvs. att använda vetenskapen för att rättfärdiga och rationalisera hierarkiska jämförelser mellan mänskliga populationer, blev allt viktigare under 1800-talets andra hälft, parallellt med imperialmakternas växande inflytande på den internationella arenan. Vid den tiden utarbetades de första verkligt rasistiska världsbilderna som åtföljdes av en rad biologiska mätningar av kroppsliga skillnader mellan raser (t.ex. kraniometri). Medan 1800-talets biologiska vetenskaper gav viktiga argument till rasismen är det mer komplicerat att bedöma effekterna av 1900-talets vetenskap, särskilt humangenetiken. Å ena sidan användes humangenetiken, särskilt fram till 1940-talet, för att upprätthålla djupt rasistiska idéer. På den andra sidan producerade inte bara genetiken (hård-hereditet) en fördelaktig separation mellan ras som biologiskt begrepp och kultur, utan den betonade också i allt högre grad individens (och inte gruppens eller rasens) centrala roll som den enda betydelsefulla nivån för analys av mänskliga variationer.