Det första YMCA i Fort Wayne organiserades 1858. Mötena hölls i Dietrick’s Mercantile Institute som låg i hörnet av Main och Calhoun Streets. Isaac Jenkinson var den första presidenten för YMCA i Fort Wayne och tjänstgjorde 1858-1860. Programmen bestod helt och hållet av veckomöten av religiös, litterär och social karaktär.
The Railroad Association YMCA öppnade sina dörrar den 1 juli 1884. Det låg i hörnet av Calhoun och Holman Streets. Railroad YMCA tillhandahöll sovplatser, varma bad och sabbatsgudstjänster till järnvägsarbetarna. Avgiften till Railroad YMCA var 25 cent per månad och gav medlemmen rätt till alla föreningens privilegier med en vän. Byggnaden innehöll ett stort läsrum, ett nöjesrum med schack- och damspel och två stora salonger som användes för mottagningar och föreläsningar. Det fanns också ett kirurgiskt rum för första hjälpen och fullständiga badmöjligheter.
Den 13 september 1889 antogs nya stadgar och en ny konstitution. Namnet ändrades till ”Fort Wayne Young Men’s Christian Association”. Detta Y hade sånggudstjänster på söndagar, fullständiga badmöjligheter, bibliotek och läsrum, en gymnastiksal och en bowlinghall. Denna byggnad stängdes 1897.
Från 1896-1916 fanns det inget permanent YMCA i Fort Wayne. När stadens befolkning nådde 75 000 personer ansåg olika affärsmän och samhällsledare att Fort Wayne borde ha ett permanent YMCA. År 1913 hölls det 44:e årliga delstatskonventet för alla föreningar i Fort Wayne. Som ett resultat av detta konvent uttalade sig en inspirerad grupp framstående affärsmän om ett byggprogram på 300 000 dollar och inledde en kampanj för att samla in pengar. Detta var den första allmänna insamlingskampanjen som någonsin inleddes i Fort Wayne.
Grundstenen till Central YMCA lades den 12 maj 1918 vid en ceremoni i hörnet av Barr Street och Washington Street. Invigningsgudstjänsten hölls den 17 december 1919 och Railroad YMCA flyttade in i Central Branch YMCA. S.B. Bechtol valdes till president och tjänstgjorde fram till 1922. Central Branch YMCA var den första byggnaden som enbart ägnades åt YMCA-arbete.
Fort Wayne YMCA Boys Camp grundades 1920. Louis Schwan, YMCA:s sekreterare, tog med sig en grupp pojkar till Lake Wawasee för ett campingprogram. Gruppen återvände till Lake Wawasee 1921 och 1922. År 1923 flyttades lägret till Hemlock Lake nära Redding Michigan.
Den 25 november 1924 köpte Fort Wayne YMCA 14 tunnland vid Blackman Lake för att inrätta ett läger för enbart pojkar kallat Camp Potawotami. Den första campingsommaren var 1925. Det fanns 8 stugor, var och en med en kapacitet på 8 bäddar. Arrowhead Lodge byggdes 1931 och inrymmer fortfarande lägrets kök och matsal.
1929 firade föreningen sitt tioårsjubileum av det stora öppnandet av Central Branch YMCA genom att lägga till East Side YMCA i hörnet av Eliza och McCullock Streets.
Kiwanis Westside YMCA grundades den 6 juli 1934 och invigdes den 26 november 1934; detta Y öppnades genom ett samarbete mellan Kiwanis Club och Central YMCA. Det låg på Culbertson Street. Till en början betjänade det främst pojkar från området men 1942 utökades programmen till att även betjäna familjer, kvinnor och flickor.
The Old Fort YMCA grundades 1956 med huvudkontor på Bowser Avenue. År 1957 flyttade Old Fort YMCA:s kontor till East Creighton Avenue. Old Fort YMCA upplöstes till Central Branch och drevs där fram till 1974 års invigning av de nya lokalerna på Reed Street.
År 1965 öppnades Southeast Family YMCA. Det var ursprungligen tänkt att vara en YMCA/YWCA-filial. 17 tunnland mark donerades av Mr & Mrs Lisle Hodell som senare fick namnet Hodell Acres.
The Whitley County Family YMCA chartrades som en filial till YMCA of Greater Fort Wayne 1993. År 2005 renoverades Whitley YMCA och fick en ny fitnessanläggning, en dans- och aerobicsstudio och ett fritidscenter för ungdomar.
Under 1994 utvecklades Status Offender Court Alternatives Program (SOCAP) av Youth Service Bureau. School Age Child Care gick in i sitt första hela år med över 700 barn per dag i program före och efter skolan 1996.
Jorgensen Family YMCA öppnades i september 1998. Deras ursprungliga plats låg på Homestead Road och flyttade sedan till den nuvarande platsen på Aboite Center Road.
År 2001 öppnade Parkview Family YMCA som sedan renoverades 2004 för att kunna ta emot alla sina medlemmar.