Az első YMCA-t 1858-ban szervezték meg Fort Wayne-ben. Az összejöveteleket a Main és Calhoun utca sarkán található Dietrick’s Mercantile Institute-ban tartották. Isaac Jenkinson volt a Fort Wayne-i YMCA első elnöke, aki 1858-1860 között szolgált. A programok teljes egészében vallási, irodalmi és társadalmi jellegű heti összejövetelekből álltak.
A Railroad Association YMCA 1884. július 1-jén nyitotta meg kapuit. A Calhoun és a Holman utca sarkán volt a székhelye. A Railroad YMCA alvóhelyeket, meleg fürdőt és szombati szolgáltatásokat biztosított a vasutasok számára. A Railroad YMCA tagdíja havi 25 cent volt, és ez a tagot az egyesület minden kiváltságára feljogosította, 1 barátjával együtt. Az épületben volt egy nagy olvasóterem, egy sakkal és dámával felszerelt szórakoztató terem, valamint 2 nagy szalon, amelyet fogadások és előadások rendezésére használtak. Volt továbbá egy sebészeti szoba az elsősegélynyújtáshoz és teljes fürdőhelyiség.
1889. szeptember 13-án új alapító okiratot és új alapszabályt fogadtak el. A nevet “Fort Wayne-i Fiatal Férfiak Keresztény Egyesületére” változtatták. Ez az Y vasárnapi énekes szolgálatokkal, teljes fürdőhelyiségekkel, könyvtárral és olvasószobákkal, tornateremmel és tekepályával rendelkezett. Ez az épület 1897-ben bezárt.
1896-1916 között nem volt állandó YMCA Fort Wayne-ben. Amikor a város lakossága elérte a 75 000 főt, különböző üzletemberek és polgári vezetők úgy érezték, hogy Fort Wayne-nek szüksége van egy állandó YMCA-ra. 1913-ban Fort Wayne-ben tartották az összes egyesület 44. éves állami kongresszusát. E kongresszus eredményeképpen prominens üzletemberek egy ihletett csoportja egy 300 000 dolláros építési programról nyilatkozott, és kezdeményezte a pénzgyűjtést. Ez volt az első általános pénzgyűjtési kampány, amelyet Fort Wayne-ben valaha is kezdeményeztek.
A Central YMCA alapkövét 1918. május 12-én, a Barr Street és a Washington Street sarkán tartott ünnepségen tették le. Az avató istentiszteletet 1919. december 17-én tartották, és a Railroad YMCA beköltözött a Central Branch YMCA-ba. S.B. Bechtolt választották elnöknek, aki 1922-ig töltötte be ezt a tisztséget. A Central Branch YMCA volt az első olyan épület, amelyet kizárólag a YMCA munkájának szenteltek.
1920-ban megalapították a Fort Wayne-i YMCA fiútábort. Louis Schwan, a YMCA titkára elvitt egy csoport fiút a Wawasee-tóhoz egy táborozási programra. A csoport 1921-ben és 1922-ben tért vissza a Wawasee-tóhoz. A tábor 1923-ban a Redding Michigan melletti Hemlock-tóhoz költözött.
1924. november 25-én a Fort Wayne-i YMCA 14 hektárt vásárolt a Blackman-tónál, hogy létrehozza a Camp Potawotami nevű fiútábort. A táborozás első nyara 1925-ben volt. A táborban 8 faház volt, mindegyikben 8 priccset lehetett elhelyezni. Az Arrowhead Lodge 1931-ben épült, és ma is otthont ad a tábor konyhájának és étkezőjének.
1929-ben az egyesület a Central Branch YMCA megnyitásának 10. évfordulóját ünnepelte az Eliza és McCullock Streets sarkán található East Side YMCA hozzáépítésével.
A Kiwanis Westside YMCA-t 1934. július 6-án alapították és 1934. november 26-án avatták fel; ez az Y a Kiwanis Club és a Central YMCA együttműködésével nyílt meg. A Culbertson utcában volt található. Kezdetben elsősorban a környékbeli fiúkat szolgálta, de 1942-ben programjait kibővítették, hogy családokat, nőket és lányokat is szolgáljon.
Az Old Fort YMCA 1956-ban jött létre, székhelye a Bowser Avenue-n volt. 1957-ben az Old Fort YMCA irodái az East Creighton Avenue-ra költöztek. Az Old Fort YMCA-t feloszlatták a Központi Fiókban, és 1974-ig, a Reed Street-i új helyszín felavatásáig ott működött.
1965-ben megnyílt a Southeast Family YMCA. Eredetileg egy YMCA/YWCA fióknak kellett volna lennie. Mr. & Mrs. Lisle Hodell 17 hektár földet adományozott, amelyet később Hodell Acres-nek neveztek el.
A Whitley County Family YMCA-t 1993-ban alapították a YMCA of Greater Fort Wayne fiókjaként. 2005-ben a Whitley YMCA-t felújították, és új fitneszteremmel, tánc- és aerobicstúdióval, valamint ifjúsági szabadidőközponttal bővítették.
1994-ben az Ifjúsági Szolgáltató Iroda kidolgozta a Status Offender Court Alternatives Programot (SOCAP). Az iskoláskorú gyermekek gondozása 1996-ban lépett be az első teljes évébe, ahol naponta több mint 700 gyermeket szolgálnak ki az iskola előtti és utáni programokban.
A Jorgensen Family YMCA 1998 szeptemberében nyílt meg. Az eredeti helyszínük a Homestead Roadon volt, majd átköltöztek a jelenlegi helyükre, az Aboite Center Roadra.
2001-ben megnyílt a Parkview Family YMCA, majd 2004-ben felújításon esett át, hogy minden tagot el tudjanak fogadni.
Minden tagot el tudjanak fogadni.