La prima YMCA di Fort Wayne fu organizzata nel 1858. Le riunioni si tenevano nel Dietrick’s Mercantile Institute situato all’angolo di Main e Calhoun Streets. Isaac Jenkinson fu il primo presidente della YMCA di Fort Wayne, in carica dal 1858 al 1860. I programmi consistevano interamente in incontri settimanali di natura religiosa, letteraria e sociale.
La Railroad Association YMCA aprì le sue porte il 1° luglio 1884. Si trovava all’angolo tra Calhoun e Holman Streets. La Railroad YMCA forniva ai ferrovieri alloggi per dormire, bagni caldi e servizi per il sabato. La quota per la Railroad YMCA era di 25 centesimi al mese e dava diritto a tutti i privilegi dell’associazione con 1 amico. L’edificio comprendeva una grande sala di lettura, una sala divertimenti fornita di scacchi e dama, e 2 grandi saloni che venivano usati per ricevimenti e conferenze. C’era anche una sala chirurgica per il Primo Soccorso e servizi igienici completi.
Il 13 settembre 1889 furono adottati nuovi articoli di incorporazione e una nuova costituzione. Il nome fu cambiato in “Fort Wayne Young Men’s Christian Association”. Questa Y aveva servizi di canto domenicale, strutture per il bagno complete, biblioteca e sale di lettura, una palestra e una pista da bowling. Questo edificio chiuse nel 1897.
Dal 1896 al 1916 non ci fu una YMCA permanente a Fort Wayne. Quando la popolazione della città raggiunse i 75.000 abitanti, vari uomini d’affari e leader civici sentirono che Fort Wayne avrebbe dovuto avere una YMCA permanente. Nel 1913 si tenne a Fort Wayne il 44° Convegno Annuale di Stato di tutte le associazioni. Come risultato di questa convenzione, un gruppo ispirato di importanti uomini d’affari si mise a commentare un programma di costruzione di 300.000 dollari e iniziò la raccolta di fondi. Questa fu la prima campagna generale di raccolta fondi mai iniziata a Fort Wayne.
La prima pietra del Central YMCA fu posta il 12 maggio 1918 in una cerimonia all’angolo tra Barr Street e Washington Street. Il servizio di dedicazione fu tenuto il 17 dicembre 1919 e la Railroad YMCA si trasferì nella Central Branch YMCA. S.B. Bechtol fu eletto presidente e rimase in carica fino al 1922. Il Central Branch YMCA fu il primo edificio dedicato esclusivamente al lavoro dell’YMCA.
Il Fort Wayne YMCA Boys Camp fu fondato nel 1920. Louis Schwan, segretario della YMCA, portò un gruppo di ragazzi al lago Wawasee per un programma di campeggio. Il gruppo ritornò al lago Wawasee nel 1921 e 1922. Nel 1923 il campo fu spostato a Hemlock Lake vicino a Redding Michigan.
Il 25 novembre 1924 il Fort Wayne YMCA acquistò 14 acri sul lago Blackman per stabilire un campo per soli ragazzi chiamato Camp Potawotami. La prima estate di campeggio fu nel 1925. C’erano 8 cabine, ognuna con una capacità di 8 cuccette. Arrowhead Lodge fu costruito nel 1931 e ancora oggi ospita la cucina e la zona pranzo del campo.
Nel 1929 l’associazione celebrò il decimo anniversario della grande apertura del Central Branch YMCA con l’aggiunta dell’East Side YMCA all’angolo di Eliza e McCullock Streets.
Il Kiwanis Westside YMCA fu fondato il 6 luglio 1934 e dedicato il 26 novembre 1934; questo Y fu aperto grazie alla cooperazione del Kiwanis Club e del Central YMCA. Era situata in Culbertson Street. Inizialmente serviva principalmente i ragazzi della zona, ma nel 1942 i suoi programmi furono ampliati per servire anche le famiglie, le donne e le ragazze.
L’Old Fort YMCA fu fondata nel 1956 con sede in Bowser Avenue. Nel 1957 gli uffici dell’Old Fort YMCA si trasferirono a East Creighton Avenue. L’Old Fort YMCA fu sciolto nel Central Branch e operò lì fino alla dedica del 1974 della nuova sede su Reed Street.
Nel 1965 fu aperto il Southeast Family YMCA. Originariamente doveva essere una filiale YMCA/YWCA. 17 acri di terra furono donati dal signor &signora Lisle Hodell che fu poi chiamato Hodell Acres.
La Whitley County Family YMCA fu fondata come filiale della YMCA di Greater Fort Wayne nel 1993. Nel 2005 il Whitley YMCA fu rinnovato per includere una nuova struttura per il fitness, uno studio di danza e aerobica e un centro ricreativo giovanile.
Nel 1994 lo Status Offender Court Alternatives Program (SOCAP) fu sviluppato dal Youth Service Bureau. La School Age Child Care ha iniziato il suo primo anno completo di servizio per oltre 700 bambini al giorno nei programmi di prima e dopo la scuola nel 1996.
Il Jorgensen Family YMCA ha aperto nel settembre del 1998. La loro posizione originale era su Homestead Road e poi si è spostata nella posizione attuale su Aboite Center Road.
Nel 2001 la Parkview Family YMCA apre e poi ha una ristrutturazione nel 2004 al fine di ospitare tutti i loro membri.