Der erste YMCA in Fort Wayne wurde im Jahr 1858 gegründet. Die Versammlungen fanden im Dietrick’s Mercantile Institute an der Ecke von Main und Calhoun Street statt. Isaac Jenkinson war der erste Präsident des YMCA in Fort Wayne und amtierte von 1858 bis 1860. Das Programm bestand ausschließlich aus wöchentlichen Treffen religiöser, literarischer und sozialer Art.
Der Railroad Association YMCA öffnete seine Türen am 1. Juli 1884. Er befand sich an der Ecke Calhoun und Holman Street. Der Railroad YMCA bot Schlafräume, heiße Bäder und Sabbatdienste für die Eisenbahner. Der Mitgliedsbeitrag für den Railroad YMCA betrug 25 Cents pro Monat und berechtigte das Mitglied zu allen Privilegien des Vereins mit einem Freund. Das Gebäude umfasste einen großen Lesesaal, einen Unterhaltungsraum mit Schach und Dame sowie zwei große Salons, die für Empfänge und Vorträge genutzt wurden. Außerdem gab es einen Operationsraum für die Erste Hilfe und ein komplettes Bad.
Am 13. September 1889 wurden neue Statuten und eine neue Satzung verabschiedet. Der Name wurde in „Fort Wayne Young Men’s Christian Association“ geändert. In diesem Y gab es Sonntagsgottesdienste, ein komplettes Bad, eine Bibliothek und Lesesäle, eine Turnhalle und eine Kegelbahn. Dieses Gebäude wurde 1897 geschlossen.
Von 1896 bis 1916 gab es keinen ständigen YMCA in Fort Wayne. Als die Einwohnerzahl der Stadt 75.000 erreichte, waren verschiedene Geschäftsleute und führende Persönlichkeiten der Stadt der Meinung, dass Fort Wayne einen ständigen YMCA haben sollte. Im Jahr 1913 fand in Fort Wayne der 44. jährliche Staatskongress aller Verbände statt. Als Ergebnis dieses Kongresses äußerte sich eine Gruppe prominenter Geschäftsleute über ein Bauprogramm in Höhe von 300.000 Dollar und initiierte eine Kampagne zur Beschaffung von Mitteln. Dies war die erste allgemeine Spendenkampagne, die jemals in Fort Wayne initiiert wurde.
Der Grundstein für den Central YMCA wurde am 12. Mai 1918 in einer Zeremonie an der Ecke Barr Street und Washington Street gelegt. Der Einweihungsgottesdienst fand am 17. Dezember 1919 statt und der Railroad YMCA zog in den Central Branch YMCA ein. S.B. Bechtol wurde zum Präsidenten gewählt und blieb bis 1922 im Amt. Der Central Branch YMCA war das erste Gebäude, das ausschließlich der Arbeit des YMCA gewidmet war.
1920 wurde das Fort Wayne YMCA Boys Camp gegründet. Louis Schwan, YMCA-Sekretär, nahm eine Gruppe von Jungen mit zum Lake Wawasee, um dort ein Campingprogramm durchzuführen. In den Jahren 1921 und 1922 kehrte die Gruppe an den Wawasee zurück. Am 25. November 1924 kaufte der YMCA Fort Wayne 14 Morgen Land am Blackman Lake, um ein reines Jungencamp mit dem Namen Camp Potawotami einzurichten. Der erste Sommer des Camps war 1925. Es gab 8 Hütten mit einer Kapazität von jeweils 8 Betten. Die Arrowhead Lodge wurde 1931 gebaut und beherbergt noch immer die Küche und den Speiseraum des Camps.
Im Jahr 1929 feierte der Verein den 10. Jahrestag der Eröffnung des Central Branch YMCA mit dem Anbau des East Side YMCA an der Ecke Eliza und McCullock Streets.
Der Kiwanis Westside YMCA wurde am 6. Juli 1934 gegründet und am 26. November 1934 eingeweiht; dieser Y wurde durch die Zusammenarbeit des Kiwanis Clubs und des Central YMCA eröffnet. Sie befand sich in der Culbertson Street. Ursprünglich diente sie vor allem Jungen aus der Gegend, aber 1942 wurden die Programme erweitert, um auch Familien, Frauen und Mädchen zu betreuen.
Der Old Fort YMCA wurde 1956 mit Sitz in der Bowser Avenue gegründet. Im Jahr 1957 zogen die Büros des Old Fort YMCA in die East Creighton Avenue um. Der Old Fort YMCA wurde in den Central Branch umgewandelt und war dort bis zur Einweihung des neuen Standorts in der Reed Street im Jahr 1974 tätig.
Im Jahr 1965 wurde der Southeast Family YMCA eröffnet. Ursprünglich sollte es eine YMCA/YWCA-Zweigstelle sein. 17 Morgen Land wurden von Mr. & Mrs. Lisle Hodell gestiftet, das später Hodell Acres genannt wurde.
Der Whitley County Family YMCA wurde 1993 als Zweigstelle des YMCA of Greater Fort Wayne gegründet. Im Jahr 2005 wurde der Whitley YMCA renoviert und um ein neues Fitnesscenter, ein Tanz- und Aerobic-Studio und ein Jugendfreizeitzentrum erweitert.
Im Jahr 1994 wurde das Status Offender Court Alternatives Program (SOCAP) vom Youth Service Bureau entwickelt. Die School Age Child Care (Kinderbetreuung für Schulkinder) begann 1996 mit der Betreuung von über 700 Kindern pro Tag im Rahmen von Vor- und Nachschulprogrammen.
Der Jorgensen Family YMCA wurde im September 1998 eröffnet. Der ursprüngliche Standort befand sich in der Homestead Road und zog dann an den jetzigen Standort in der Aboite Center Road um.
Im Jahr 2001 wurde der Parkview Family YMCA eröffnet und 2004 renoviert, um allen Mitgliedern Platz zu bieten.