Il DNA assorbe la luce UV con una lunghezza d’onda di massimo assorbimento vicino a 260 nm. Questo assorbimento è dovuto agli elettroni pi nelle basi aromatiche del DNA. Nel dsDNA, o anche nelle regioni di RNA in cui si verifica una struttura a doppio filamento, le basi sono impilate parallelamente l’una all’altra, e la sovrapposizione degli orbitali molecolari delle basi porta ad una diminuzione dell’assorbanza della luce UV. Questo fenomeno è chiamato effetto ipocromico. Quando il DNAse libera i nucleotidi dal dsDNA, le basi non sono più impilate come nel dsDNA, così che la sovrapposizione degli orbitali è minimizzata e l’assorbanza UV aumenta. Questo aumento dell’assorbanza è alla base dell’unità Kunitz dell’attività della DNAse. Un’unità Kunitz è definita come la quantità di enzima aggiunta a 1 mg/ml di DNA di sperma di salmone che causa un aumento dell’assorbanza di 0,001 al minuto alla lunghezza d’onda di 260 nm quando agisce su DNA altamente polimerizzato a 25 °C in un tampone NaOAc 0,1 M (pH 5,0). Il nome dell’unità riconosce il biochimico russo-americano M. Kunitz, che ha proposto il test standard nel 1946.
Una preparazione enzimatica standard dovrebbe essere eseguita in parallelo con un’incognita perché la standardizzazione delle preparazioni di DNA e il loro grado di polimerizzazione in soluzione non è possibile.