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Du 8e au 15e siècle, une grande partie de l’Espagne était contrôlée par les musulmans, sous les lois desquels les juifs et les chrétiens avaient le statut de dhimmi. Cela signifiait qu’ils devaient payer une taxe spéciale, la jizya, pour leur « protection », destinée, comme l’indiquent les textes juridiques islamiques, à leur rappeler leur soumission. Cette taxe était imposée aux « gens du Livre », comme on appelait les juifs et les chrétiens, pour les humilier.
Les juifs pouvaient parfois accéder à des postes importants dans la structure politique ; des violences anti-juives pouvaient également éclater. Lors du massacre de Grenade en 1066, une grande partie de la population juive de Grenade a été tuée par une foule musulmane.
Le traitement des minorités religieuses variait selon les époques. Par exemple, à l’époque de leur ascension, les Almohades ont pris le titre de calife, ont introduit une série de mesures religieuses sévères et ont cherché à renforcer leurs États par l’unification religieuse, ce qui signifiait contraindre les juifs et les chrétiens à se convertir à l’islam ou à être expulsés. Vers le XIe siècle, la méfiance croissante à l’égard des juifs incite les chrétiens à s’unir contre les musulmans et les juifs. À partir de ce moment, l’Espagne est devenue une soupe politique composée de différents pouvoirs et territoires, chacun ayant sa propre politique concernant le statut des juifs et des musulmans. Au XIIIe siècle, la quasi-totalité de l’Espagne moderne est sous domination chrétienne. Ferdinand III de Castille se vantait d’être le roi des trois religions. Cette tolérance n’a cependant pas duré longtemps.
Au 14e siècle, les prêtres dominicains et franciscains ont appelé les chrétiens à expulser les juifs d’Espagne, rendant les juifs responsables des problèmes sociaux et incitant la majorité chrétienne à détruire les synagogues, à brûler les juifs vivants et à imposer la conversion forcée. Les juifs seraient forcés d’assister à des sermons et de voir des prédicateurs chrétiens exposer ce que les chrétiens considéraient comme les erreurs de leurs voies.
De nouvelles lois ségrégèrent la population juive et limitent les occupations qui leur sont encore ouvertes, avec pour objectif ultime la conversion. Plus de 100 000 Juifs se sont convertis. Une fois convertis, ces nouveaux chrétiens rejoignaient la classe des « conversos », qui bénéficiaient des privilèges juridiques et sociaux d’un chrétien à part entière dans la société. De nombreux nouveaux chrétiens profitent de leur élévation de statut et adoptent les privilèges chrétiens. Après quelques générations, les juifs convertis s’identifiaient ni plus ni moins à des chrétiens « réguliers », et l’Espagne était presque uniformément chrétienne.
Cette uniformité apportait avec elle de nouvelles sources d’anxiété. « La méfiance à l’égard du juif en tant qu’étranger fit place à une peur encore plus alarmante du converso en tant qu’initié ». Les différences entre les classes religieuses étaient auparavant très claires. Les lois et les coutumes codifiaient la domination chrétienne en Espagne. Cependant, une fois que les Juifs se sont convertis, de nombreux Espagnols chrétiens pensaient qu’ils ne savaient plus à qui ils pouvaient faire confiance et qui pouvait éventuellement être un hérétique perfide dans l’âme.
Pour tenter d’apaiser ces craintes, des lois de Limpieza de sangre (pureté du sang) ont été mises en place, qui traçaient la lignée sanguine des chrétiens nouveaux et anciens pour voir s’ils avaient des ancêtres juifs. Ce faisant, l’Espagne a divisé sa classe chrétienne selon des critères ethniques et religieux, en « excluant » ceux qui avaient du sang juif, comme elle l’avait fait avant la conversion. Les chrétiens influents croyaient qu’il y avait quelque chose de différent dans l’essence et l’âme de la personne qui ne pouvait être guéri par une conversion religieuse. Avec ces lois est apparue la résurgence de la diffamation par le sang.
Le 1er novembre 1478, Ferdinand II d’Aragon et Isabelle I de Castille ont reçu la permission du pape Sixte IV de nommer des inquisiteurs dans tous leurs domaines afin de protéger le catholicisme comme la seule vraie foi chrétienne. Le décret s’appliquait à l’origine à la couronne de Castille – le domaine d’Isabelle – mais en 1483, Ferdinand l’a étendu à son domaine de la couronne d’Aragon. Les autos-da-fé devinrent assez populaires dans tout le royaume d’Espagne, rivalisant avec les corridas pour attirer l’attention du public et auxquels assistaient les membres de la royauté :245 Bien que l’action de Ferdinand ait rencontré une résistance occasionnelle et ait abouti à l’assassinat de l’inquisiteur Pedro de Arbués par des juifs convertis en 1485, entre 1487 et 1505, le traitement et le jugement de plus de 1 000 hérétiques ont été enregistrés par le chapitre de Barcelone, dont seulement 25 ont finalement été absous.
Après avoir obtenu du pape l’autorisation de mener des inquisitions, les monarques commencent à établir des procès permanents et à développer des bureaucraties pour mener des enquêtes dans la plupart des villes et communautés de leur empire. Le premier autodafé ibérique a lieu à Séville en 1481 : les six accusés sont reconnus coupables et exécutés. Plus tard, les missionnaires franciscains ont amené l’Inquisition dans le Nouveau Monde.
Le nombre exact de personnes exécutées par l’Inquisition n’est pas connu. Juan Antonio Llorente, l’ex-secrétaire du Saint-Office, a donné les chiffres suivants pour l’Inquisition en excluant les colonies américaines, la Sicile et la Sardaigne : 31 912 brûlés, 17 696 brûlés en effigie et 291 450 réconciliés de vehementi (c’est-à-dire à la suite d’un acte de pénitence) :123 Plus tard, au XIXe siècle, José Amador de los Ríos a donné des chiffres encore plus élevés, affirmant qu’entre les seules années 1484 et 1525, 28 540 ont été brûlés en personne, 16 520 brûlés en effigie et 303 847 réconciliés. Cependant, après des examens approfondis des documents d’archives, les spécialistes modernes fournissent des estimations plus basses, indiquant que moins de 10 000 ont été réellement exécutés pendant toute l’histoire de l’Inquisition espagnole, peut-être environ 3 000.
L’Inquisition portugaise a été créée en 1536 et a duré officiellement jusqu’en 1821. Son influence a été beaucoup affaiblie à la fin du 18e siècle sous le gouvernement du Marquês de Pombal.
Des Autos-da-fé ont également eu lieu à Goa, en Nouvelle-Espagne, dans l’État du Brésil et dans la vice-royauté du Pérou. Des historiens contemporains des Conquistadors, comme Bernal Díaz del Castillo, les ont enregistrés. Bien que les archives soient incomplètes, un historien estime qu’environ 50 personnes ont été exécutées par l’Inquisition mexicaine.