25. heinäkuuta 1919 Neuvostoliiton hallituksen apulaisulkomaankomissaari Lev Karakhan oli lähettänyt Kiinan hallitukselle manifestin, jossa hän lupasi palauttaa Kiinan itäisen rautatien Kiinan hallintaan ilman taloudellisia kustannuksia. Karakhanin manifesti julkaistiin 26. elokuuta neuvostoliittolaisessa lehdistössä, mutta asiakirjassa ei mainittu CER:n palauttamista kiinalaisille eikä taloudellisen korvauksen puuttumista.
Kiinalaisilla oli alkuperäisen Karakhanin sähkeen ohella todisteena Vilenskin pamfletti. Vilenskin pamfletti osoittaa myös kiinalaisille, että Neuvostoliitto oli valmis palauttamaan CER:n kiinalaisille ilman korvausta. Karakhanin sähke 25. heinäkuuta osoittaa Neuvostoliiton alkuperäisen aikomuksen, joka oli palauttaa CER takaisin kiinalaisten hallintaan ilman korvausta. Heinäkuun 25. päivän sähkettä käytettiin täyttämään Kiinan hallituksen diplomaattiset vaatimukset, kun taas elokuun 26. päivän sähke julkaistiin Neuvostoliiton sisäisten propagandavaatimusten ylläpitämiseksi.
Ensimmäinen merkittävä askel kiinalaisten vuonna 1929 tekemän CER:n vihamielisen haltuunoton selvittämisessä alkaa 14. maaliskuuta 1924 tehdyn salaisen pöytäkirjan ja 20. syyskuuta 1924 tehdyn salaisen sopimuksen ymmärtämisestä. Maaliskuun 14. päivän 1924 salaisessa pöytäkirjassa todettiin, että kaikki aiemmat Neuvostoliiton ja Kiinan väliset yleissopimukset, sopimukset, pöytäkirjat, sopimukset ja kaikki muut asiakirjat mitätöidään, kunnes konferenssi voidaan kutsua koolle. Tämä teki kaikki sopimukset, rajasuhteet ja kauppasuhteet riippuvaisiksi tulevasta konferenssista. Tämä puolestaan antoi Neuvostoliitolle aikaa kääntyä Mantsuriassa Zhang Xueliangin puoleen, joka oli Mantsurian vahvin sotapäällikkö tuolloin. Hänellä oli hallussaan Mukdenin hallitus (nykyään kaupunki tunnetaan nimellä Shenyang). Neuvostoliittolaiset ehdottivat ensimmäisenä CER:n yhteistä hallintaa kiinalaisten kanssa, mutta Zhang oli tämän yhteisen hallinnan tiellä. Neuvostoliittolaiset päättivät tehdä sopimuksen Zhangin kanssa.
31. toukokuuta 1924 Lev Karakhan ja Kiinan tasavallan ulkoministeri, tohtori V. K. Wellington Koo allekirjoittivat kiinalais-neuvostoliittolaisen sopimuksen. Se sisälsi useita artikloja, jotka pelasivat suoraan neuvostoliittolaisten käteen, sillä V artiklassa sanottiin, että ”henkilöiden palkkaaminen rautatien eri osastoihin tapahtuu sosialististen neuvostotasavaltojen liiton ja Kiinan tasavallan kansalaisten yhtäläisen edustuksen periaatteen mukaisesti”. Neuvostoliittolaiset lisäsivät: ”Tasa-arvoisen edustuksen periaatteen toteuttamisessa ei missään tapauksessa saa keskeyttää tai loukata rautatien normaalia elämänkulkua ja toimintaa, eli molempien kansallisuuksien palvelukseen ottaminen tapahtuu hakijoiden kokemuksen, henkilökohtaisen pätevyyden ja kelpoisuuden mukaisesti.”
Kiinalaisten kanssa käytyjen neuvottelujen ollessa päättyneet neuvostoliittolaiset kääntyivät tekemään sopimusta Zhang Xueliangin kanssa. He lupasivat hänelle täyden määräysvallan valita, mitkä kiinalaiset virkamiehet olisivat johtokunnassa CER:n yhteisessä kiinalais-neuvostoliittolaisessa hallinnossa. Näin hän saisi puolet CER:n määräysvallasta. Hän allekirjoitti salaisen sopimuksen 20. syyskuuta 1924 tietämättä, että Kiinan hallitus oli allekirjoittanut salaisen pöytäkirjan aiemmin tänä vuonna. Koska CER oli alun perin neuvostoliittolaisten hallinnassa, suurin osa viroista olisi Neuvostoliiton hallinnassa. Sitten neuvostoliittolaiset väittivät, että heidän pitäisi pitää enemmistövaltaa, koska mikä tahansa muu ratkaisu keskeyttäisi tai vahingoittaisi rautatietä.
Neuvostoliittolaiset olivat myös presidentin marionettimestari CER:n osalta. Neuvostohallitus pystyi saamaan takaisin enemmistövaltaa CER:ssä pelaamalla salaiset pöytäkirjat toisiaan vastaan ja ohittamalla kiinalaiset. Neuvostoliittolaiset antoivat kiinalaisten luulla, että he lisäsivät hallitukselleen uskollisia työntekijöitä. Todellisuudessa neuvostoliittolaiset kuitenkin loivat lisää työpaikkoja rautateille ja palkkasivat neuvostoliittolaisia työntekijöitä. Lopulta neuvostoliittolaiset hallitsivat 67 prosenttia kaikista CER:n työpaikoista.
Kiinalaiset viihdyttivät yhteistä johtoa vuoden 1929 puoliväliin saakka. Muutos neuvostohallinnosta kiinalaishallintoon alkoi, kun Kiinan viranomaiset tekivät radikaalin siirron ja yrittivät poistaa neuvostohallinnon. Kiinan viranomaiset rynnäköivät Neuvostoliiton konsulaattiin Harbinissa. He pidättivät CER:n pääjohtajan, hänen avustajansa ja muita neuvostokansalaisia ja poistivat heidät CER:n vallasta. Neuvostoliitto ryhtyi vastatoimiin pidättämällä Kiinan kansalaisia Neuvostoliiton sisällä. Heinäkuun 13. päivänä 1929 neuvostoliittolaiset lähettivät kiinalaisille viralliset vaatimuksensa siitä, mitä CER:ssä tapahtui. Heinäkuun 19. päivänä he katkaisivat diplomaattisuhteensa kiinalaisiin. Ne keskeyttivät rautatieyhteydet ja vaativat kaikkia kiinalaisia diplomaatteja poistumaan Neuvostoliiton alueelta. Heinäkuun 20. päivään mennessä neuvostoliittolaiset olivat siirtämässä varojaan New Yorkiin. Kun neuvostoliittolaiset olivat Suifenhen ja Lahususan kaupungeissa, he terrorisoivat kiinalaisia siviilejä osoittamalla sotalaivojensa tykit kaupunkiin ja antamalla lentokoneidensa tehdä ohilentoja. Monet Neuvostoliiton johdon jäsenet, kuten Kliment Voroshilov, vaativat sotilaallista väliintuloa, mutta pääsihteeri Josif Stalin epäröi aluksi, koska hän pelkäsi Japanin reaktiota Neuvostoliiton hyökkäykseen Mantšuriaan. Kun Neuvostoliiton pääkonsuli Tokiossa oli kuitenkin saanut tietoja, joiden mukaan Japani pysyisi konfliktin ulkopuolella niin kauan kuin neuvostoliittolaiset rajoittaisivat mahdolliset hyökkäykset Pohjois-Mantšuriaan, Stalin päätti toimia. Neuvostoliitto perusti 6. elokuuta Punalippukunnan Kaukoidän erikoisarmeijan, jota komensi Vasili Pljukher Voroshilovin avustuksella. Noin 20 prosenttia koko Neuvostoliiton asevoimista mobilisoitiin osallistumaan operaatioon tai avustamaan sitä. Näin he olivat valmiita tekemään kaikkensa palauttaakseen CER:n takaisin hallintaansa. Kiinan johto oli yllättynyt tästä käänteestä, sillä se ei ollut odottanut Neuvostoliiton reagoivan näin aggressiivisesti. Zhang värväsi nopeasti lisää joukkoja, ennen kaikkea tuhansia kommunisminvastaisia venäläisiä, jotka asuivat valkoisina emigranteina Mantšuriassa. Osa valkovenäläisistä jopa organisoi sissiryhmiä viemään sotaa Neuvostoliittoon.