El 25 de julio de 1919, el Comisario Adjunto de Asuntos Exteriores del gobierno soviético, Lev Karakhan, había emitido un manifiesto dirigido al gobierno chino en el que prometía la devolución del Ferrocarril Oriental Chino al control chino sin ningún coste financiero. El 26 de agosto, el Manifiesto de Karakhan fue publicado por la prensa soviética, pero el documento no mencionaba ni la devolución del RCE a los chinos ni la ausencia de compensación financiera.
Además del telegrama original de Karakhan, los chinos tenían el panfleto de Vilenski como prueba. El panfleto Vilenski también muestra a los chinos que los soviéticos estaban dispuestos a devolver el CER a los chinos sin compensación. El telegrama del 25 de julio de Karakhan muestra la intención original de la Unión Soviética, que era devolver la RCE al control chino sin compensación. El telegrama del 25 de julio se utilizó para satisfacer los requisitos diplomáticos para el gobierno chino, mientras que el del 26 de agosto se publicó para mantener los requisitos de propaganda dentro de la Unión Soviética.
El primer paso importante para descubrir la toma hostil de la RCE por parte de los chinos en 1929 comienza con la comprensión del Protocolo Secreto del 14 de marzo de 1924 y el Acuerdo Secreto del 20 de septiembre de 1924. El Protocolo Secreto del 14 de marzo de 1924 establecía que todos los antiguos convenios, tratados, protocolos, contratos y cualquier otro documento entre la Unión Soviética y China serían anulados hasta que se pudiera convocar una conferencia. Esto hacía que todos los tratados, las relaciones fronterizas y las relaciones comerciales dependieran de la próxima conferencia. Esto, a su vez, dio tiempo a los soviéticos para dirigirse a Zhang Xueliang en Manchuria, el señor de la guerra más fuerte en ese momento. Tenía el control del gobierno de Mukden (hoy la ciudad se conoce como Shenyang). Los soviéticos fueron los primeros en proponer la gestión conjunta de la RCE con los chinos, pero Zhang se opuso a esta gestión conjunta. Los soviéticos decidieron pactar con Zhang.
El 31 de mayo de 1924, Lev Karakhan y el Dr. V. K. Wellington Koo, ministro de Asuntos Exteriores de la República de China, firmaron el tratado sino-soviético. Incluía múltiples artículos, que jugaban a favor de los soviéticos porque en el artículo V decía «el empleo de personas en los distintos departamentos del ferrocarril se hará de acuerdo con el principio de igualdad de representación entre los nacionales de la Unión de Repúblicas Socialistas Soviéticas y los de la República de China». Los soviéticos añadieron: «Al llevar a cabo el principio de representación equitativa, el curso normal de la vida y las actividades del Ferrocarril no se verán en ningún caso interrumpidas o perjudicadas, es decir, el empleo de ambas nacionalidades se hará de acuerdo con la experiencia, las cualificaciones personales y la aptitud de los solicitantes.»
Mientras se concluían las negociaciones con los chinos, los soviéticos se volcaron en hacer un trato con Zhang Xueliang. Le prometieron el control total de la elección de los funcionarios chinos que formarían parte de la junta directiva en la gestión conjunta chino-soviética del CER. Esto le daría la mitad del control de la RCE. El 20 de septiembre de 1924, firmó el Acuerdo Secreto, sin saber que el gobierno chino había firmado el Protocolo Secreto ese mismo año. Como el CER estaba originalmente controlado por los soviéticos, la mayoría de los puestos estarían bajo control soviético. Entonces, los soviéticos afirmaron que debían mantener el control mayoritario porque cualquier otra solución interrumpiría o perjudicaría al ferrocarril.
Los soviéticos también fueron la marioneta del Presidente para el CER. El gobierno soviético fue capaz de recuperar el control mayoritario de la RCE jugando con los protocolos secretos y superando a los chinos. Los soviéticos permitieron que los chinos pensaran que estaban sumando trabajadores leales a su gobierno. Sin embargo, en realidad, los soviéticos estaban creando más puestos de trabajo en el ferrocarril y contratando a trabajadores soviéticos. Al final, los soviéticos controlaban el 67% de todos los puestos del CER.
Los chinos mantuvieron la gestión conjunta hasta mediados de 1929. El cambio del control soviético al control chino comenzó cuando las autoridades chinas hicieron un movimiento radical para tratar de eliminar la gestión soviética. Las autoridades chinas asaltaron el consulado soviético en Harbin. Detuvieron al director general de la RCE, a su ayudante y a otros ciudadanos soviéticos y los apartaron del poder en la RCE. Los soviéticos tomaron represalias deteniendo a ciudadanos chinos dentro de la URSS. El 13 de julio de 1929, los soviéticos enviaron sus demandas formales a los chinos sobre lo que estaba ocurriendo en la RCE. El 19 de julio interrumpieron sus relaciones diplomáticas con los chinos. Suspendieron las comunicaciones ferroviarias y exigieron que todos los diplomáticos chinos abandonaran el territorio soviético. El 20 de julio los soviéticos transfirieron sus fondos a Nueva York. Mientras estaban en las ciudades de Suifenhe y Lahususa, los soviéticos aterrorizaban a los civiles chinos haciendo que los cañones de sus buques de guerra apuntaran a la ciudad y que sus aviones hicieran sobrevuelos. Muchos miembros de la dirección soviética, como Kliment Voroshilov, instaron a una intervención militar, pero el Secretario General Joseph Stalin dudó inicialmente, temiendo una reacción japonesa a una invasión soviética de Manchuria. Sin embargo, después de que el cónsul general soviético en Tokio obtuviera información según la cual Japón se mantendría al margen del conflicto siempre que los soviéticos limitaran cualquier invasión al norte de Manchuria, Stalin decidió actuar. El 6 de agosto, la Unión Soviética creó el Ejército Especial de la Bandera Roja del Lejano Oriente, comandado por Vasily Blyukher con la ayuda de Voroshilov. Alrededor del 20% de todas las fuerzas armadas soviéticas fueron movilizadas para participar o ayudar en la operación. Con ello estaban dispuestos a hacer lo que fuera necesario para devolver la RCE a su control. Los dirigentes chinos se vieron sorprendidos por este giro de los acontecimientos, ya que no esperaban que la Unión Soviética reaccionara de forma tan agresiva. Zhang reclutó rápidamente más tropas, sobre todo miles de rusos anticomunistas que vivían como emigrantes blancos en Manchuria. Algunos de los rusos blancos incluso organizaron grupos de guerrilla para llevar la guerra a la Unión Soviética.