Los «huesos del descubrimiento» que condujeron al descubrimiento de la cantera de Carnegie eran vértebras de la cola (huesos de la espalda) de Apatosaurus louisae. Este espécimen, un esqueleto casi completo con un cráneo, se convirtió en el espécimen tipo de Apatosaurus louisae. Esto significa que fue el primero de su especie que se encontró y describió científicamente.
Al igual que muchos saurópodos y dinosaurios en general, los cráneos de Apatosaurus son extremadamente raros. Los huesos del cráneo son delgados y se aplastan fácilmente. Los cráneos son en su mayoría huecos para mantener los tejidos blandos que no pueden ser preservados. Los sedimentos finos comprimen el cráneo para aplanarlo de la misma manera que se puede pisar una lata vacía. Estos cráneos pueden conservarse, pero se pierde parte de la estructura tridimensional.
El único cráneo de Apatosaurus del mundo se encontró en la cantera Carnegie porque el sedimento de tamaño arena conserva el hueso con gran detalle sin comprimirlo. En la actualidad, un molde del cráneo del Apatosaurus sigue expuesto con el resto del espécimen en el Museo Carnegie de Historia Natural de Pittsburgh (Pensilvania). El cráneo real no se expone debido a la fragilidad del hueso.