A Carnegie Quarry felfedezéséhez vezető “Discovery Bones” az Apatosaurus louisae farokcsigolyái (hátcsontjai) voltak. Ez a példány, egy majdnem teljes csontváz koponyával együtt az Apatosaurus louisae típuspéldánya lett. Ez azt jelenti, hogy ez volt az első a fajából, amelyet valaha is megtaláltak és tudományosan leírtak.
Mint sok szauropoda és általában a dinoszauruszok, az Apatosaurus koponyái is rendkívül ritkák. A koponyacsontok vékonyak és könnyen összetörhetők. A koponyák többnyire üregesek, hogy lágy szöveteket tartsanak, amelyek nem maradhatnak meg. A finom üledékek összenyomják a koponyát, és úgy ellapítják, mintha egy üres konzervdobozra lépnénk. Ezek a koponyák megmaradhatnak, de a háromdimenziós szerkezet egy része elveszik.
A világ egyetlen Apatosaurus-koponyáját a Carnegie-kőfejtőben találták, mert a homok méretű üledék nagy részletességgel megőrzi a csontokat anélkül, hogy összenyomná azokat. Az Apatosaurus koponyájának egy öntvénye ma is látható a példány többi részével együtt a pennsylvaniai Pittsburghben található Carnegie Természettudományi Múzeumban. A valódi koponya a csont törékeny volta miatt nem látható a kiállításon.