Videnskabelig racisme, hvor videnskaben bruges til at retfærdiggøre og rationalisere hierarkiske sammenligninger mellem befolkningsgrupper, blev stadig vigtigere i anden halvdel af det 19. århundrede, parallelt med imperiemagternes voksende indflydelse på den internationale arena. På det tidspunkt blev de første virkeligt racistiske verdensbilleder udarbejdet og ledsaget af en række biologiske målinger af kropslige forskelle mellem racerne (f.eks. kraniometri). Mens det 19. århundredes biologiske videnskab gav racismen vigtige argumenter, er det mere kompliceret at vurdere virkningen af det 20. århundredes videnskab, især humangenetik, at vurdere virkningen. På den ene side blev humangenetik, især indtil 1940’erne, brugt til at understøtte dybt racistiske idéer. På den anden side producerede ikke alene genetik (hard-heredity) en gavnlig adskillelse mellem race som et biologisk begreb og kultur, men den understregede også i stigende grad individets (og ikke gruppens eller racens) centrale betydning som det eneste betydningsfulde analyseniveau for menneskelige variationer.