Pearl Harbor var oprindeligt en udstrakt lavvandet vig, som af hawaiianerne blev kaldt Wai Momi (som betyder “perlevand”) eller Puʻuloa (som betyder “lang bakke”). Puʻuloa blev i hajgudinden Kaʻahupahau og hendes bror (eller søn), Kahiʻuka, i hawaiianske legender anset for at være hjemsted for hajgudinden Kaʻahupahau og hendes bror (eller søn), Kahiʻuka. Ifølge traditionen er Keaunui, lederen af de magtfulde Ewa-ledere, krediteret for at have skåret en sejlbar kanal nær det nuværende Puʻuloa-saltværk, hvorved han gjorde flodmundingen, der er kendt som “Pearl River”, tilgængelig for sejlads. Hvis man tager behørigt hensyn til den legendariske forstærkning, havde flodmundingen allerede et udløb for sit vand, hvor den nuværende kløft er; men Keaunui får typisk æren for at udvide og uddybe den.
Nittende århundrede
Pearl Harbor i 1880’erne.
I begyndelsen af det 19. århundrede blev Pearl Harbor ikke brugt til store skibe på grund af den lave indsejling. USA’s interesse for Hawaiiøerne voksede som følge af USA’s hvalfangst, skibsfart og handelsaktiviteter i Stillehavet. Allerede i 1820 blev der udpeget en “Agent of the United States for Commerce and Seamen” til at varetage amerikanske forretninger i Honolulu havn. Disse handelsforbindelser til det amerikanske kontinent blev ledsaget af arbejdet i det amerikanske Board of Commissioners for Foreign Missions. Amerikanske missionærer og deres familier blev en integreret del af det politiske organ på Hawaii.
Igennem 1820’erne og 1830’erne besøgte mange amerikanske krigsskibe Honolulu. I de fleste tilfælde medbragte de kommanderende officerer breve fra den amerikanske regering, der gav råd om regeringsanliggender og om ønationens forhold til fremmede magter. I 1841 anbefalede avisen Polynesian, der blev trykt i Honolulu, at USA etablerede en flådebase på Hawaii for at beskytte amerikanske borgere, der var beskæftiget i hvalfangstindustrien. Den britiske hawaiianske udenrigsminister Robert Crichton Wyllie bemærkede i 1840, at “… min mening er, at begivenhedernes tidevandsbølge løber frem mod en annektering til USA.”
Fra afslutningen af borgerkrigen, til købet af Alaska, til Stillehavsstaternes øgede betydning, den planlagte handel med lande i Asien og ønsket om et toldfrit marked for hawaiianske basisprodukter, ekspanderede den hawaiianske handel. I 1865 blev North Pacific Squadron dannet for at omfavne vestkysten og Hawaii. Lackawanna fik det følgende år til opgave at sejle mellem øerne, “en lokalitet af stor og stigende interesse og betydning”. Dette skib undersøgte de nordvestlige Hawaii-øer i retning af Japan. Som følge heraf gjorde USA krav på Midway Island. Marineministeren kunne i sin årsrapport fra 1868 skrive, at der i november 1867 fløj 42 amerikanske flag over hvalfartøjer og handelsskibe i Honolulu mod kun seks fra andre nationer. Denne øgede aktivitet medførte, at mindst ét krigsskib blev permanent udstationeret i Hawaii’s farvande. Den roste også Midway Island som værende i besiddelse af en havn, der overgik Honolulus havn. I det følgende år godkendte kongressen den 1. marts 1869 en bevilling på 50.000 dollars til uddybning af indsejlingen til denne havn.
Astronautfotografi af Pearl Harbor fra oktober 2009
Efter 1868, da kommandanten for Stillehavsflåden besøgte øerne for at varetage amerikanske interesser, spillede flådeofficerer en vigtig rolle i de interne anliggender. De fungerede som voldgiftsmænd i forretningskonflikter, som forhandlere af handelsaftaler og som forsvarere af lov og orden. Der blev arrangeret regelmæssige rejser mellem øerne og til fastlandet om bord på amerikanske krigsskibe for medlemmer af den hawaiianske kongefamilie og vigtige regeringsembedsmænd fra øerne. Da kong Lunalilo døde i 1873, var der forhandlinger i gang om afståelse af Pearl Harbor som havn til toldfri eksport af sukker til USA. Ved valget af kong Kalākaua i marts 1874 førte optøjer til, at søfolk fra USS Tuscarora og Portsmouth gik i land. Det britiske krigsskib HMS Tenedos landsatte også en symbolsk styrke. Under kong Kalākaua fik USA eneret til at gå ind i Pearl Harbor og etablere “en kulings- og reparationsstation.”
Og selv om denne traktat fortsatte med at være i kraft indtil august 1898, befæstede USA ikke Pearl Harbor som flådebase. Som det havde været tilfældet i 60 år, udgjorde den lavvandede indsejling en formidabel barriere mod brugen af de dybe beskyttede farvande i den indre havn.
Den 6. december 1884 underskrev USA og det hawaiianske kongerige gensidighedstraktaten af 1875 som suppleret ved konventionen. Denne traktat blev ratificeret i 1887. Den 20. januar 1887 gav det amerikanske senat flåden eneretten til at opretholde en kulings- og reparationsstation i Pearl Harbor. (USA tog den i besiddelse den 9. november samme år). Den spansk-amerikanske krig i 1898 og ønsket om, at USA skulle have en permanent tilstedeværelse i Stillehavet, bidrog begge til beslutningen.
Flådens tilstedeværelse (1899-nutid)
USS Arizona, under det japanske angreb på Pearl Harbor, 7. december 1941
Efter omstyrtelsen af det hawaiianske kongedømme etablerede den amerikanske flåde en base på øen i 1899. Den 7. december 1941 blev basen angrebet af den kejserlige japanske flådes fly og dværgubåde, hvilket forårsagede den amerikanske indtræden i Anden Verdenskrig. Der var ingen meningsfuld plan for luftforsvaret af Hawaii, for de amerikanske kommandanter havde ingen forståelse for luftvåbnets muligheder og den korrekte anvendelse af luftvåben. Hvis Stillehavsflåden havde reageret på advarslerne, ville den utvivlsomt være gået til havs den 7. december, hvor de store skibe ville være blevet sænket på dybt vand, hvilket ville have gjort bjærgning umulig. Kort efter det ødelæggende japanske overraskelsesangreb på Pearl Harbor blev to amerikanske militærledere, generalløjtnant Walter Short og admiral Husband Kimmel, degraderet fra deres fulde rang. De to amerikanske kommandanter forsøgte senere at genoprette deres omdømme og deres fulde rang.
Efter Anden Verdenskrig
Igennem årene forblev Pearl Harbor en hovedbase for den amerikanske Stillehavsflåde efter Anden Verdenskrig sammen med flådebasen San Diego. I 2010 fusionerede flåden og luftvåbnet deres to nærliggende baser; Pearl Harbor blev sammen med Hickam Air Force Base til Joint Base Pearl Harbor-Hickam.
I december 2016 aflagde den japanske premierminister Shinzo Abe et fælles besøg på Pearl Harbor sammen med USA’s præsident Barack Obama. Denne tur markerede 75-årsdagen for angrebet og var det første officielle besøg af en siddende japansk leder.
I december 2019 dræbte en sømand fra den amerikanske flåde to civile arbejdere og sårede en anden, inden han skød sig selv på Pearl Harbor Naval Shipyard.
Den 11. maj 2020 blev det meddelt, at en fælles ekspedition af Ocean Infinity med skibet Pacific Constructor og SEARCH Inc.’s operationscenter under ledelse af Dr. James Delgado havde opdaget Nevadas vrag. Det ligger på en dybde af 15.400 fod (4.700 m) ud for Hawaii’s kyst og ca. 65 sømil sydvest for Pearl Harbor. Arkæologerne dokumenterede også de to trebenede master, dele af broen, dele af dækket og overbygningen samt en tank, der var placeret på dækket i forbindelse med atombombentestene. Skroget var stadig malet, og nummeret “36” var synligt på agterskibet. Som følge af den globale sundhedskrise COVID-19 pandemien har skibet opholdt sig på havet på en række forskellige opgaver.