I 1975 blev Faust ansat på University of Pennsylvania som assisterende professor i amerikansk civilisation. Faust, der er specialist i Sydstaternes historie i antebellum-perioden og borgerkrigen, blev Walter Annenberg Professor of History.
Booknotes interview med Faust om Mothers of Invention, 1. september 1996, C-SPAN
Præsentation af Faust om This Republic of Suffering, 9. januar 2008, C-SPAN
Hun er forfatter til seks bøger, bl.a. Mothers of Invention: Women of the Slaveholding South in the American Civil War (1996), for hvilken hun vandt både Society of American Historians Francis Parkman Prize og Avery O. Craven Award fra Organization of American Historians i 1997. Blandt hendes andre værker kan nævnes James Henry Hammond and Old South, en biografi om James Henry Hammond, guvernør i South Carolina fra 1842 til 1844. This Republic of Suffering (2008) var en anmelderroste undersøgelse af, hvordan USA’s forståelse af døden blev formet af de store tab under borgerkrigen. Den var finalist til Pulitzerprisen og National Book Award.
I 2001 blev Faust udnævnt til den første dekan for Radcliffe Institute for Advanced Study, som blev oprettet efter fusionen af Radcliffe College med Harvard University.
Den 8. februar 2007 blev Faust valgt som den næste præsident for universitetet. Efter formel godkendelse af universitetets bestyrelser blev hendes udnævnelse gjort officiel tre dage senere. Faust var den første kvinde til at være præsident for Harvard University.
Faust afløste Lawrence Summers, som trådte tilbage den 30. juni 2006 efter en række kontroversielle udtalelser, der førte til stigende kritik fra medlemmer af Harvard’s fakultet for kunst og videnskab. Derek Bok, der havde været præsident for Harvard fra 1971 til 1991, vendte tilbage for at fungere som midlertidig præsident i det akademiske år 2006-2007.
På en pressekonference på campus sagde Faust: “Jeg håber, at min egen udnævnelse kan være et symbol på en åbning af muligheder, som ville have været utænkelige selv for en generation siden.” Hun tilføjede også: “Jeg er ikke den kvindelige præsident for Harvard, jeg er præsidenten for Harvard.”
Den 12. oktober 2007 holdt Faust sin installationstale og sagde:
Et universitet handler ikke om resultater i det næste kvartal; det handler ikke engang om, hvem en studerende er blevet ved eksamen. Det handler om læring, der former et helt liv, læring, der overfører årtusinders arv; læring, der former fremtiden.
I et af Fausts første initiativer øgede hun i betydelig grad tilbuddene om finansiel støtte til studerende på Harvard College. Den 10. december 2007 annoncerede Faust en ny politik for studerende fra middelklassen og den øvre middelklasse, som begrænsede forældrenes bidrag til 10 procent for familier, der tjener mellem 100.000 og 180.000 dollars om året, og som erstattede lån med stipendier. Ved annonceringen af denne politik sagde Faust: “Uddannelse er den motor, der får det amerikanske demokrati til at fungere…. Og den skal fungere, og det betyder, at folk skal have adgang.” Den nye politik udvidede tidligere programmer, der eliminerede bidrag for familier, der tjener mindre end 60.000 dollars om året, og reducerede omkostningerne betydeligt for familier, der tjener mindre end 100.000 dollars om året. Lignende politikker blev efterfølgende vedtaget af Stanford, Yale og mange andre private amerikanske universiteter og colleges.
Ud over at fremme adgangen til videregående uddannelse har Faust vidnet for den amerikanske kongres for at fremme øget finansiering til videnskabelig forskning og støtte til yngre forskere på fakultetet. Hun har gjort det til en prioritet at revitalisere kunsten på Harvard og integrere den i de studerendes og medarbejdernes dagligdag. Faust har arbejdet for en yderligere internationalisering af universitetet. Desuden har hun været en stærk fortaler for bæredygtighed og har sat sig et ambitiøst mål om at reducere universitetets drivhusgasemissioner inden 2016, herunder dem, der er forbundet med fremtidig vækst, med 30 procent i forhold til Harvards basislinje fra 2006.
I maj 2008 blev Christina Romer, økonomiprofessor ved University of California, Berkeley, ikke tilbudt fastansættelse på Harvard på trods af støtte fra medlemmerne af Harvard Economics Department. På Harvard omfatter den fortrolige karakter af processen et panel, der består af eksterne eksperter og interne fakultetsmedlemmer uden for instituttet. Faust har afvist at diskutere pressemeddelelser i forbindelse med Romers sag om fastansættelse. Romer blev senere udpeget af præsident Barack Obama til formand for Council of Economic Advisers. Også i Fausts embedsperiode oplevede Harvards økonomiske afdeling en udvandring af prominente lærere til Stanford og MIT, herunder Raj Chetty, Susan Athey, Guido Imbens, Drew Fudenberg og Nobelpristageren Al Roth.
I kølvandet på en række afskedigelser i juni 2009 blev Faust kritiseret for at nægte at acceptere en lønnedgang, der ville have reddet arbejdspladser. I månederne forud for afskedigelserne opfordrede forskellige grupper på campus Faust og andre administratorer til at reducere deres lønninger som et middel til at reducere omkostningerne på hele campus. Der er forskellige rapporter om Fausts løn: Boston Globe rapporterer, at Faust tjente 775.043 dollars i skoleåret 2007-2008, mens Harvard Crimson rapporterede, at Faust tjente 693.739 dollars i løn og ydelser i regnskabsåret 2008-2009. I begyndelsen af 2009 godkendte Harvard Corporation lønstop for rektor, dekaner, ledende medarbejdere, ledelsespersonale og fakultetet og tilbød et førtidspensioneringsprogram. Universitetet foretog også en ufrivillig personalereduktion på 2,4 procent af sine ansatte.
I december 2010 var Faust og Stanford University President John L. Hennessy medforfattere på en lederartikel til støtte for vedtagelsen af DREAM Act. Lovgivningen blev ikke vedtaget af den 111. amerikanske kongres.
I 2011 underskrev Faust en aftale med flådens minister Ray Mabus, JD ’76, om formelt at returnere Naval Reserve Officers Training Corps (NROTC) programmet til campus efter næsten 40 år, efter ophævelsen af “Don’t Ask Don’t Tell” loven i december 2010.
Faust trak sig tilbage som præsident for Harvard College i juni 2018 og blev efterfulgt af Lawrence Bacow. Fire dage efter at hun trak sig tilbage fra sin stilling som præsident, blev hun medlem af bestyrelsen for Goldman Sachs. Hun beholder sin titel som professor i historie på Harvard.