Nel 1975, Faust entrò nella facoltà dell’Università della Pennsylvania come professore assistente di civiltà americana. Specialista della storia del Sud nel periodo antebellico e della guerra civile, Faust è diventato Walter Annenberg Professor di storia.
Intervista di Booknotes con Faust su Mothers of Invention, 1 settembre 1996, C-SPAN
Presentazione di Faust su This Republic of Suffering, 9 gennaio 2008, C-SPAN
È autrice di sei libri, tra cui Mothers of Invention: Women of the Slaveholding South in the American Civil War (1996), per il quale ha vinto sia il premio Francis Parkman della Society of American Historians che il premio Avery O. Craven della Organization of American Historians nel 1997. Le sue altre opere includono James Henry Hammond e il Vecchio Sud, una biografia di James Henry Hammond, governatore della Carolina del Sud dal 1842 al 1844. This Republic of Suffering (2008) è un’esplorazione acclamata dalla critica di come la comprensione della morte da parte degli Stati Uniti sia stata modellata dalle alte perdite durante la Guerra Civile. È stato finalista per il Premio Pulitzer e il National Book Award.
Nel 2001, Faust è stato nominato primo preside del Radcliffe Institute for Advanced Study, istituito dopo la fusione del Radcliffe College con l’Università di Harvard.
L’8 febbraio 2007, Faust è stato scelto come prossimo presidente dell’università. Dopo l’approvazione formale da parte dei consigli di amministrazione dell’università, la sua nomina è stata resa ufficiale tre giorni dopo. Faust è stata la prima donna a servire come presidente dell’Università di Harvard.
Faust ha sostituito Lawrence Summers, che si è dimesso il 30 giugno 2006, dopo una serie di dichiarazioni controverse che hanno portato a critiche crescenti da parte dei membri della Facoltà di Arti e Scienze di Harvard. Derek Bok, che era stato presidente di Harvard dal 1971 al 1991, è tornato a servire come presidente ad interim durante l’anno accademico 2006-2007.
Durante una conferenza stampa nel campus, Faust ha detto: “Spero che la mia nomina possa essere un simbolo di un’apertura di opportunità che sarebbe stata inconcepibile anche una generazione fa.” Ha anche aggiunto: “Non sono la donna presidente di Harvard, sono la presidente di Harvard.”
Il 12 ottobre 2007, Faust ha tenuto il suo discorso di insediamento, dicendo:
Un’università non riguarda i risultati del prossimo trimestre; non riguarda nemmeno chi uno studente è diventato dopo la laurea. Riguarda l’apprendimento che plasma una vita, l’apprendimento che trasmette l’eredità di millenni; l’apprendimento che modella il futuro.
In una delle prime iniziative di Faust, ha aumentato significativamente le offerte di aiuti finanziari agli studenti dell’Harvard College. Il 10 dicembre 2007, Faust ha annunciato una nuova politica per gli studenti della classe media e medio-alta, che ha limitato i contributi dei genitori al 10% per le famiglie che guadagnano tra i 100.000 e i 180.000 dollari all’anno, e ha sostituito i prestiti con borse di studio. Nell’annunciare la politica, Faust ha detto: “L’istruzione è il motore che fa funzionare la democrazia americana…. E deve funzionare e questo significa che le persone devono avere accesso”. La nuova politica ha ampliato i programmi precedenti che hanno eliminato i contributi per le famiglie che guadagnano meno di 60.000 dollari l’anno e ridotto notevolmente i costi per le famiglie che guadagnano meno di 100.000 dollari. Politiche simili sono state successivamente adottate da Stanford, Yale e molte altre università e college privati degli Stati Uniti.
Oltre a promuovere l’accesso all’istruzione superiore, Faust ha testimoniato davanti al Congresso degli Stati Uniti per promuovere l’aumento dei finanziamenti per la ricerca scientifica e il sostegno ai giovani ricercatori di facoltà. Ha fatto una priorità per rivitalizzare le arti ad Harvard e integrarle nella vita quotidiana degli studenti e del personale. Faust ha lavorato per internazionalizzare ulteriormente l’università. Inoltre, è stata una forte sostenitrice della sostenibilità e ha fissato l’ambizioso obiettivo di ridurre le emissioni di gas serra dell’università entro il 2016, comprese quelle associate alla crescita prospettica, del 30 per cento rispetto alla base di Harvard del 2006.
Nel maggio 2008, a Christina Romer, docente di economia presso l’Università della California, Berkeley, non è stata offerta la cattedra ad Harvard nonostante il sostegno dei membri del Dipartimento di Economia di Harvard. Ad Harvard, la natura confidenziale del processo include una commissione composta da esperti esterni e membri interni della facoltà al di fuori del dipartimento. Faust ha rifiutato di discutere le notizie di stampa relative al caso della cattedra di Romer. Romer è stato poi nominato dal presidente Barack Obama a presiedere il Consiglio dei consulenti economici. Sempre durante il mandato di Faust, il dipartimento di economia di Harvard è stato testimone di un esodo di docenti di spicco verso Stanford e MIT, tra cui Raj Chetty, Susan Athey, Guido Imbens, Drew Fudenberg, e il premio Nobel Al Roth.
Sulla scia di una serie di licenziamenti nel giugno 2009, Faust è stato criticato per aver rifiutato di accettare un taglio di stipendio che avrebbe salvato posti di lavoro. Nei mesi precedenti i licenziamenti, vari gruppi del campus hanno invitato Faust e altri amministratori a ridurre i loro stipendi come mezzo per tagliare i costi in tutto il campus. I rapporti sullo stipendio di Faust differiscono: Il Boston Globe riferisce che Faust ha guadagnato 775.043 dollari nell’anno scolastico 2007-2008, mentre l’Harvard Crimson ha riferito che Faust ha guadagnato 693.739 dollari in stipendio e benefici per l’anno fiscale 2008-2009. All’inizio del 2009, la Harvard Corporation ha approvato il congelamento degli stipendi per il presidente, i decani, gli alti funzionari, il personale dirigente e i docenti, e ha offerto un programma di prepensionamento. L’Università ha anche intrapreso una riduzione involontaria del personale del 2,4% dei suoi dipendenti.
Nel dicembre 2010, Faust e il presidente della Stanford University John L. Hennessy hanno scritto un editoriale a sostegno del passaggio della legge DREAM. La legislazione non è stata approvata dal 111° Congresso degli Stati Uniti.
Nel 2011, Faust ha firmato un accordo con il segretario della Marina Ray Mabus, JD ’76, per riportare formalmente il programma Naval Reserve Officers Training Corps (NROTC) al campus dopo quasi 40 anni, a seguito dell’abrogazione della legge “Don’t Ask Don’t Tell” nel dicembre 2010.
Faust si è ritirato da presidente dell’Harvard College nel giugno 2018, succeduto da Lawrence Bacow. Quattro giorni dopo essersi ritirata dalla carica di presidente, è entrata nel consiglio di amministrazione di Goldman Sachs. Mantiene il suo titolo di professore di Storia ad Harvard.