Det sätt på vilket det franska styret etablerades i Algeriet under åren 1830-47 lade grunden för ett styrelsemönster som Franska Algeriet skulle behålla fram till självständigheten. Det kännetecknades av en tradition av våld och ömsesidig oförståelse mellan de styrande och de styrda; den franske politikern och historikern Alexis de Tocqueville skrev att kolonisationen hade gjort det muslimska samhället mer barbariskt än det var innan fransmännen anlände. Det fanns en relativ avsaknad av väletablerade inhemska medlare mellan de franska härskarna och massbefolkningen, och en ständigt växande fransk kolonisatörsbefolkning (colons, även kallade pieds noirs) krävde i den franska demokratins namn privilegier av en härskande minoritet. När Algeriet så småningom juridiskt sett blev en del av Frankrike ökade detta bara kolonisternas makt, som skickade delegater till det franska parlamentet. De utgjorde ungefär en tiondel av den totala befolkningen från slutet av 1800-talet till slutet av det franska styret.
Samhällets dominans i Algeriet var dock inte säkrad förrän Napoleon III:s fall 1870 och tredje republikens uppkomst i Frankrike. Fram till dess förblev Algeriet till stor del under militär förvaltning, och Algeriets generalguvernör var nästan alltid en militär officer fram till 1880-talet. De flesta algerier – med undantag för kolonierna – var underställda styret av militära officerare organiserade i arabiska byråer, vars medlemmar var officerare med ingående kunskaper om lokala angelägenheter och om folkets språk, men som inte hade några direkta ekonomiska intressen i kolonin. Officerarna sympatiserade därför ofta med de folk som de administrerade snarare än med de europeiska kolonisatörernas krav. Paradoxen i Franska Algeriet var att despotiskt och militärt styre erbjöd de infödda algerierna en bättre situation än vad civilt och demokratiskt styre gjorde.
Ett storskaligt program för konfiskering av odlingsbar mark, efter det att motståndet hade krossats, gjorde kolonisationen möjlig. Koloniseringen av nybyggare var av blandat europeiskt ursprung – främst spanska i och runt Oran och franska, italienska och maltesiska i centrum och öster. De icke-franska bosättarnas närvaro betraktades officiellt med oro under en lång tid, men inflytandet från den franska utbildningen, den muslimska miljön och det algeriska klimatet skapade så småningom hos de icke-franska en europeisk-algerisk subnationell känsla. Detta skulle förmodligen med tiden ha resulterat i en rörelse för att skapa en självständig stat om Algeriet hade legat längre bort från Paris och om nybyggarna inte hade fruktat den muslimska majoritetens potentiella styrka.
När Louis-Philippes regim störtades 1848 lyckades nybyggarna få territoriet förklarat som franskt; de före detta turkiska provinserna omvandlades till departement efter fransk modell, samtidigt som koloniseringen fortskred med förnyad energi. I samband med upprättandet av det franska andra kejsardömet 1852 överfördes ansvaret för Algeriet från Alger till en minister i Paris, men kejsaren, Napoleon III, upphävde snart detta beslut. Samtidigt som han uttryckte en förhoppning om att ett ökat antal bosättare för alltid skulle hålla Algeriet franskt, förklarade han också att Frankrikes första plikt var gentemot de tre miljoner araberna. Han förklarade med stor precision att Algeriet ”inte var en fransk provins utan ett arabiskt land, en europeisk koloni och ett franskt läger”. Denna inställning väckte vissa förhoppningar bland algerierna, men de förstördes av kejsarens fall 1870. Efter Frankrikes nederlag i det fransk-tyska kriget kände bosättarna att de äntligen kunde få mer mark. Sporrade av detta och av år av torka och svält förenades algerierna 1871 under Muḥammad al-Muqrānī i det sista stora upproret i Kabylien. Dess brutala undertryckande av franska styrkor följdes av tillägnandet av ytterligare en stor del av territoriet, som gav mark åt europeiska flyktingar från Alsace. Mycket mark förvärvades också av fransmännen genom kryphål i lagar som ursprungligen var utformade för att skydda stammarnas egendom. Bland dessa finns bland annat sénatus-consulte från 1863, som bröt upp stammarnas landområden och gjorde det möjligt för nybyggare att förvärva stora områden som tidigare var skyddade enligt stammelagstiftningen. Efter förlusten av dessa territorier flyttade algeriska bönder till marginella områden och i närheten av skogar; deras närvaro i dessa områden satte igång den omfattande miljöförstöring som har drabbat Algeriet sedan dess.
Det är svårt att i mänskliga termer mäta de förluster som algerierna led under de första åren av den franska ockupationen. Uppskattningarna av antalet döda på grund av sjukdomar och svält och som en direkt följd av kriget under kolonisationens första år varierar avsevärt, men de mest tillförlitliga uppskattningarna visar att den inhemska befolkningen i Algeriet minskade med nästan en tredjedel under åren mellan den franska invasionen och slutet av striderna i mitten av 1870-talet.
Graduellt sett etablerade den europeiska befolkningen en nästan total politisk, ekonomisk och social dominans över landet och dess infödda invånare. Samtidigt blev nya kommunikationslinjer, sjukhus och medicinsk service samt utbildningsmöjligheter mer allmänt tillgängliga för européer, även om de i begränsad omfattning – och på franska – tillhandahölls algerierna. Bosättarna ägde de flesta västerländska bostäder, gårdar i västerländsk stil, företag och verkstäder. Algerierna hade endast tillgång till grundskoleutbildning, och endast i städerna, och det fanns begränsade möjligheter till högre utbildning. Eftersom sysselsättningen främst var koncentrerad till tätorter drabbade undersysselsättning och kronisk arbetslöshet oproportionerligt mycket muslimer, som huvudsakligen bodde på landsbygden och i halvlänsområden.
För algerierna var tjänstgöring i den franska armén och i franska fabriker under första världskriget en ögonöppnande erfarenhet. Omkring 200 000 stred för Frankrike under kriget, och mer än en tredjedel av de manliga algerierna mellan 20 och 40 år var bosatta i Frankrike under denna tid. När freden återvände stannade cirka 70 000 algerier kvar i Frankrike och genom att leva sparsamt kunde de försörja många tusen av sina släktingar i Algeriet.