Die Art und Weise, in der die französische Herrschaft in Algerien in den Jahren 1830-47 errichtet wurde, legte den Grundstein für ein Herrschaftsmuster, das Französisch-Algerien bis zur Unabhängigkeit beibehalten sollte. Sie war geprägt von einer Tradition der Gewalt und des gegenseitigen Unverständnisses zwischen Herrschern und Beherrschten; der französische Politiker und Historiker Alexis de Tocqueville schrieb, dass die muslimische Gesellschaft durch die Kolonisierung noch barbarischer geworden sei als vor der Ankunft der Franzosen. Es fehlte an etablierten einheimischen Vermittlern zwischen den französischen Herrschern und der Masse der Bevölkerung, und eine ständig wachsende französische Siedlerbevölkerung (die Colons, auch pieds noirs genannt) forderte im Namen der französischen Demokratie die Privilegien einer herrschenden Minderheit. Als Algerien schließlich rechtlich zu Frankreich gehörte, stärkte dies nur die Macht der Colons, die Abgeordnete ins französische Parlament entsandten. Sie machten vom späten 19. Jahrhundert bis zum Ende der französischen Herrschaft etwa ein Zehntel der Gesamtbevölkerung aus.
Die Vorherrschaft der Siedler in Algerien war jedoch erst mit dem Sturz Napoleons III. im Jahr 1870 und der Entstehung der Dritten Republik in Frankreich gesichert. Bis dahin stand Algerien weitgehend unter Militärverwaltung, und der Generalgouverneur von Algerien war bis in die 1880er Jahre fast ausnahmslos ein Militäroffizier. Die meisten Algerier – mit Ausnahme der Kolonien – wurden von Militäroffizieren regiert, die in arabischen Büros organisiert waren. Die Mitglieder dieser Büros waren Offiziere, die die lokalen Angelegenheiten und die Sprache des Volkes sehr gut kannten, aber kein direktes finanzielles Interesse an der Kolonie hatten. Die Offiziere sympathisierten daher oft eher mit den Ansichten der Menschen, die sie verwalteten, als mit den Forderungen der europäischen Kolonisten. Das Paradoxe an Französisch-Algerien war, dass eine despotische und militärische Herrschaft den einheimischen Algeriern eine bessere Situation bot als eine zivile und demokratische Regierung.
Ein groß angelegtes Programm zur Beschlagnahmung von kultivierbarem Land, nachdem der Widerstand niedergeschlagen worden war, ermöglichte die Kolonisierung. Die Siedler waren gemischter europäischer Herkunft – hauptsächlich Spanier in und um Oran und Franzosen, Italiener und Malteser im Zentrum und im Osten. Die Anwesenheit der nichtfranzösischen Siedler wurde offiziell eine ganze Weile lang mit Sorge betrachtet, aber der Einfluss der französischen Erziehung, der muslimischen Umgebung und des algerischen Klimas schuf bei den Nichtfranzosen schließlich ein europäisch-algerisches subnationales Gefühl. Dies hätte wahrscheinlich mit der Zeit zu einer Bewegung zur Gründung eines unabhängigen Staates geführt, wenn Algerien weiter von Paris entfernt gelegen hätte und die Siedler nicht die potenzielle Stärke der muslimischen Mehrheit gefürchtet hätten.
Nach dem Sturz des Regimes von Louis-Philippe im Jahr 1848 gelang es den Siedlern, das Gebiet für französisch zu erklären; die ehemaligen türkischen Provinzen wurden in Departements nach französischem Vorbild umgewandelt, während die Kolonisierung mit neuer Energie voranschritt. Mit der Gründung des Zweiten Französischen Kaiserreichs im Jahr 1852 wurde die Zuständigkeit für Algerien von Algier auf einen Minister in Paris übertragen, doch der Kaiser Napoleon III. machte diese Entscheidung bald wieder rückgängig. Er äußerte zwar die Hoffnung, dass Algerien durch eine größere Zahl von Siedlern für immer französisch bleiben würde, erklärte aber auch, dass Frankreichs erste Pflicht den drei Millionen Arabern gegenüber bestehe. Er erklärte mit großer Genauigkeit, dass Algerien „keine französische Provinz, sondern ein arabisches Land, eine europäische Kolonie und ein französisches Lager“ sei. Diese Haltung weckte bei den Algeriern gewisse Hoffnungen, die jedoch durch den Sturz des Kaisers im Jahr 1870 zunichte gemacht wurden. Nach der Niederlage Frankreichs im Deutsch-Französischen Krieg glaubten die Siedler, endlich mehr Land gewinnen zu können. Dadurch und durch jahrelange Dürren und Hungersnöte angespornt, vereinigten sich die Algerier 1871 unter Muḥammad al-Muqrānī zum letzten großen Aufstand in der Kabylei. Auf die brutale Niederschlagung durch französische Truppen folgte die Aneignung eines weiteren großen Gebietsteils, der europäischen Flüchtlingen aus dem Elsass Land bot. Viel Land wurde von den Franzosen auch durch Schlupflöcher in Gesetzen erworben, die ursprünglich zum Schutz von Stammeseigentum gedacht waren. Zu nennen ist hier der sénatus-consulte von 1863, der Stammesgebiete auflöste und es Siedlern ermöglichte, große Gebiete zu erwerben, die zuvor unter Stammesrecht standen. Nach dem Verlust dieser Gebiete zogen algerische Bauern auf Randgebiete und in die Nähe von Wäldern; ihre Anwesenheit in diesen Gebieten setzte die weit verbreitete Umweltzerstörung in Gang, die Algerien seither beeinträchtigt.
Die Verluste, die die Algerier in den ersten Jahren der französischen Besatzung erlitten, lassen sich nur schwer in Zahlen ausdrücken. Die Schätzungen über die Zahl der Toten, die in den ersten Jahren der Kolonisation an Krankheiten, Hunger und als unmittelbare Folge von Kriegshandlungen starben, schwanken beträchtlich, aber die zuverlässigsten gehen davon aus, dass die einheimische Bevölkerung Algeriens in den Jahren zwischen der französischen Invasion und dem Ende der Kämpfe Mitte der 1870er Jahre um fast ein Drittel zurückging.
Nach und nach erlangte die europäische Bevölkerung eine nahezu vollständige politische, wirtschaftliche und soziale Vorherrschaft über das Land und seine einheimische Bevölkerung. Gleichzeitig wurden neue Kommunikationswege, Krankenhäuser und medizinische Dienste sowie Bildungseinrichtungen für Europäer zugänglich, auch wenn sie in begrenztem Umfang – und in französischer Sprache – an Algerier ausgegeben wurden. Die Siedler besaßen die meisten westlichen Wohnhäuser, Bauernhöfe, Geschäfte und Werkstätten. Nur die Grundschulbildung war für Algerier zugänglich, und das auch nur in den Städten, und die Aussichten auf eine höhere Bildung waren begrenzt. Da sich die Beschäftigung vor allem auf die städtischen Siedlungen konzentrierte, waren die Muslime, die hauptsächlich in ländlichen und halbländlichen Gebieten lebten, von Unterbeschäftigung und chronischer Arbeitslosigkeit überproportional betroffen.
Für die Algerier war der Dienst in der französischen Armee und in französischen Fabriken während des Ersten Weltkriegs eine augenöffnende Erfahrung. Etwa 200.000 kämpften während des Krieges für Frankreich, und mehr als ein Drittel der männlichen Algerier im Alter zwischen 20 und 40 Jahren hielt sich während dieser Zeit in Frankreich auf. Als der Frieden wieder einkehrte, blieben etwa 70 000 Algerier in Frankreich und konnten durch einen sparsamen Lebensstil viele Tausende ihrer Verwandten in Algerien unterstützen.