Den måde, hvorpå det franske styre blev etableret i Algeriet i årene 1830-47, lagde grunden til det styreform, som det franske Algeriet skulle opretholde indtil uafhængigheden. Det var præget af en tradition for vold og gensidig uforståelse mellem de herskende og de herskende; den franske politiker og historiker Alexis de Tocqueville skrev, at koloniseringen havde gjort det muslimske samfund mere barbarisk, end det var før franskmændenes ankomst. Der var en relativ mangel på veletablerede indfødte mæglere mellem de franske herskere og den brede befolkning, og en stadig voksende fransk bosætterbefolkning (colons, også kendt som pieds noirs) krævede privilegier af et herskende mindretal i det franske demokratis navn. Da Algeriet til sidst juridisk set blev en del af Frankrig, øgede det kun kolonibefolkningens magt, som sendte delegerede til det franske parlament. De udgjorde ca. en tiendedel af den samlede befolkning fra slutningen af det 19. århundrede og frem til afslutningen af det franske styre.
Sætternes dominans i Algeriet var dog ikke sikret før Napoleon III’s fald i 1870 og fremkomsten af den tredje republik i Frankrig. Indtil da forblev Algeriet stort set under militær administration, og Algeriets generalguvernør var næsten uvægerligt en militær officer indtil 1880’erne. De fleste algeriere – med undtagelse af kolonierne – var underlagt styret af militære officerer organiseret i arabiske bureauer, hvis medlemmer var officerer med et indgående kendskab til lokale anliggender og til befolkningens sprog, men uden direkte økonomiske interesser i kolonien. Officererne sympatiserede derfor ofte med de befolkningsgruppers synspunkter, som de administrerede, snarere end med de europæiske kolonisters krav. Paradokset i det franske Algeriet var, at despotisk og militært styre gav de indfødte algeriere en bedre situation end et civilt og demokratisk styre.
Et storstilet program for konfiskering af dyrkbar jord, efter at modstanden var blevet nedkæmpet, gjorde koloniseringen mulig. Koloniseringen af bosættere var af blandet europæisk oprindelse – hovedsageligt spansk i og omkring Oran og fransk, italiensk og maltesisk i centrum og øst. De ikke-franske bosætteres tilstedeværelse blev officielt set med bekymring i en lang periode, men indflydelsen fra den franske uddannelse, det muslimske miljø og det algeriske klima skabte til sidst en europæisk-algerisk subnational følelse hos de ikke-franske bosættere. Dette ville sandsynligvis med tiden have resulteret i en bevægelse for at skabe en uafhængig stat, hvis Algeriet havde ligget længere væk fra Paris, og hvis bosætterne ikke havde frygtet det muslimske flertals potentielle styrke.
Efter omstyrtelsen af Louis-Philippes regime i 1848 lykkedes det bosætterne at få territoriet erklæret fransk; de tidligere tyrkiske provinser blev omdannet til departementer efter fransk forbillede, mens koloniseringen fortsatte med fornyet energi. Med oprettelsen af det franske andet kejserrige i 1852 blev ansvaret for Algeriet overført fra Algier til en minister i Paris, men kejseren, Napoleon III, omstødte snart denne disposition. Selv om han udtrykte håb om, at et øget antal bosættere for altid ville holde Algeriet fransk, erklærede han også, at Frankrigs første pligt var over for de tre millioner arabere. Han erklærede med stor nøjagtighed, at Algeriet “ikke var en fransk provins, men et arabisk land, en europæisk koloni og en fransk lejr”. Denne holdning vakte visse forhåbninger blandt algerierne, men de blev ødelagt ved kejserens fald i 1870. Efter Frankrigs nederlag i den fransk-tyske krig følte bosætterne, at de endelig kunne få mere jord. Ansporet af dette og af år med tørke og hungersnød forenede algerierne sig i 1871 under Muḥammad al-Muqrānī i det sidste store oprør i Kabylien. Den brutale undertrykkelse af de franske styrker blev efterfulgt af tilegnelsen af endnu et stort område, som gav jord til europæiske flygtninge fra Alsace. Franskmændene erhvervede også meget jord gennem smuthuller i de love, der oprindeligt var udformet til at beskytte stammens ejendom. Blandt disse er den såkaldte sénatus-consulte fra 1863, som opsplittede stammeområder og gjorde det muligt for bosættere at erhverve store områder, der tidligere var sikret under stammelovgivningen. Efter tabet af disse områder flyttede de algeriske bønder til marginale områder og i nærheden af skove; deres tilstedeværelse i disse områder satte gang i den omfattende miljøforringelse, der har ramt Algeriet siden da.
Det er vanskeligt at måle de tab, som algerierne led i de første år af den franske besættelse, i menneskelige termer. Skøn over antallet af døde som følge af sygdom og sult og som direkte resultat af krigshandlinger i de første koloniseringsår varierer betydeligt, men de mest pålidelige skøn viser, at den indfødte befolkning i Algeriet faldt med næsten en tredjedel i årene mellem den franske invasion og afslutningen af kampene i midten af 1870’erne.
Graduelt etablerede den europæiske befolkning en næsten total politisk, økonomisk og social dominans over landet og dets indfødte indbyggere. Samtidig blev nye kommunikationslinjer, hospitaler og lægehjælp samt uddannelsesfaciliteter mere almindeligt tilgængelige for europæerne, selv om de i begrænset omfang – og på fransk – blev udleveret til algerierne. Bosætterne ejede de fleste vestlige boliger, gårde i vestlig stil, virksomheder og værksteder. Algerierne havde kun adgang til grundskoleundervisning, og kun i byerne, og der var kun begrænsede muligheder for videregående uddannelse. Fordi beskæftigelsen hovedsagelig var koncentreret i byerne, ramte underbeskæftigelse og kronisk arbejdsløshed uforholdsmæssigt mange muslimer, som hovedsagelig boede i landdistrikter og halvlandlige områder. For algerierne var tjeneste i den franske hær og i franske fabrikker under Første Verdenskrig en øjenåbnende oplevelse. Omkring 200.000 kæmpede for Frankrig under krigen, og mere end en tredjedel af de mandlige algeriere mellem 20 og 40 år var bosiddende i Frankrig i den periode. Da freden vendte tilbage, blev omkring 70.000 algeriere i Frankrig, og ved at leve sparsommeligt var de i stand til at forsørge mange tusinde af deres slægtninge i Algeriet.