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8世紀から15世紀にかけて、スペインの大部分はイスラム教徒によって支配されており、その法律の下、ユダヤ人やキリスト教徒はディミーの地位を与えられていた。 これは、イスラム教の法律書が示すように、服従を思い起こさせるために意図された「保護」のための特別な税金、ジズヤを支払うことを要求されたことを意味します。
ユダヤ人は時に政治機構の重要な地位に就くことができたが、反ユダヤ的な暴力が勃発することもあった。 1066年のグラナダの虐殺では、グラナダのユダヤ人の多くがイスラム教徒の暴徒に殺された。
宗教的少数派の扱いは、時代によって変化している。 たとえば、アルモハド朝はその隆盛期にカリフの称号を得、一連の厳しい宗教的措置を導入し、宗教的統一によって国家の強化を図ったが、それはユダヤ人やキリスト教徒にイスラームへの改宗か追放を強いることを意味した。 11世紀頃、ユダヤ人に対する疑念が高まり、キリスト教徒はイスラム教徒とユダヤ教徒に対して団結するようになった。 それ以降、スペインは、ユダヤ人とイスラム教徒の地位に関して、それぞれの勢力と領地が独自の政策をとる政治的なスープとなった。 13世紀には、スペインのほぼ全域がキリスト教の支配下に置かれるようになった。 カスティーリャ王フェルディナンド3世は「3つの宗教の王」であることを誇った。 しかし、この寛容さは長くは続かなかった。
14世紀になると、ドミニコ会とフランシスコ会の司祭たちは、スペインからユダヤ人を追放するようにキリスト教徒に呼びかけ、社会問題の原因がユダヤ人にあるとして、キリスト教徒の大多数を刺激してシナゴーグの破壊、ユダヤ人の焼き殺し、強制改宗を強要した。
新しい法律により、ユダヤ人は隔離され、改宗を最終目標とし、ユダヤ人に可能な職業が制限されるようになった。 10万人以上のユダヤ人が改宗しました。 改宗したこれらの新教徒は、社会的に完全なキリスト教徒としての法的・社会的特権を与えられた「コンベルソ」階級に入りました。 多くの新教徒は、その地位の高さを利用して、キリスト教の特権を受け入れた。 数世代後には、改宗したユダヤ人は「正規の」キリスト教徒以上でも以下でもなく、スペインはほぼ一様にキリスト教徒となった。 「部外者としてのユダヤ人に対する不信感は、内部者としての改宗者に対するさらに憂慮すべき恐怖に変わった。 宗教階級間の違いは以前は非常にはっきりしていた。 法律や習慣によって、スペインではキリスト教徒が優位に立つことが規定されていた。
このような恐怖を和らげるために、新旧キリスト教徒の血統を追跡してユダヤ人の先祖を持っているかどうかを調べる「血の純潔法（Limpieza de sangre）」が実施された。 これにより、スペインはキリスト教徒を民族的・宗教的に区分し、改宗前と同じようにユダヤ人の血を引く者を「他者」として扱うようになった。 有力なキリスト教徒は、宗教的な改宗では治らない何かが、その人の本質や魂にあると考えたのである。 1478年11月1日、アラゴン家のフェルディナンド2世とカスティーリャ家のイザベラ1世は、真のキリスト教であるカトリックを保護するために、教皇シクストゥス4世から領内全域に審問官を任命する許可を得た。 この勅令は、当初はイザベラの領地であるカスティーリャ王国に適用されたが、1483年にフェルディナンドが自分の領地であるアラゴン王国にまで拡大した。 1487年から1505年にかけて、バルセロナ支部は1,000人以上の異端者を処理し裁判にかけたが、最終的に赦されたのは25人だった:245 フェルディナンドの行動は時折抵抗を受け、1485年には改宗ユダヤ人による奉行ペドロ・デ・アルブエスの暗殺につながった。
教皇から奉行を行う許可を得た君主は、帝国内のほとんどの都市と共同体で調査を行うために、常設試験を設け官僚制度を整備することを始めた。 1481年、セビリアでイベリア初のオート・ダ・フェが行われ、6人の被告人が有罪となり処刑された。 その後、フランシスコ会宣教師が新大陸に異端審問をもたらした
異端審問によって処刑された正確な人数はわかっていない。 聖務省の元秘書フアン・アントニオ・ロレンテは、アメリカ植民地、シチリア、サルデーニャを除いた異端審問の数字を次のように伝えている。 その後、19世紀には、ホセ・アマドール・デ・ロス・リオスが、1484年から1525年の間だけでも、28,540人が焼かれ、16,520人が棺で焼かれ、303,847人が改悛したと述べ、さらに高い数字を挙げている(123)。 しかし、古文書記録を徹底的に調査した現代の学者たちは、スペイン異端審問の全歴史の中で実際に処刑されたのは1万人未満で、おそらく3千人程度であると推定している
ポルトガル異端審問は1536年に設立されて1821年まで公式に存続した。
ポルトガルの異端審問は1536年に設立され、1821年まで続いたが、18世紀後半、ポンバル侯爵の政権下でその影響力はかなり弱まった。
オートス・ダ・フェはゴア、ニュースペイン、ブラジル国、ペルー総督領でも行われた。 Bernal Díaz del Castilloのようなコンキスタドールの現代史家は、それらを記録しています。 記録は不完全ですが、ある歴史家はメキシコの異端審問で約50人が処刑されたと推定しています
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