1946年の夏、北アフリカ沿岸を汽船で旅していたアレック・ラムゼイは、そこで野生の黒い種馬が仮設馬場に押し込められ、柵につながる縄で激しく拘束されているのを目撃する。 馬に魅せられたAlecはその後、角砂糖を食べさせようとこっそり馬に近づくが、馬の所有者と思われる人物に捕まり、アラビア語でShetanに近づくなと言われて少年を突き飛ばす。
その後寝床でAlecの父親はAlecにカードゲームの勝ち分を見せ、ポケットナイフと小さなブケファルの像を渡し、アレクサンダー大王がブケファルの主人となる物語を語って聞かせる。 その夜、アレックは寝台から放り出される。船は火に包まれ、沈み始めていたのだ。 船は火に包まれ、沈み始めていた。混乱の中、アレックはナイフを手に黒い馬のところへ行き、彼を解放することに成功する。 そして種馬は海に飛び込む。 アレックも波にのまれ、海に投げ出される。 海中で種馬に向かって泳ぎ、種馬を拘束していたロープをつかむと、船が爆発し、意識を失う。 彼は、岩の間にロープが刺さったまま拘束されている種馬を発見する。 アレクはナイフで再び種馬を解放することに成功し、種馬は逃げ出す。 しばらくの間、2人は距離を置くことになる。 アレックは魚や海草を捕ることで生きる術を見出す。 突然、コブラと目が合ったアレックは、ブラックに助けられ蛇を退治し、再び逃げ出す。 腹を空かせた馬は、人間への不信感からか、抵抗することができない。 しかし、空腹に耐えかねた馬は、アレックの申し出を受け入れ、二人の絆は深まった。 アレックは何度も落馬しながらも、壊れない馬に乗ることに成功する。 ある日、漁船がやってきて、アレックと種馬は救出されます。
故郷のアメリカでは、アレックは英雄として歓迎されます。 ブラックはアレックの家の裏庭に仮住まいしていたが、裏庭に野生の馬がいることを知らないゴミ収集人がブラックに追いかけられ、通りかかった車に驚いて走り去ってしまう。 アレクは町の至る所で彼を追いかけるが、見失ってしまう。 翌日、スノウ（とナポレオン）に会ったアレックは、クロの居場所を教えてもらう。 アレックは、ヘンリー・デイリー（引退した競走馬の騎手）の納屋で種馬を見つけるが、彼はどうやら一晩中ブラックを捕まえていたようだ。 アレックはブラックを納屋に泊めることにする。
ブラックの速さに驚いたアレックとヘンリーは、ブラックを競馬場用に調教し、ヘンリーはアレックに騎手としての心得を教えることにする。 ブラックはその速さでヘンリーを驚かせる。 ヘンリーは早速、ブラックを現在の国内2大チャンピオンによるマッチレースに参加させる計画を立て始める。 そのために、アレックとブラックの正体を伏せたまま、夜、報道陣にブラックの速さを見せつける秘密のデモンストレーションを仕掛ける。 謎の馬の噂は広まり、ブラックはレースに出場することになる。 しかし、アレックの母親は、息子が騎手として大きなリスクを負うことを恐れ、これを不承認とする。 2人のチャンピオンとブラックがスタートゲートに入る前に、ブラックは対戦相手の1人と喧嘩をしてしまい、脚に傷を負ってしまう。 アレックはゲートに入るまでその傷に気づかない。 彼が馬を降りたとき、鐘が鳴り、馬が走り出す。 アレクは必死で馬の上にとどまり、止めようとする。 彼は後ろに倒れてしまうが、黒は止まろうとしない。 アレクがバランスを取り戻したとき、黒は相手に追いつく勢いだった。 アレクは今度はブラックに、島での乱暴な乗り方を思い出しながら、全力で走るように促し、追いつかせる。 最終的には2馬身差で黒が勝利する
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