Skotlantilaisen munan alkuperästä ja etymologiasta on olemassa useita erilaisia teorioita, eikä mitään varmaa johtopäätöstä ole tehty. Oxford English Dictionaryn mukaan nimi esiintyy ensimmäisen kerran vuonna 1809 Maria Rundellin teoksen A New System of Domestic Cookery painoksessa. Resepti ilmestyi saman kirjan ensimmäisessä painoksessa vuonna 1805. Niissä ei tuolloin ollut leivänmurukerrosta, vaikka vuonna 1861 Isabella Beeton ehdotti sitä vaihtoehdoksi. Oxford Companion to Food -teoksessa arvellaan, että alkuperä saattaa olla intialaisissa koftoissa.
Lontoolainen tavaratalo Fortnum & Mason väittää keksineensä skotlantilaiset kananmunat vuonna 1738 matkustajien välipalaksi, mutta perusti tämän sittemmin kadonneeseen arkistomateriaaliin. Fortnum & Mason teki skotlantilaiset munat varmasti tunnetuksi ja sisällytti elintarvikkeen erilaisiin koripakkauksiin. Yleisesti uskotaan, että skotlantilaiset munat puolestaan juontuivat brittiläisten Rajissa kohtaamista ruuista, muun muassa moguli-ruoasta nimeltä nargisi kofta (”narsis-lihapullat”).
Muiden väitteiden mukaan nimi on peräisin lempinimestä, jota Wellingtonin kasarmien läheisyydessä asuneet lontoolaiset käyttivät sinne sijoitettujen skotlantilaiskaartilaisupseerien upseereiden mukaan, ja he kehittivät maun välipalalle. Culinary Delights of Yorkshire -julkaisun mukaan ne ovat peräisin Whitbystä, Yorkshiren osavaltiosta Englannista 1800-luvulta, ja alun perin ne päällystettiin kalatahnalla makkaranlihan sijasta. Ne on oletettavasti nimetty William J. Scott & Sonsin mukaan, joka oli tunnettu ruokapaikka, joka myi niitä. Päivämäärä ei kuitenkaan sovi yhteen termin tunnetun, ainakin 75 vuotta aikaisemman käytön kanssa. On myös ehdotettu, että niitä kutsuttiin alun perin ”poltetuiksi” muniksi, koska ne kypsennettiin avotulella, vaikka säilyneiden reseptien mukaan ne friteerattiin rasvassa. Joskus alkuperäksi mainitaan myös ”skotching” kulinaarisena prosessina, vaikka ”skotching” on tulkinnanvarainen käsite, joka vaihtelee sardellien lisäämisestä pelkkään lihan jauhamiseen. Lisää sekaannusta aiheuttaa Skotlannista 1800-luvulla harjoitettu laaja kananmunien kauppa, jossa kananmunia joskus kastettiin kalkkijauheeseen, mikä on mahdollisesti myös ”scotching”-menetelmä.