Er zijn verschillende theorieën over de oorsprong en etymologie van het Schotse ei, maar er is geen eenduidige conclusie. Volgens de Oxford English Dictionary komt de naam voor het eerst voor in 1809, in een editie van Maria Rundell’s A New System of Domestic Cookery. Het recept verscheen in de eerste editie van hetzelfde boek in 1805. In die tijd was er nog geen broodkruimellaag, hoewel Isabella Beeton dit in 1861 wel als optie voorstelde. The Oxford Companion to Food speculeert dat de Indiase koftas de oorsprong zouden kunnen zijn.
Als koud artikel beweert het Londense warenhuis Fortnum & Mason de Schotse eieren in 1738 te hebben uitgevonden, als reissnack, maar baseert dit op archiefmateriaal dat inmiddels verloren is gegaan. Fortnum & Mason heeft de Schotse eieren zeker populair gemaakt door het levensmiddel op te nemen als onderdeel van diverse geschenkpakketten. Algemeen wordt aangenomen dat Scotch eggs op hun beurt zijn afgeleid van voedsel dat de Britten in de Raj tegenkwamen, waaronder een Mughlai gerecht met de naam nargisi kofta (“Narcissus meatballs”).
Andere beweringen zijn dat de naam afkomstig is van een bijnaam die werd gebruikt door Londenaren die rond Wellington Barracks woonden naar officieren van de Scots Guards die daar gelegerd waren, en die een smaak voor de snack ontwikkelden. Volgens Culinary Delights of Yorkshire vinden ze hun oorsprong in Whitby, Yorkshire, Engeland, in de 19e eeuw, en waren ze oorspronkelijk bedekt met vispasta in plaats van worstvlees. Ze zouden zijn vernoemd naar William J. Scott & Sons, een bekende eetgelegenheid die ze verkocht. De datum klopt echter niet met het bekende gebruik van de term ten minste 75 jaar eerder. Er is ook gesuggereerd dat ze oorspronkelijk “schroei-eieren” werden genoemd, omdat ze boven een open vuur werden gekookt, hoewel ze volgens overgeleverde recepten in reuzel werden gefrituurd. Ook het “scotcheren” als culinair procédé wordt soms als oorsprong vermeld, maar wat “scotcheren” precies inhield is voor interpretatie vatbaar, gaande van het toevoegen van ansjovis tot het eenvoudigweg fijnhakken van vlees. Verdere verwarring ontstaat door de grote handel in eieren uit Schotland in de 19e eeuw, waarbij eieren soms in een kalkpoeder werden gedompeld, een proces dat mogelijk ook bekend staat als “scotching”.