Il existe un certain nombre de théories différentes sur les origines et l’étymologie des œufs écossais, et aucune conclusion ferme. L’Oxford English Dictionary donne la première occurrence du nom en 1809, dans une édition de A New System of Domestic Cookery de Maria Rundell. La recette est apparue dans la première édition du même livre en 1805. À cette époque, il n’y avait pas de couche de chapelure, bien qu’en 1861 Isabella Beeton ait suggéré cette option. L’Oxford Companion to Food émet l’hypothèse que l’origine pourrait être les koftas indiens.
En tant qu’article froid, le grand magasin londonien Fortnum & Mason prétend avoir inventé les œufs écossais en 1738, en tant qu’en-cas pour les voyageurs, mais se base sur des documents d’archives depuis perdus. Fortnum & Mason a certainement popularisé les œufs écossais, en incluant cette denrée dans divers paniers. On pense généralement que les œufs écossais dérivent à leur tour de la nourriture que les Britanniques ont rencontrée au Raj, notamment un plat moghol appelé nargisi kofta (« boulettes de viande de narcisse »).
D’autres affirmations incluent que le nom provient d’un surnom utilisé par les Londoniens qui vivaient autour de Wellington Barracks après les officiers des Scots Guards qui y étaient stationnés, et qui ont développé un goût pour le snack. Selon Culinary Delights of Yorkshire, ils sont originaires de Whitby, dans le Yorkshire, en Angleterre, au XIXe siècle, et étaient à l’origine recouverts de pâte de poisson plutôt que de chair à saucisse. Ils auraient été nommés d’après William J. Scott & Sons, un restaurant bien connu qui les vendait. Cependant, la date ne correspond pas à l’utilisation connue du terme au moins 75 ans plus tôt. Il a également été suggéré qu’ils étaient à l’origine appelés « scorch » (œufs brûlés), car ils étaient cuits sur une flamme nue, bien que, selon les recettes conservées, ils étaient frits dans du saindoux. L’origine du « scotchage » en tant que procédé culinaire est parfois citée, bien que la nature du « scotchage » soit sujette à interprétation, de l’inclusion d’anchois au simple hachage de la viande. L’important commerce d’œufs en provenance d’Écosse au 19e siècle, qui impliquait parfois le trempage des œufs dans une poudre de chaux, un procédé peut-être également connu sous le nom de « scotching », ajoute à la confusion.