Hay varias teorías sobre el origen y la etimología de los huevos escoceses, y ninguna conclusión firme. El Oxford English Dictionary cita por primera vez el nombre en 1809, en una edición de A New System of Domestic Cookery de Maria Rundell. La receta apareció en la primera edición del mismo libro en 1805. En aquella época no tenía una capa de pan rallado, aunque en 1861 Isabella Beeton lo sugirió como opción. El Oxford Companion to Food especula que el origen puede ser las koftas indias.
Como artículo frío, los grandes almacenes londinenses Fortnum & Mason afirman haber inventado los huevos escoceses en 1738, como tentempié para viajeros, pero se basan en material de archivo ya perdido. Fortnum & Mason ciertamente popularizó los huevos escoceses, incluyendo el alimento como parte de varias cestas. En general, se cree que los huevos escoceses derivan a su vez de los alimentos que los británicos encontraron en el Raj, incluido un plato mogol llamado nargisi kofta («albóndigas de Narciso»).
Otras afirmaciones incluyen que el nombre proviene de un apodo utilizado por los londinenses que vivían en los alrededores de Wellington Barracks en honor a los oficiales de la Guardia Escocesa estacionados allí, y que desarrollaron el gusto por el aperitivo. Según Culinary Delights of Yorkshire, se originaron en Whitby, Yorkshire, Inglaterra, en el siglo XIX, y originalmente estaban cubiertos de pasta de pescado en lugar de carne de salchicha. Se supone que su nombre se debe a William J. Scott & Sons, un conocido restaurante que las vendía. Sin embargo, la fecha no encaja con el uso conocido del término al menos 75 años antes. También se ha sugerido que originalmente se llamaban huevos «scorch», ya que se cocinaban a fuego abierto, aunque según las recetas que se conservan se freían en manteca de cerdo. A veces también se cita como origen el «scotching» como proceso culinario, aunque lo que era el «scotching» está abierto a la interpretación, desde la inclusión de anchoas hasta el simple picado de carne. El gran comercio de huevos procedentes de Escocia en el siglo XIX, que a veces implicaba la inmersión de los huevos en un polvo de cal, un proceso que posiblemente también se conoce como «scotching», añade más confusión.