Durante la inauguración del hospital, el tratamiento del cáncer era principalmente paliativo. El hospital ofrecía lo que se consideraba los mejores tratamientos disponibles para la época. El tratamiento del cáncer significaba entonces, en el mejor de los casos, aliviar el dolor y hacer que el enfermo estuviera lo más cómodo posible. Muchos pacientes acudían al New York Cancer Hospital, de hecho, para morir, apaciguados por la morfina. Otras formas de alivio eran los paseos en carruaje por Central Park y los servicios dominicales en la capilla del hospital de Santa Isabel de Hungría, patrona de los que sufren.
Desde sus inicios, el NYCH parecía estar plagado de desgracias. Apenas unos meses después de colocar la primera piedra del nuevo hospital, una de sus principales benefactoras, Elizabeth Hamilton Cullum, sucumbió a un cáncer de útero. Casualmente, la esposa de John Jacob Astor, Charlotte Augusta Astor, también murió de cáncer de útero justo una semana antes de la gran inauguración del hospital, en diciembre de 1887, perdiendo la oportunidad de ser presuntamente curada. Debido en parte a sus generosas contribuciones financieras a las instalaciones, la primera ala del Hospital del Cáncer de Nueva York se dedicó apropiadamente al «Pabellón Astor».
Inspiradas tanto por la teoría médica moderna como por los castillos franceses del siglo XVI, las torres redondas del arquitecto Charles Haight se diseñaron para impedir que los gérmenes y la suciedad se acumularan en las esquinas afiladas, lo que en aquella época se consideraba un terreno propicio para las enfermedades. Un conducto de aire corría verticalmente por el centro de cada torre para evitar que el aire se estancara en los pabellones. Este diseño se consideraba lo último en tecnología de ventilación del siglo XIX: El New York Times comentó en 1888 que «en conjunto, las características marcaron un nuevo punto de partida en la construcción de hospitales y hacen de esta admirable estructura un modelo de su tipo».
El siglo XX trajo consigo nuevas técnicas para el tratamiento del cáncer, incluida la radioterapia. En 1921, Marie Curie visitó el Hospital del Cáncer de Nueva York, entonces rebautizado como Hospital General Conmemorativo para el Tratamiento del Cáncer y Enfermedades Afines, para ver la cámara acorazada de ladrillo y acero donde el hospital guardaba sus cuatro gramos de radio, en aquel momento la mayor acumulación del mundo. El Dr. Edward H. Rogers, que la acompañaba, aseguró a The Times que no hay constancia de que nadie haya sido perjudicado en su salud por el radio. Negó que Curie hubiera sido perjudicada por el material radiactivo, diciendo que había estado enferma recientemente sólo de anemia. En esta época empezaban a salir a la luz los peligros del radio, lo que provocó las afirmaciones defensivas de sus defensores. Murió en 1934, como era de esperar debido a una intoxicación por radio. En retrospectiva, los primeros tratamientos con radiación eran a menudo peores que la enfermedad que debían curar. La radiación causaba graves quemaduras y, en algunos casos, cánceres adicionales. Puede que el New York Cancer Hospital fuera aclamado como un éxito por sus buenas intenciones, pero el sufrimiento de los que estaban dentro no tenía fin. Acosado por la creciente tasa de mortalidad, el NYCH tenía su propio crematorio situado en el sótano de las instalaciones, aún más terrible por la visión, a través de sus ventanas góticas, de la alta chimenea al oeste del edificio principal.
En gran medida porque el cáncer seguía siendo tan mortal, el hospital pronto tuvo problemas financieros. Llegó a ser conocido como «la Bastilla», un lugar temido y evitado por pacientes y clientes. A principios de siglo, los administradores del atribulado hospital cambiaron su nombre por el de General Memorial Hospital, y de nuevo a principios de los años 20 por el de General Memorial Hospital for the Treatment of Cancer and Allied Diseases. A lo largo de las décadas, el hospital soportó su ardua dedicación por su motivo principal de encontrar una cura para el cáncer.
En 1955, el Hospital General Memorial para el Tratamiento del Cáncer y Enfermedades Afines se trasladó de las anticuadas instalaciones de Central Park West a su nueva ubicación en el East Side. Allí creció hasta convertirse en el actual Memorial Sloan-Kettering Cancer Center. Fue durante esta época cuando el antiguo edificio del New York Cancer Hospital comenzó su declive. Bajo la nueva propiedad del magnate de las residencias de ancianos Bernard Bergman, se convirtió en un centro llamado Towers Nursing Home. El hogar de ancianos se hizo más tarde tristemente célebre por su negligencia y falta de normas. Los pacientes ancianos dieron testimonio de «condiciones atroces», como calefacción inadecuada, infestación de plagas, abuso físico y negligencia. Los pacientes tampoco eran los únicos que estaban desatendidos. Las antiguas instalaciones estaban descuidadas, sucias y un «olor acre» llenaba el aire. El edificio, antes inmaculado, se convirtió en un triste lugar abandonado. A raíz de una investigación estatal y federal por acusaciones de fraude a Medicaid y a los impuestos, se inició una investigación que finalmente hizo que el hogar cerrara sus puertas en 1974. El antiguo Hospital del Cáncer de Nueva York quedó en un estado tan desastroso tras el cierre de la residencia de ancianos que se habló de su demolición antes de que la Comisión de Conservación de Monumentos de la Ciudad de Nueva York designara el edificio del hospital como monumento histórico en 1976.