La primera YMCA de Fort Wayne se organizó en 1858. Las reuniones se celebraban en el Dietrick’s Mercantile Institute, situado en la esquina de las calles Main y Calhoun. Isaac Jenkinson fue el primer presidente de la YMCA en Fort Wayne, desempeñando sus funciones entre 1858 y 1860. Los programas consistían en su totalidad en reuniones semanales de carácter religioso, literario y social.
La YMCA de la Asociación Ferroviaria abrió sus puertas el 1 de julio de 1884. Estaba situada en la esquina de las calles Calhoun y Holman. La YMCA del ferrocarril ofrecía dormitorios, baños calientes y servicios sabáticos a los ferroviarios. La cuota de la YMCA del Ferrocarril era de 25 centavos al mes y daba derecho al miembro a todos los privilegios de la asociación con 1 amigo. El edificio contaba con una gran sala de lectura, una sala de juegos con ajedrez y damas, y dos grandes salones que se utilizaban para recepciones y conferencias. También había una sala quirúrgica para primeros auxilios e instalaciones de baño completas.
El 13 de septiembre de 1889 se adoptaron nuevos Artículos de Incorporación y una nueva Constitución. El nombre se cambió a «Fort Wayne Young Men’s Christian Association». Esta Y tenía servicios de canto dominical, instalaciones de baño completas, biblioteca y salas de lectura, un gimnasio y una bolera. Este edificio cerró en 1897.
De 1896 a 1916 no hubo una YMCA permanente en Fort Wayne. Cuando la población de la ciudad alcanzó los 75.000 habitantes, varios empresarios y líderes cívicos consideraron que Fort Wayne debía tener una YMCA permanente. En 1913 se celebró en Fort Wayne la 44ª Convención Estatal Anual de todas las asociaciones. Como resultado de esta convención, un inspirado grupo de prominentes hombres de negocios se pronunció sobre un programa de construcción de 300.000 dólares e inició la campaña de recaudación de fondos. Esta fue la primera campaña general de recaudación de fondos iniciada en Fort Wayne.
La piedra angular de la Central YMCA se colocó el 12 de mayo de 1918 en una ceremonia en la esquina de Barr Street y Washington Street. El servicio de dedicación se celebró el 17 de diciembre de 1919 y la YMCA del Ferrocarril se trasladó a la YMCA Central. S.B. Bechtol fue elegido presidente y ejerció el cargo hasta 1922. La Central Branch YMCA fue el primer edificio dedicado exclusivamente a la labor de la YMCA.
En 1920 se fundó el campamento para niños de la YMCA de Fort Wayne. Louis Schwan, secretario de la YMCA, llevó a un grupo de chicos al lago Wawasee para un programa de acampada. El grupo volvió al lago Wawasee en 1921 y 1922. En 1923 el campamento se trasladó al lago Hemlock, cerca de Redding, Michigan.
El 25 de noviembre de 1924 la YMCA de Fort Wayne compró 14 acres en el lago Blackman para establecer un campamento sólo para chicos llamado Campamento Potawotami. El primer verano de acampada fue en 1925. Había 8 cabañas, cada una con capacidad para 8 literas. Arrowhead Lodge se construyó en 1931 y todavía alberga la cocina y el comedor del campamento.
En 1929 la asociación celebró el décimo aniversario de la gran apertura de la Central Branch YMCA con la adición de la East Side YMCA en la esquina de las calles Eliza y McCullock.
La Kiwanis Westside YMCA se fundó el 6 de julio de 1934 y se inauguró el 26 de noviembre de 1934; esta Y se abrió gracias a la cooperación del club Kiwanis y la Central YMCA. Estaba situada en la calle Culbertson. Al principio atendía principalmente a los niños de la zona, pero en 1942 sus programas se ampliaron para atender también a las familias, las mujeres y las niñas.
El Old Fort YMCA se estableció en 1956 con sede en Bowser Avenue. En 1957 las oficinas de la Old Fort YMCA se trasladaron a East Creighton Avenue. La Old Fort YMCA se disolvió en la Central Branch y funcionó allí hasta la dedicación en 1974 de la nueva ubicación en Reed Street.
En 1965 se abrió la Southeast Family YMCA. Originalmente iba a ser una sucursal de la YMCA/YWCA. El Sr. &Sra. Lisle Hodell donó 17 acres de tierra que más tarde se llamaron Hodell Acres.
La YMCA Familiar del Condado de Whitley se constituyó como una sucursal de la YMCA del Gran Fort Wayne en 1993. En 2005, la YMCA de Whitley fue renovada para incluir un nuevo gimnasio, un estudio de danza y aeróbic y un centro de recreación para jóvenes.
En 1994, la Oficina de Servicios para Jóvenes desarrolló el Programa de Alternativas Judiciales para Delincuentes (SOCAP). En 1996, la guardería para niños en edad escolar empezó a dar servicio a más de 700 niños al día en programas para antes y después de la escuela.
La YMCA familiar Jorgensen abrió sus puertas en septiembre de 1998. Su ubicación original era en Homestead Road y luego se trasladó a la ubicación actual en Aboite Center Road.
En 2001 se abre la YMCA familiar de Parkview y luego tiene una renovación en 2004 con el fin de dar cabida a todos sus miembros.