En 1975, Faust se incorporó al cuerpo docente de la Universidad de Pensilvania como profesor adjunto de civilización americana. Especialista en la historia del Sur en el periodo anterior a la guerra civil, Faust ascendió hasta convertirse en profesor de historia Walter Annenberg.
Entrevista de Booknotes a Faust sobre Mothers of Invention, 1 de septiembre de 1996, C-SPAN
Presentación de Faust sobre This Republic of Suffering, 9 de enero de 2008, C-SPAN
Es autora de seis libros, entre ellos Mothers of Invention: Women of the Slaveholding South in the American Civil War (1996), por el que ganó el premio Francis Parkman de la Sociedad de Historiadores Americanos y el premio Avery O. Craven de la Organización de Historiadores Americanos en 1997. Entre sus otras obras se encuentra James Henry Hammond and Old South, una biografía de James Henry Hammond, gobernador de Carolina del Sur de 1842 a 1844. This Republic of Suffering (2008) fue una exploración aclamada por la crítica sobre cómo la comprensión de la muerte en los Estados Unidos fue moldeada por las grandes pérdidas durante la Guerra Civil. Fue finalista del Premio Pulitzer y del National Book Award.
En 2001, Faust fue nombrado primer decano del Radcliffe Institute for Advanced Study, creado tras la fusión del Radcliffe College con la Universidad de Harvard.
El 8 de febrero de 2007, Faust fue seleccionado como próximo presidente de la universidad. Tras la aprobación formal de los consejos de administración de la universidad, su nombramiento se hizo oficial tres días después. Faust fue la primera mujer en ocupar la presidencia de la Universidad de Harvard.
Faust sustituyó a Lawrence Summers, que dimitió el 30 de junio de 2006, tras una serie de polémicas declaraciones que suscitaron crecientes críticas de los miembros de la Facultad de Artes y Ciencias de Harvard. Derek Bok, que había sido presidente de Harvard de 1971 a 1991, volvió a ejercer como presidente interino durante el curso 2006-2007.
Durante una rueda de prensa en el campus, Faust dijo: «Espero que mi propio nombramiento pueda ser un símbolo de una apertura de oportunidades que habría sido inconcebible incluso hace una generación». También añadió: «No soy la mujer presidenta de Harvard, soy la presidenta de Harvard».
El 12 de octubre de 2007, Faust pronunció su discurso de investidura, diciendo:
Una universidad no se trata de los resultados en el siguiente trimestre; ni siquiera se trata de en quién se ha convertido un estudiante al graduarse. Se trata de un aprendizaje que moldea toda una vida, un aprendizaje que transmite la herencia de milenios; un aprendizaje que da forma al futuro.
En una de las primeras iniciativas de Faust, aumentó significativamente las ofertas de ayuda financiera a los estudiantes del Harvard College. El 10 de diciembre de 2007, Faust anunció una nueva política para los estudiantes de clase media y media-alta, que limitaba las contribuciones de los padres al 10% para las familias que ganan entre 100.000 y 180.000 dólares anuales, y sustituía los préstamos por becas. Al anunciar esta política, Faust dijo: «La educación es el motor que hace funcionar la democracia estadounidense…. Y tiene que funcionar y eso significa que la gente tiene que tener acceso». La nueva política ampliaba programas anteriores que eliminaban las contribuciones para las familias que ganaban menos de 60.000 dólares al año y reducían considerablemente los costes para las familias que ganaban menos de 100.000 dólares. Posteriormente, Stanford, Yale y muchas otras universidades privadas de EE.UU. adoptaron políticas similares.
Además de promover el acceso a la educación superior, Faust ha testificado ante el Congreso de EE.UU. para promover el aumento de la financiación de la investigación científica y el apoyo a los investigadores noveles. Ha dado prioridad a la revitalización de las artes en Harvard y a su integración en la vida cotidiana de los estudiantes y el personal. Faust ha trabajado para internacionalizar aún más la universidad. Además, ha sido una firme defensora de la sostenibilidad y se ha fijado el ambicioso objetivo de reducir las emisiones de gases de efecto invernadero de la universidad para 2016, incluidas las asociadas al crecimiento prospectivo, en un 30% por debajo de la línea de base de Harvard en 2006.
En mayo de 2008, a Christina Romer, profesora de economía de la Universidad de California, Berkeley, no se le ofreció la titularidad en Harvard a pesar del apoyo de los miembros del Departamento de Economía de Harvard. En Harvard, el carácter confidencial del proceso incluye un panel formado por expertos externos y miembros internos del profesorado ajenos al departamento. Faust se ha negado a hablar de los informes de prensa relacionados con el caso de la titularidad de Romer. Romer fue nombrado posteriormente por el presidente Barack Obama para presidir el Consejo de Asesores Económicos. También durante el mandato de Faust, el departamento de economía de Harvard fue testigo de un éxodo de destacados profesores a Stanford y el MIT, entre ellos Raj Chetty, Susan Athey, Guido Imbens, Drew Fudenberg y el premio Nobel Al Roth.
A raíz de una serie de despidos en junio de 2009, Faust fue criticado por negarse a aceptar un recorte salarial que habría salvado puestos de trabajo. En los meses que precedieron a los despidos, varios grupos del campus pidieron a Faust y a otros administradores que redujeran sus salarios como forma de recortar los costes en todo el campus. Los informes sobre el salario de Faust difieren: El Boston Globe informa que Faust ganó 775.043 dólares en el año escolar 2007-2008, mientras que el Harvard Crimson informó que Faust ganó 693.739 dólares en salario y beneficios para el año fiscal 2008-2009. A principios de 2009, la Corporación de Harvard aprobó la congelación de los salarios del presidente, los decanos, los altos cargos, el personal directivo y el profesorado, y ofreció un programa de jubilación anticipada. La Universidad también emprendió una reducción involuntaria de personal del 2,4% de sus empleados.
En diciembre de 2010, Faust y el presidente de la Universidad de Stanford, John L. Hennessy, escribieron conjuntamente un editorial en apoyo de la aprobación del DREAM Act. La legislación no fue aprobada por el 111º Congreso de los Estados Unidos.
En 2011, Faust firmó un acuerdo con el secretario de la Marina Ray Mabus, JD ’76, para devolver formalmente el programa del Cuerpo de Entrenamiento de Oficiales de la Reserva Naval (NROTC) al campus después de casi 40 años, tras la derogación de la ley «Don’t Ask Don’t Tell» en diciembre de 2010.
Faust se retiró como presidenta del Harvard College en junio de 2018, sucedida por Lawrence Bacow. Cuatro días después de retirarse de su cargo como presidenta, se incorporó al consejo de administración de Goldman Sachs. Conserva su título de profesora de Historia en Harvard.