Effekt på hjernen
Det menes, at problemet med kromosom 15 forstyrrer den normale udvikling og funktion af den del af hjernen, der kaldes hypothalamus.
Hypothalamus spiller en rolle i mange af kroppens funktioner, såsom produktion af hormoner og hjælp til at regulere appetitten. En dårligt fungerende hypothalamus kan forklare nogle af de typiske træk ved Prader-Willi syndrom, såsom forsinket vækst og vedvarende sult.
Undersøgelser, der anvender avanceret hjerneafbildningsteknologi, har vist, at personer med Prader-Willi syndrom efter at have spist har meget høje niveauer af elektrisk aktivitet i en del af hjernen, der er kendt som den frontale cortex. Denne del af hjernen er forbundet med fysisk nydelse og følelser af tilfredshed.
Det kan være muligt, at personer med Prader-Willi syndrom finder det at spise enormt givende, ligesom en rus forårsaget af stoffer, og at de konstant søger mad for at opnå denne rus.
En anden teori er, at hypothalamus ved Prader-Willi syndrom ikke kan vurdere niveauet af mad i kroppen så godt, som den plejer at gøre. Det betyder, at en person med syndromet altid føler sig sulten, uanset hvor meget mad han/hun spiser.