Den første YMCA i Fort Wayne blev organiseret i 1858. Møderne blev afholdt i Dietrick’s Mercantile Institute, der lå på hjørnet af Main og Calhoun Streets. Isaac Jenkinson var den første præsident for YMCA i Fort Wayne og fungerede fra 1858-1860. Programmerne bestod udelukkende af ugentlige møder af religiøs, litterær og social karakter.
The Railroad Association YMCA åbnede sine døre den 1. juli 1884. Det var placeret på hjørnet af Calhoun og Holman Streets. Railroad YMCA tilbød sovepladser, varme bade og sabbatsgudstjenester til jernbanearbejderne. Afgiften til Railroad YMCA var 25 cent om måneden, og det gav medlemmet ret til alle foreningens privilegier med en ven. Bygningen omfattede et stort læsesal, et underholdningsrum med skak og brikker og to store stuer, der blev brugt til receptioner og foredrag. Der var også et kirurgisk rum til førstehjælp og komplette badefaciliteter.
Den 13. september 1889 blev der vedtaget nye vedtægter og en ny forfatning. Navnet blev ændret til “Fort Wayne Young Men’s Christian Association”. Dette Y havde søndagssanggudstjenester, komplette badefaciliteter, biblioteks- og læserum, et gymnasium og en bowlingbane. Denne bygning lukkede i 1897.
Fra 1896-1916 var der ingen permanent YMCA i Fort Wayne. Da byens befolkningstal nåede op på 75.000 mennesker, mente forskellige forretningsmænd og borgerlige ledere, at Fort Wayne burde have et permanent YMCA. I 1913 blev den 44. årlige statslige kongres for alle foreninger afholdt i Fort Wayne. Som et resultat af dette konvent udtalte en inspireret gruppe af fremtrædende forretningsmænd sig om et byggeprogram til 300.000 dollars og indledte en kampagne for at skaffe midler. Dette var den første generelle fundraising-kampagne, der nogensinde blev iværksat i Fort Wayne.
Hjørnestenen til Central YMCA blev lagt den 12. maj 1918 ved en ceremoni på hjørnet af Barr Street og Washington Street. Indvielsesgudstjenesten blev afholdt den 17. december 1919, og Railroad YMCA flyttede ind i Central Branch YMCA. S.B. Bechtol blev valgt som præsident og fungerede indtil 1922. Central Branch YMCA var den første bygning, der udelukkende var helliget YMCA-arbejdet.
Den Fort Wayne YMCA Boys Camp blev grundlagt i 1920. Louis Schwan, YMCA-sekretær, tog en gruppe drenge med til Lake Wawasee for at deltage i et campingprogram. Gruppen vendte tilbage til Lake Wawasee i 1921 og 1922. I 1923 blev lejren flyttet til Hemlock Lake nær Redding Michigan.
Den 25. november 1924 købte Fort Wayne YMCA 14 acres ved Blackman Lake for at etablere en lejr udelukkende for drenge kaldet Camp Potawotami. Den første sommer med camping var i 1925. Der var 8 hytter, hver med en kapacitet på 8 køjer. Arrowhead Lodge blev bygget i 1931 og huser stadig lejrens køkken og spiseområde.
I 1929 fejrede foreningen 10-årsdagen for den store åbning af Central Branch YMCA med tilføjelsen af East Side YMCA på hjørnet af Eliza og McCullock Streets.
Kiwanis Westside YMCA blev grundlagt den 6. juli 1934 og indviet den 26. november 1934; dette Y åbnede gennem et samarbejde mellem Kiwanis Club og Central YMCA. Det lå på Culbertson Street. I første omgang betjente det primært drenge fra området, men i 1942 blev dets programmer udvidet til også at betjene familier, kvinder og piger.
The Old Fort YMCA blev etableret i 1956 med hovedsæde på Bowser Avenue. I 1957 flyttede Old Fort YMCA’s kontorer til East Creighton Avenue. Old Fort YMCA blev opløst i Central Branch og fungerede der indtil indvielsen i 1974 af det nye sted på Reed Street.
I 1965 åbnede Southeast Family YMCA. Det skulle oprindeligt have været en YMCA/YWCA-afdeling. 17 acres jord blev doneret af Mr. & Mrs. Lisle Hodell, som senere blev navngivet Hodell Acres.
The Whitley County Family YMCA blev chartret som en afdeling af YMCA of Greater Fort Wayne i 1993. I 2005 blev Whitley YMCA renoveret og fik et nyt fitnesscenter, et danse- og aerobicstudie og et fritidscenter for unge.
I 1994 blev Status Offender Court Alternatives Program (SOCAP) udviklet af Youth Service Bureau. School Age Child Care gik ind i sit første hele år med over 700 børn om dagen i Before and After School Programs i 1996.
Jorgensen Family YMCA åbnede i september 1998. Deres oprindelige placering var på Homestead Road og flyttede derefter til den nuværende placering på Aboite Center Road.
I 2001 åbnede Parkview Family YMCA, som derefter blev renoveret i 2004 for at give plads til alle deres medlemmer.