O původu a etymologii skotských vajec existuje řada různých teorií a žádný pevný závěr. Oxfordský slovník angličtiny uvádí první výskyt názvu v roce 1809 ve vydání knihy Marie Rundellové A New System of Domestic Cookery. Recept se objevil v prvním vydání téže knihy v roce 1805. V té době neměly strouhankovou vrstvu, ačkoli v roce 1861 ji Isabella Beetonová navrhovala jako jednu z možností. Oxford Companion to Food spekuluje, že původem by mohly být indické kofty.
Jako studené zboží londýnský obchodní dům Fortnum & Mason tvrdí, že skotská vejce vynalezl v roce 1738 jako svačinu pro cestovatele, ale vychází z archivních materiálů, které se mezitím ztratily. Fortnum & Mason skotská vejce jistě zpopularizoval a zařadil je jako součást různých balíčků. Obecně se má za to, že skotská vejce zase pocházejí z jídla, s nímž se Britové setkali v Rádži, včetně mughlajského pokrmu zvaného nargisi kofta („Narcisové masové kuličky“).
Mezi další tvrzení patří, že název pochází z přezdívky, kterou používali Londýňané žijící v okolí Wellingtonových kasáren podle důstojníků Skotské gardy, kteří tam byli umístěni a kteří si na tuto svačinu vypěstovali chuť. Podle knihy Culinary Delights of Yorkshire vznikly v 19. století ve Whitby v anglickém hrabství Yorkshire a původně byly obaleny v rybí pastě, nikoli v mase z klobás. Údajně byly pojmenovány podle firmy William J. Scott & Sons, známé jídelny, která je prodávala. Datum však neodpovídá známému používání tohoto termínu nejméně o 75 let dříve. Objevily se také domněnky, že se jim původně říkalo „scorch“ eggs, protože se vařily na otevřeném ohni, ačkoli podle dochovaných receptů se smažily na sádle. Jako původ se někdy uvádí také „scotching“ jako kulinářský postup, ačkoli to, co bylo „scotching“, lze vykládat různě, od přidání ančoviček až po pouhé mletí masa. Další zmatek vnáší rozsáhlý obchod s vejci ze Skotska v 19. století, který někdy zahrnoval namáčení vajec do vápenného prášku, což je pravděpodobně také proces známý jako „scotching“
.