Det finns tempel som är tillägnade Mut och som fortfarande står kvar i dagens Egypten och Sudan, vilket återspeglar den utbredda dyrkan av henne. Centrum för hennes kult i Sudan blev Mut-templet i Jebel Barkal och i Egypten templet i Karnak. I det templet fanns den staty som ansågs förkroppsliga hennes verkliga ka. Hennes tillbedjan omfattade dagliga ritualer som utfördes av faraon och hennes prästinnor. Interiöra reliefer skildrar scener av prästinnorna, för närvarande det enda kända kvarvarande exemplet på dyrkan i det gamla Egypten som uteslutande administrerades av kvinnor.
Oftast fungerade drottningen som översteprästinna i tempelritualerna. Faraon deltog också och skulle bli en gudom efter döden. I de fall då faraon var kvinna, visar uppteckningar om ett exempel att hon lät sin dotter tjänstgöra som översteprästinna i hennes ställe. Ofta tjänstgjorde präster i administrationen av tempel och orakel där prästinnor utförde de traditionella religiösa riterna. Dessa ritualer innefattade musik och dryckenskap.
Faraohen Hatshepsut lät återuppbygga det gamla Mut-templet i Karnak under sitt styre under artonde dynastin. Tidigare utgrävare hade trott att Amenhotep III hade låtit bygga templet på grund av de hundratals statyer av Sekhmet som hittades där och som bar hans namn. Hatshepsut, som färdigställde ett enormt antal tempel och offentliga byggnader, hade dock avslutat arbetet sjuttiofem år tidigare. Hon inledde bruket att avbilda Mut med kronan från både Övre och Nedre Egypten. Man tror att Amenhotep III tog bort de flesta tecken på Hatschepsut, samtidigt som han tog åt sig äran för de projekt som hon hade byggt.
Hatschepsut var en farao som återigen satte Mut i förgrunden i det egyptiska pantheonet och identifierade sig starkt med gudinnan. Hon uppgav att hon var en ättling till Mut. Hon associerade sig också med bilden av Sekhmet, som den mer aggressiva aspekten av gudinnan, efter att ha fungerat som en mycket framgångsrik krigare under den tidiga delen av sin regeringstid som farao.
Senare under samma dynasti undertryckte Akhenaten tillbedjanandet av Mut liksom de andra gudomarna när han främjade det monoteistiska tillbedjanandet av sin solgud, Aten. Tutankhamun återupprättade senare hennes dyrkan och hans efterföljare fortsatte att associera sig med Mut efteråt.
Ramesses II lade till mer arbete på Mut-templet under den nittonde dynastin, samt återuppbyggde ett tidigare tempel i samma område och återinvigde det till Amun och sig själv. Han placerade det så att folk var tvungna att passera hans tempel på väg till Muts tempel.
Kushitiska faraoner byggde ut Muts tempel och modifierade Ramesses tempel för att använda det som helgedom för Amuns och Khonsus firade födelse, och försökte på så sätt integrera sig själva i den gudomliga tronföljden. De installerade också sina egna prästinnor bland de prästinnor som tjänstgjorde i Muts tempel.
Den grekiska ptolemaiska dynastin lade också till sina egna dekorationer och prästinnor i templet och använde Muts auktoritet för att framhäva sina egna intressen.
Senare byggde den romerske kejsaren Tiberius upp platsen efter en allvarlig översvämning, och hans efterföljare stödde templet tills det föll i glömska, någon gång runt det tredje århundradet efter Kristus. Senare romerska ämbetsmän använde stenarna från templet för sina egna byggprojekt, ofta utan att ändra de bilder som var inristade på dem.