Es gibt verschiedene Theorien über den Ursprung und die Etymologie des schottischen Eies, aber keine eindeutige Schlussfolgerung. Im Oxford English Dictionary wird der Name erstmals 1809 in einer Ausgabe von Maria Rundells A New System of Domestic Cookery erwähnt. Das Rezept erschien in der ersten Ausgabe desselben Buches im Jahr 1805. Damals hatten sie noch keine Paniermehlschicht, obwohl Isabella Beeton dies 1861 als Möglichkeit vorschlug. Im Oxford Companion to Food wird spekuliert, dass der Ursprung in indischen Koftas zu suchen ist.
Das Londoner Kaufhaus Fortnum & Mason behauptet, die schottischen Eier 1738 als Snack für Reisende erfunden zu haben, stützt sich dabei aber auf inzwischen verloren gegangenes Archivmaterial. Fortnum & Mason hat die schottischen Eier mit Sicherheit populär gemacht, indem er das Lebensmittel in verschiedene Warenkörbe einpackte. Es wird allgemein angenommen, dass die schottischen Eier wiederum von Speisen abstammen, die die Briten im Raj kennengelernt haben, darunter ein Mughlai-Gericht namens nargisi kofta („Narzissen-Fleischbällchen“).
Andere Behauptungen besagen, dass der Name von einem Spitznamen stammt, der von Londonern verwendet wurde, die in der Nähe der Wellington Barracks nach den dort stationierten Offizieren der Scots Guards lebten und die eine Vorliebe für den Snack entwickelten. Laut Culinary Delights of Yorkshire haben sie ihren Ursprung in Whitby, Yorkshire, England, im 19. Jahrhundert und waren ursprünglich mit Fischpaste statt mit Wurstbrät ummantelt. Angeblich wurden sie nach William J. Scott & Sons benannt, einem bekannten Restaurant, das sie verkaufte. Das Datum passt jedoch nicht zu der bekannten Verwendung des Begriffs mindestens 75 Jahre zuvor. Es wurde auch vermutet, dass sie ursprünglich „Scorch“-Eier genannt wurden, da sie über einer offenen Flamme gekocht wurden, obwohl sie nach den überlieferten Rezepten in Schmalz frittiert wurden. Auch das „Scotchen“ als kulinarisches Verfahren wird manchmal als Ursprung genannt, wobei allerdings offen ist, was „scotchen“ bedeutet, von der Zugabe von Sardellen bis zum einfachen Zerkleinern von Fleisch. Weitere Verwirrung stiftet der umfangreiche Handel mit Eiern aus Schottland im 19. Jahrhundert, bei dem die Eier manchmal in ein Kalkpulver getaucht wurden, ein Verfahren, das möglicherweise auch als „scotching“ bezeichnet wurde.