Apenas um crânio de Apatosaurus já foi encontrado, e veio do Monumento Nacional dos Dinossauros.

Os “Ossos da Descoberta” que levaram à descoberta da Pedreira de Carnegie eram vértebras da cauda (ossos posteriores) do Apatosaurus louisae. Este espécime, um esqueleto quase completo com um crânio, tornou-se o tipo de espécime de Apatosaurus louisae. Isto significa que foi o primeiro da sua espécie alguma vez encontrado e cientificamente descrito.

Como muitos saurópodes e dinossauros em geral, os crânios do Apatosaurus são extremamente raros. Os ossos do crânio são finos e facilmente esmagados. Os crânios são na sua maioria ocos para segurar tecidos moles que não podem ser preservados. Os sedimentos finos comprimem o crânio para aplaná-lo da forma que se pode pisar numa lata vazia. Estes crânios podem ser preservados, mas parte da estrutura tridimensional é perdida.

O único crânio do Apatosaurus no mundo foi encontrado na Pedreira Carnegie porque o sedimento do tamanho da areia preserva o osso em grande detalhe sem comprimi-lo. Hoje um molde do crânio do Apatosaurus ainda está em exposição com o resto do espécime no Museu Carnegie de História Natural em Pittsburgh, Pennsylvania. O crânio real não está em exposição devido à natureza frágil do osso.

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