Celiakia jest układową chorobą autoimmunologiczną z objawami żołądkowo-jelitowymi, jak również z licznymi, ale zmiennymi, objawami nie żołądkowo-jelitowymi. Oznaki i objawy mogą wystąpić od wczesnego dzieciństwa do wieku dorosłego. U dorosłych, wiek w momencie rozpoznania choroby wynosi zazwyczaj od 30 do 50 lat. Średnio, czas pomiędzy wystąpieniem pierwszych objawów a postawieniem diagnozy wynosi około 11 lat ze względu na szeroki zakres niespecyficznych objawów i brak objawów u niektórych osób.
Objawy żołądkowo-jelitowe celiakii mogą obejmować przewlekłą lub nawracającą biegunkę; zaburzenia wchłaniania; bóle brzucha i rozdęcie; wzdęcia; wymioty; i utratę masy ciała. Osoby z łagodnymi do ciężkich objawów żołądkowo-jelitowych są zwykle określane jako posiadające 'klasyczną celiakię’.
Nie-jelitowe objawy celiakii mogą obejmować opryszczkowate zapalenie skóry; przewlekłe zmęczenie; ból stawów/zapalenie; niedokrwistość z niedoboru żelaza; migreny; depresja; zaburzenia koncentracji uwagi; padaczka; osteoporoza/osteopenia; niepłodność i/lub nawracające poronienia; niedobory witamin; niski wzrost; brak wzrostu; opóźnione dojrzewanie; wady szkliwa zębów; i różne wtórne zaburzenia autoimmunologiczne. U osób bez wyraźnych objawów żołądkowo-jelitowych często mówi się o „nieklasycznej celiakii”, która jest częstsza niż klasyczna celiakia. Niedokrwistość z niedoboru żelaza jest najczęstszym objawem celiakii nieklasycznej i może być jedynym objawem.
Niektórzy dotknięci chorobą nie mają żadnych objawów (często zidentyfikowani z powodu dotkniętego chorobą członka rodziny lub badań przesiewowych) i mówi się o nich, że mają „cichą celiakię.”
.