1919. július 25-én Lev Karakhan, a szovjet kormány külügyi népbiztos-helyettese kiáltványt intézett a kínai kormányhoz, amelyben megígérte, hogy a kínai keleti vasútvonal pénzügyi költségek nélkül visszakerül kínai ellenőrzés alá. Augusztus 26-án a Karakhan-kiáltványt a szovjet sajtó közzétette, de a dokumentum nem említette sem a CER visszaadását a kínaiaknak, sem a pénzügyi kompenzáció hiányát.
Az eredeti Karakhan-távirat mellett a kínaiaknak bizonyítékként a Vilenski-röpirat is rendelkezésére állt. A Vilenski-brosúra is azt bizonyítja a kínaiaknak, hogy a szovjetek hajlandóak voltak a CER-t kompenzáció nélkül visszaadni a kínaiaknak. A július 25-i karakháni távirat a Szovjetunió eredeti szándékát mutatja, miszerint a CER-t kompenzáció nélkül visszaadják a kínaiaknak. A július 25-i táviratot a kínai kormány diplomáciai követelményeinek kielégítésére használták, míg az augusztus 26-i táviratot a Szovjetunióban a propaganda követelményeinek fenntartása érdekében tették közzé.
A CER kínaiak általi ellenséges átvételének 1929-es feltárásához vezető első nagy lépés az 1924. március 14-i titkos jegyzőkönyv és az 1924. szeptember 20-i titkos megállapodás megértésével kezdődik. Az 1924. március 14-i titkos jegyzőkönyv kimondta, hogy minden korábbi egyezményt, szerződést, jegyzőkönyvet, szerződést és minden más dokumentumot a Szovjetunió és Kína között érvénytelenítenek, amíg egy konferencia össze nem hívható. Ez minden szerződést, határ- és kereskedelmi kapcsolatot a közelgő konferenciától tett függővé. Ez viszont időt adott a szovjeteknek, hogy Mandzsúriában Zhang Xuelianghoz, az ottani legerősebb hadúrhoz forduljanak. Ő irányította Mukden kormányát (a város ma Shenyang néven ismert). A szovjetek elsőként javasolták a CER közös irányítását a kínaiakkal, de Zhang a közös irányítás útjában állt. A szovjetek úgy döntöttek, hogy megegyeznek Zhanggal.
1924. május 31-én Lev Karakhan és Dr. V. K. Wellington Koo, a Kínai Köztársaság külügyminisztere aláírta a kínai-szovjet szerződést. Ez több cikkelyt is tartalmazott, ami pont a szovjetek kezére játszott, mert az V. cikkelyben az állt, hogy “a vasút különböző részlegeinél a személyek alkalmazása a Szovjet Szocialista Köztársaságok Szövetsége és a Kínai Köztársaság állampolgárai közötti egyenlő képviselet elvének megfelelően történik”. A szovjetek hozzátették: “Az egyenlő képviselet elvének megvalósítása során a vasút normális életfolyamatát és tevékenységét semmiképpen sem szabad megszakítani vagy sérteni, vagyis a két nemzetiség foglalkoztatása a pályázók tapasztalatának, személyes képzettségének és alkalmasságának megfelelően történik.”
Amíg a kínaiakkal lezajlottak a tárgyalások, a szovjetek Zhang Xuelianggal való megegyezéshez fordultak. Teljes ellenőrzést ígértek neki annak kiválasztásában, hogy mely kínai tisztviselők kerüljenek be a CER közös kínai-szovjet vezetőségébe. Ezáltal a CER felének irányítását kapta volna meg. 1924. szeptember 20-án aláírta a titkos megállapodást, nem tudva arról, hogy a kínai kormány már korábban aláírta a titkos jegyzőkönyvet. Mivel a CER-t eredetileg a szovjetek irányították, a pozíciók többsége szovjet ellenőrzés alá került volna. Aztán a szovjetek azt állították, hogy meg kell tartaniuk a többségi ellenőrzést, mert minden más megoldás megszakítaná vagy károsítaná a vasutat.
A szovjetek voltak az elnök bábjátékosai is a CER számára. A szovjet kormány a titkos jegyzőkönyvek egymás ellen kijátszásával és a kínaiak kijátszásával tudta visszaszerezni a többségi ellenőrzést a CER felett. A szovjetek hagyták, hogy a kínaiak azt higgyék, hogy a kormányukhoz lojális munkásokat adnak hozzá. A valóságban azonban a szovjetek több munkahelyet teremtettek a vasútnál és szovjet munkásokat alkalmaztak. Végül a szovjetek a CER összes állásának 67%-át ellenőrizték.
A kínaiak 1929 közepéig szórakoztak a közös irányítással. A szovjet irányításról a kínai irányításra való áttérés akkor kezdődött, amikor a kínai hatóságok radikális lépést tettek, hogy megpróbálják eltávolítani a szovjet irányítást. A kínai hatóságok megrohamozták a Harbinban lévő szovjet konzulátust. Letartóztatták a CER vezérigazgatóját, asszisztensét és más szovjet állampolgárokat, és eltávolították őket a CER-ből. A szovjetek megtorlásul letartóztattak kínai állampolgárokat a Szovjetunió területén belül. 1929. július 13-án a szovjetek hivatalos követeléseket küldtek a kínaiaknak a CER-ben történtekkel kapcsolatban. Július 19-én megszakították diplomáciai kapcsolataikat a kínaiakkal. Felfüggesztették a vasúti összeköttetést, és követelték, hogy minden kínai diplomata hagyja el a szovjet területet. Július 20-ra a szovjetek átutalták pénzeszközeiket New Yorkba. Miközben Suifenhe és Lahususa városokban tartózkodtak, a szovjetek azzal terrorizálták a kínai civileket, hogy hadihajóik ágyúit a városra irányították, és repülőgépeik átrepüléseket hajtottak végre. A szovjet vezetés számos tagja, például Kliment Vorosilov katonai beavatkozást sürgetett, de Joszif Sztálin főtitkár kezdetben habozott, mert félt a japánok reakciójától egy mandzsúriai szovjet invázióra. Miután azonban a tokiói szovjet főkonzul olyan információk birtokába jutott, amelyek szerint Japán mindaddig kimaradna a konfliktusból, amíg a szovjetek az esetleges inváziót Észak-Mandzsúriára korlátozzák, Sztálin a cselekvés mellett döntött. Augusztus 6-án a Szovjetunió Vorosilov közreműködésével létrehozta a Vörös Zászlós Távol-keleti Különleges Vörös Hadsereget, amelynek parancsnoka Vaszilij Bljuker volt. A teljes szovjet fegyveres erők mintegy 20%-át mozgósították a hadműveletben való részvételre vagy annak támogatására. Ezzel hajlandóak voltak mindent megtenni azért, hogy a CER ismét az ő ellenőrzésük alá kerüljön. A kínai vezetést meglepte ez a fordulat, mivel nem számított arra, hogy a Szovjetunió ilyen agresszívan reagál. Zhang gyorsan további csapatokat toborzott, legfőképpen több ezer antikommunista orosz emigránst, akik fehér emigránsként éltek Mandzsúriában. A fehéroroszok közül néhányan még gerillacsoportokat is szerveztek, hogy a háborút a Szovjetunióba is elvigyék.