Le 25 juillet 1919, le commissaire adjoint aux affaires étrangères du gouvernement soviétique, Lev Karakhan, avait publié un manifeste à l’intention du gouvernement chinois promettant le retour du chemin de fer oriental chinois sous contrôle chinois sans coût financier. Le 26 août, le manifeste de Karakhan a été publié par la presse soviétique, mais le document ne mentionnait ni le retour du CER aux Chinois, ni l’absence de compensation financière.
A côté du télégramme original de Karakhan, les Chinois avaient le pamphlet Vilenski comme preuve. Le pamphlet Vilenski montre également aux Chinois que les Soviétiques étaient prêts à rendre la RCE aux Chinois sans compensation. Le télégramme Karakhan du 25 juillet montre l’intention initiale de l’Union soviétique, qui était de restituer la RCE aux Chinois sans compensation. Le télégramme du 25 juillet a été utilisé pour satisfaire les exigences diplomatiques du gouvernement chinois, tandis que celui du 26 août a été publié pour soutenir les exigences de propagande à l’intérieur de l’Union soviétique.
La première étape majeure pour découvrir la prise de contrôle hostile de la CER par les Chinois en 1929 commence par la compréhension du Protocole secret du 14 mars 1924 et de l’Accord secret du 20 septembre 1924. Le Protocole secret du 14 mars 1924 stipulait que toutes les conventions, tous les traités, tous les protocoles, tous les contrats et tout autre document antérieurs entre l’Union soviétique et la Chine seraient annulés jusqu’à ce qu’une conférence puisse être convoquée. Cela rendait tous les traités, les relations frontalières et les relations commerciales dépendantes de la conférence à venir. Les Soviétiques ont ainsi eu le temps de se tourner vers Zhang Xueliang en Mandchourie, le plus puissant seigneur de guerre de l’époque. Il contrôlait le gouvernement de Mukden (aujourd’hui la ville est connue sous le nom de Shenyang). Les Soviétiques sont les premiers à proposer une gestion conjointe de la CER avec les Chinois, mais Zhang fait obstacle à cette gestion conjointe. Les Soviétiques ont décidé de passer un accord avec Zhang.
Le 31 mai 1924, Lev Karakhan et le Dr. V. K. Wellington Koo, ministre des Affaires étrangères de la République de Chine, ont signé le traité sino-soviétique. Il comprend de multiples articles, ce qui fait le jeu des Soviétiques puisque dans l’article V, il est dit que « l’emploi de personnes dans les différents départements du chemin de fer sera conforme au principe de la représentation égale entre les ressortissants de l’Union des républiques socialistes soviétiques et ceux de la République de Chine. » Les Soviétiques ajoutent : « En appliquant le principe de la représentation égale, le cours normal de la vie et des activités du chemin de fer ne sera en aucun cas interrompu ou lésé, c’est-à-dire que l’emploi des deux nationalités sera conforme à l’expérience, aux qualifications personnelles et à l’aptitude des candidats. »
Alors que les négociations avaient été conclues avec les Chinois, les Soviétiques se sont tournés pour conclure un accord avec Zhang Xueliang. Ils lui ont promis le contrôle total du choix des fonctionnaires chinois qui feraient partie du conseil d’administration de la gestion conjointe sino-soviétique de la CER. Il obtiendrait ainsi la moitié du contrôle de la CER. Le 20 septembre 1924, il signe l’accord secret, sans savoir que le gouvernement chinois avait signé le protocole secret plus tôt dans l’année. Comme la CER était à l’origine contrôlée par les Soviétiques, la majorité des postes seraient sous contrôle soviétique. Ensuite, les Soviétiques ont prétendu qu’ils devaient garder le contrôle majoritaire parce que toute autre solution interromprait ou blesserait le chemin de fer.
Les Soviétiques étaient également le marionnettiste du président pour la CER. Le gouvernement soviétique a pu reprendre le contrôle majoritaire de la CER en jouant les protocoles secrets les uns contre les autres et en déjouant les Chinois. Les Soviétiques ont permis aux Chinois de penser qu’ils ajoutaient des travailleurs loyaux à leur gouvernement. Cependant, en réalité, les Soviétiques créaient plus d’emplois sur le chemin de fer et engageaient des travailleurs soviétiques. En fin de compte, les Soviétiques contrôlaient 67% de tous les postes sur le CER.
Les Chinois ont entretenu une gestion conjointe jusqu’à la mi-1929. Le passage du contrôle soviétique au contrôle chinois a commencé lorsque les autorités chinoises ont fait un geste radical pour tenter de supprimer la gestion soviétique. Les autorités chinoises ont pris d’assaut le consulat soviétique à Harbin. Elles ont arrêté le directeur général de la CER, son assistant et d’autres citoyens soviétiques et les ont écartés du pouvoir au sein de la CER. Les Soviétiques ont riposté en arrêtant des citoyens chinois à l’intérieur de l’URSS. Le 13 juillet 1929, les Soviétiques ont envoyé leurs demandes officielles aux Chinois concernant ce qui se passait dans la CER. Le 19 juillet, ils ont interrompu leurs relations diplomatiques avec les Chinois. Ils ont suspendu les communications ferroviaires et exigé que tous les diplomates chinois quittent le territoire soviétique. Le 20 juillet, les Soviétiques transféraient leurs fonds à New York. Alors qu’ils se trouvaient dans les villes de Suifenhe et de Lahususa, les Soviétiques terrorisaient les civils chinois en pointant les canons de leurs navires de guerre sur la ville et en faisant survoler la ville par leurs avions. De nombreux membres de la direction soviétique, comme Kliment Voroshilov, préconisent une intervention militaire, mais le secrétaire général Joseph Staline hésite dans un premier temps, craignant une réaction japonaise à une invasion soviétique de la Mandchourie. Cependant, après que le consul général soviétique à Tokyo ait obtenu des informations selon lesquelles le Japon resterait en dehors du conflit tant que les Soviétiques limiteraient toute invasion au nord de la Mandchourie, Staline décide d’agir. Le 6 août, l’Union soviétique crée l’Armée spéciale d’Extrême-Orient de la Bannière rouge, commandée par Vasily Blyukher avec l’aide de Voroshilov. Environ 20 % de l’ensemble des forces armées soviétiques ont été mobilisées pour participer ou assister à l’opération. Ce faisant, ils étaient prêts à faire tout ce qu’il fallait pour que la RCE revienne sous leur contrôle. Les dirigeants chinois sont surpris par la tournure des événements, car ils ne s’attendaient pas à une réaction aussi agressive de l’Union soviétique. Zhang enrôle rapidement des troupes supplémentaires, surtout des milliers de Russes anticommunistes qui vivent en Mandchourie en tant qu’émigrés blancs. Certains de ces Russes blancs ont même organisé des groupes de guérilla pour porter la guerre en Union soviétique.