Ensimmäinen YMCA Fort Wayneen perustettiin vuonna 1858. Kokoukset pidettiin Dietrick’s Mercantile Institutessa, joka sijaitsi Main ja Calhoun Streetsin kulmassa. Isaac Jenkinson oli Fort Waynen YMCA:n ensimmäinen puheenjohtaja, joka toimi vuosina 1858-1860. Ohjelmat koostuivat kokonaan uskonnollisista, kirjallisista ja sosiaalisista viikkokokouksista.
Railroad Association YMCA avasi ovensa 1. heinäkuuta 1884. Se sijaitsi Calhoun ja Holman Streetsin kulmassa. Railroad YMCA tarjosi rautatieläisille makuusaleja, kuumia kylpyjä ja sapattipalveluja. Railroad YMCA:n jäsenmaksu oli 25 senttiä kuukaudessa, ja se oikeutti jäseneen kaikkiin yhdistyksen etuoikeuksiin ja yhteen ystävään. Rakennukseen kuului suuri lukusali, huvitteluhuone, jossa oli shakkia ja nappuloita, sekä kaksi suurta salonkia, joita käytettiin vastaanottoja ja luentoja varten. Siellä oli myös kirurginen huone ensiapua varten ja täydelliset kylpyhuonetilat.
Syyskuun 13. päivänä 1889 hyväksyttiin uusi yhtiöjärjestys ja uusi perussääntö. Nimi muutettiin muotoon ”Fort Wayne Young Men’s Christian Association”. Tällä Y:llä oli sunnuntain lauluhartaudet, täydelliset kylpytilat, kirjasto- ja lukuhuoneet, voimistelusali ja keilarata. Tämä rakennus suljettiin vuonna 1897.
Vuosina 1896-1916 Fort Waynessa ei ollut pysyvää YMCA:ta. Kun kaupungin väkiluku saavutti 75 000 asukkaan rajan, eri liikemiehet ja kansalaisjohtajat olivat sitä mieltä, että Fort Wayneen pitäisi saada pysyvä YMCA. Vuonna 1913 kaikkien yhdistysten 44. vuosittainen osavaltiokokous pidettiin Fort Waynessa. Tämän kokouksen tuloksena innostunut joukko merkittäviä liikemiehiä kommentoi 300 000 dollarin rakennusohjelmaa ja aloitti varojen keräämisen. Tämä oli ensimmäinen Fort Waynessa koskaan aloitettu yleinen varainhankintakampanja.
Central YMCA:n peruskivi laskettiin 12. toukokuuta 1918 Barr Streetin ja Washington Streetin kulmassa pidetyssä seremoniassa. Vihkiäistilaisuus pidettiin 17. joulukuuta 1919, ja Railroad YMCA muutti Central Branch YMCA:n tiloihin. Presidentiksi valittiin S.B. Bechtol, joka toimi presidenttinä vuoteen 1922 asti. Central Branch YMCA oli ensimmäinen rakennus, joka oli omistettu yksinomaan YMCA-työlle.
Fort Wayne YMCA Boys Camp perustettiin vuonna 1920. YMCA:n sihteeri Louis Schwan vei ryhmän poikia Wawasee-järvelle leiriohjelmaan. Ryhmä palasi Lake Wawaseelle vuosina 1921 ja 1922. Vuonna 1923 leiri siirrettiin Hemlock Lakeen lähelle Redding Michigania.
25. marraskuuta 1924 Fort Waynen YMCA osti 14 eekkeriä Blackman-järven rannalta ja perusti Camp Potawotami -nimisen leirin kaikille pojille. Ensimmäinen leirikesä oli vuonna 1925. Siellä oli 8 mökkiä, joissa jokaisessa oli 8 vuodepaikkaa. Arrowhead Lodge rakennettiin vuonna 1931, ja siinä on edelleen leirin keittiö ja ruokailutila.
Vuonna 1929 yhdistys juhli 10-vuotisjuhlaa Central Branch YMCA:n avaamisesta ja lisäsi siihen East Side YMCA:n, joka sijaitsi Elizan ja McCullock Streetsin kulmassa.
Kiwanis Westside YMCA perustettiin 6. heinäkuuta 1934 ja vihittiin käyttöön 26. marraskuuta 1934; tämä Y avattiin Kiwanis-klubin ja Central YMCA:n yhteistyönä. Se sijaitsi Culbertson Streetillä. Aluksi se palveli pääasiassa alueen poikia, mutta vuonna 1942 sen ohjelmia laajennettiin palvelemaan myös perheitä, naisia ja tyttöjä.
Old Fort YMCA perustettiin vuonna 1956, ja sen päämaja oli Bowser Avenuella. Vuonna 1957 Old Fort YMCA:n toimistot siirtyivät East Creighton Avenuelle. Old Fort YMCA lakkautettiin Central Branchiksi, ja se toimi siellä, kunnes vuonna 1974 vihittiin käyttöön uusi paikka Reed Streetillä.
Vuonna 1965 avattiin Southeast Family YMCA. Sen oli alun perin tarkoitus olla YMCA/YWCA:n haara. Herra & rouva Lisle Hodell lahjoitti 17 eekkeriä maata, joka myöhemmin nimettiin Hodell Acresiksi.
Whitleyn piirikunnan perhe-YMCA perustettiin vuonna 1993 YMCA of Greater Fort Waynen sivuliikkeeksi. Vuonna 2005 Whitleyn YMCA kunnostettiin ja siihen rakennettiin uusi kuntosali, tanssi- ja aerobic-studio sekä nuorten vapaa-ajankeskus.
Nuorisopalvelutoimisto kehitti vuonna 1994 Status Offender Court Alternatives Program (SOCAP) -ohjelman. Kouluikäisten lastenhoito aloitti toimintansa ensimmäisenä täytenä vuonna 1996, jolloin se palveli päivittäin yli 700 lasta ennen koulua ja koulun jälkeen järjestettävissä ohjelmissa.
Jorgensen Family YMCA avattiin syyskuussa 1998. Heidän alkuperäinen sijaintinsa oli Homestead Roadilla ja siirtyi sitten nykyiselle paikalleen Aboite Center Roadille.
Vuonna 2001 Parkview Family YMCA avattiin, ja vuonna 2004 se peruskorjattiin, jotta kaikki jäsenet mahtuisivat sinne.