Det er problematisk at påvise HIV-1 provirus, der kan integrere sig i en værtscellekerne og forblive latent i årevis. Tærsklen for in situ-hybridisering, som er på ca. 10 kopier pr. celle, er for høj til at påvise én integreret kopi af provirusset. Selv om polymerasekædereaktion (PCR) kan påvise 1 provirus pr. 100 000 celler, kan den ikke bestemme den specifikke cellelokalisering af viruset. Disse problemer kan løses med PCR in situ-hybridisering. Ved at tilpasse denne metode til RNA-detektion (reverse transkriptase in situ PCR) kan man afgøre, om virusinfektionen er latent eller produktiv, og man kan påvise værtens reaktion i form af cytokin-mRNA-ekspression. Disse metoder har vist, at (1) der er massiv infektion af CD4-celler med HIV-1 før de aids-definerende symptomer, (2) at udviklingen af aids er kendetegnet ved progressiv ødelæggelse af CD4-celler, hvilket fremgår af et øget forhold mellem produktivt og latent inficerede celler, (3) det primære mål for virusset i livmoderhalsen, lungerne, centralnervesystemet og skeletmuskulaturen er makrofagen og dens derivater, og (4) AIDS-relaterede sygdomme som AIDS-demens er kendetegnet ved både mange virusinficerede celler og opregulering af en lang række cytokiner, primært i de tilstødende ikke-inficerede celler. I dette kapitel beskrives metoderne til påvisning af HIV-1-DNA og -RNA i paraffinindlejrede vævsafsnit samt de kollaborationsforsøg, der er nødvendige for at definere værtens reaktion på den virale invasion.